专利名称：与转移有关的信号和决定子以及它们的使用方法及用途的制作方法
与转移有关的信号和决定子以及它们的使用方法及用途相关申请本申请要求享有申请日为2008年6月26日的U. S. S. N. 61/075933的权益，上述 文献的全部内容在本发明中被引入作为参考。发明的领域本发明总体而言涉及到对生物信号以及遗传决定子的识别，其中所述的生物信号 与癌症的转移有关，所述的遗传决定子能够影响癌症的转移，以及使用这样的生物信号和 决定子的方法，用于进行癌症的筛选，预防，诊断，治疗，监测，以及预后。发明的背景转移是大多数致命性的固体肿瘤所具有的最重要的特征，并且表现为一种复杂的 多步骤的生物学过程，这种生物学过程是由遗传性改变或者后成性改变的总体来驱动的， 从而为肿瘤细胞赋予了这样的能力，使其能够绕过局部的控制并且经由周围的基质进行侵 袭，在存活状态下转移过脉管系统或者淋巴腺，最终定植于外来的土地上并且生长(参见 Gaorav P. Gupta以及Joan Massague (于2006年)在Cell《细胞》中发表的文章)。普遍 的理论是伴随着肿瘤的生长以及扩大，这种带来转移的遗传性事件可以通过随机的方式 获得；的确，整体的肿瘤负荷是转移危险的阳性预测因素。从另外一个方面来说，越来越多 的证据提出了这样的论题某些肿瘤可能在所述的最初阶段被赋予了(或者不被赋予)转 移的能力。通过对具有相当的早期阶段的肿瘤(即，类似的肿瘤负荷)之间存在的广泛变化 的结果所进行的临床观察，对下述观点进行了支持某些肿瘤在其生命史的早期对于转移 而言是不可能发生的(“hard-wired”)。因此，已经表明，与其他的转移相比，一种转移的 转录组学状态同与其相匹配的转移更为相似(参见Perou等人于2000年发表的文章)。除 此之外，已经证明了在一个癌症基因组中，大规模的基因组失常在从良性阶段到恶性阶段 的转化的早期发生(参见 Chin，K.，de Solorzano, C. 0.，Knowles, D.，Jones, Α.，Chou, W.， Rodriguez, Ε. G.，Kuo, W. L.，Liung, B. M.，Chew, K.，Myambo, K.等人(于 2004 年)在 Nat Genet《自然遗传学》36，984-988 中发表的文章 h situ analyses of genome instability in breast cancer《在乳腺癌中对基因组的不稳定性进行的原位分析》；Rudolph，K. L.， Millard, Μ.，Bosenberg, Μ· W.，以及 DePinho，R. Α.(于 2001 年)在 Nat Genet《自然遗 传学》28,155-159 中发表的文章 Telomere dysfunction and evolution of intestinal carcinoma in mice and human《在小鼠以及人类体内的端粒功能紊乱以及肠癌的演变》)。 其他的作者包括Marcus Bosenberg，提出在演变的早期阶段获得的遗传性事件的特定的 补体将最终指定所述肿瘤的生物学行为，至少在一定程度上指定，其中所述的生物学行为 包括它的转移的可能性。因此，我们断定，一个肿瘤的转移可能性的遗传性决定子预先存在 于早期阶段的原发性恶性肿瘤之中，并且这样的决定子在恰好负责转移分配的过程中是功 能上活化的。因此，这样的转移决定子不仅仅是可能的治疗靶向，而且是所述的癌症性疾病 的侵蚀性的决定子，因此所述的转移决定子同样是预后决定子。发明概述本发明的一部分内容涉及到下述的发现某些生物标记物(在本发明中被称之为“决定子(DETERMINANT) ”)存在于宿主中或者在宿主中发生了改变，所述的宿主具有发展成 为一种转移性肿瘤的增加的危险，其中所述的生物标记物例如是蛋白质，核酸，多形体，代 谢物，以及其他的被分析物，以及某些生理学条件以及状态。因此在一个方面本发明提供了一种方法，用以评价宿主中的一种转移性肿瘤的 形成的危险。转移性肿瘤的形成的危险是通过下述方式来确定的对存在于来自于所述 宿主的样本之中的有效剂量的决定子(DETERMINANT)所具有的水平进行测量。转移性 肿瘤的形成的增加的危险是通过下述方式来确定的对存在于所述的样本之中的决定子 (DETERMINANT)所具有的水平所发生的临床意义上显著的改变进行测量。或者可供选择 的，转移性肿瘤的形成的增加的危险是通过下述方式来确定的将所述的有效剂量的决定 子(DETERMINANT)所具有的水平与一种参考值进行比较。在一些方面所述的参考值是一个 指数。在另外一个方面本发明提供了一种方法，用以评价宿主体内的肿瘤的恶化，所述 的方法是通过下述方式来实现的在第一个时间段内，对来自于所述宿主的第一个样本中 的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)所具有的水平进行检测，在第二个时间段内对来 自于所述宿主的第二个样本中的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)所具有的水平进 行检测并且将检测到的所述决定子(DETERMINANT)所具有的水平与一种参考值进行比较。 在一些方面所述的第一个样本是在接受针对所述肿瘤的治疗之前从所述的宿主处获取的 并且所述的第二个样本是在接受了针对所述肿瘤的治疗之后从所述的宿主处获取的。在一个进一步的方面本发明提供了一种方法，用以对治疗的有效性进行监测或 者对治疗方案进行筛选，其中所述的治疗或者治疗方案是针对一种转移性肿瘤而言的，所 述的方法是通过下述方式来实现的在第一个时间段内，对来自于所述宿主的第一个样本 中的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)所具有的水平进行检测并且任选的在第二个 时间段内，对来自于所述宿主的第二个样本中的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT) 所具有的水平进行检测。将在所述的第一个时间段内检测到的所述的有效剂量的决定子 (DETERMINANT)所具有的水平与在所述的第二个时间段内检测到的所述的水平进行比较， 或者可供选择的将其与一种参考值进行比较。通过对来自于所述宿主的所述的有效剂量的 决定子(DETERMINANT)所具有的水平的变化对治疗的有效性进行监测。在另外一个方面本发明提供了一种方法，用以对患有肿瘤的患者进行治疗，所述 的方法是通过下述方式来实现的对患有肿瘤的患者进行识别，其中当在来自于所述肿瘤 的样本中进行测量时，一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)以一种临床意义上的显著的 方式发生改变，并且利用一种治疗方案对所述的患者进行治疗，从而预防或者降低肿瘤的 转移。在一个方面本发明提供了一种方法，用以对需要接受辅佐治疗的肿瘤患者进行筛 选，所述的方法是通过下述方式来实现的通过对一种有效剂量的决定子(DETERMINANT) 进行测量的方式来评价所述的患者发生转移的危险，其中在来自于所述患者的肿瘤样本之 中的两种或者多种(DETERMINANT)所发生的临床意义上的显著的改变表明所述的患者需 要接受辅佐治疗。在一个进一步的方面本发明提供了一种方法，用以告知一种针对肿瘤患者的治疗 决定，所述的方法是通过下述方式来实现的获得关于存在于一个肿瘤样本之中的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)的信息，其中所述的肿瘤样本来自于所述的患者，并且选 定一种能够在所述的患者体内预防或者降低肿瘤转移的治疗方案，其中在所述的治疗方案 中两种或者更多种决定子(DETERMINANT)以一种临床意义上显著的方式发生了改变。在各种不同的实施方式中，所述的评价/监测以一种预先确定水平的可预测性被 得以实现。预先确定水平的可预测性指的是所述的方法提供了一种可以接受的水平的临床 准确率或者诊断准确率。临床准确率以及诊断准确率是通过本领域已知的方法来确定的， 例如通过在本发明中所描述的方法来确定的。一个决定子(DETERMINANT)包括例如在本发明中所描述的决定子 (DETERMINANT) 1-360。对一个，两个，三个，四个，五个，十个或者更多个决定子 (DETERMINANT)进行测量。优选的，对至少两个决定子(DETERMINANT)进行测量，所述的决 定子选自决定子(DETERMINANT) 1-25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137，138， 177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及271。任选的，本发明中所述的方法进一步的 包括对至少一种与肿瘤有关的标准参数进行测量。通过电泳的方式或者免疫化学的方式对一种决定子(DETERMINANT)所具有的水 平进行测量。例如通过放射性免疫检测，免疫荧光检测或者通过酶联免疫吸附检测对所述 的决定子所具有的水平进行检测。所述的宿主患有一种原发性肿瘤，复发性肿瘤，或者转移性肿瘤。在一些方面所述 的样本是在宿主先前已经接受过针对所述肿瘤的治疗的情况下获取的。或者可供选择的， 所述的样本是在宿主接受针对所述肿瘤的治疗之前获取的。所述的样本是一种肿瘤的活 组织切片例如核心活组织切片，一种切离组织的活组织切片或者一种切口组织的活组织切 片，或者是一种带有流通的肿瘤细胞的血液样本。同样被包括在本发明之中的是一种转移性肿瘤的参考表达曲线，所述的曲线中含 有有效剂量的两种或者更多种标记物所具有的标记物水平的图案，其中所述的标记物选自 决定子(DETERMINANT) 1-360。优选的，所述的曲线中含有下述决定子(DETERMINANT)的标 记物水平的图案1-25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137，138，177，190，210， 212，217，218，227，239，261，以及271。同样被包括在内的是一种计算机可读形式的介质， 所述的介质中含有一个或者多个转移性肿瘤的参考表达曲线以及任选的，另外的测试结果 以及宿主信息。在另外一个方面本发明提供了一种试剂盒，所述的试剂盒中包括大量的决 定子(DETERMINANT)检测试剂，所述的试剂能够对相应的决定子(DETERMINANT)进行检测。 所述的检测试剂例如是抗体或其片段，寡核苷酸或者适配子(aptamer)。在一个进一步的方面本发明提供了一种决定子(DETERMINANT)小组(panel)，所 述的小组中含有一种或者多种决定子(DETERMINANT)，所述的决定子(DETERMINANT)指示 着肿瘤所发生的与生理学或者生物化学途径有关的转移或者肿瘤的恶化。所述的生理学或 者生物化学途径包括例如，在另外一个方面，本发明提供了一种识别生物标记物的方式，所述的生物标记物 对于一种疾病而言是具有预后性的，所述的方式是通过下述来实现的对一种或者多种基 因进行识别，其中所述的基因与一种对照相比在所述的疾病中是发生了差异化的表达的， 从而建立一个基因靶向列表；并且对存在于所述的靶向列表之中的一种或者多种基因进行 识别，其中所述的基因与所述疾病的功能方面的进展是有关的。所述的功能方面例如是，细胞迁移，血管生成，细胞外基质降解或者失巢凋亡抗性。任选的，所述的方法包括对存在于 所述的靶向列表之中的一种或者多种基因进行识别，其中所述的基因包括进化保守性的变 化，从而建立了第二个基因靶向列表。所述的疾病例如是癌症例如是转移性癌症。对能够调节一种决定子(DETERMINANT)所具有的活性或者表达的化合物进行识 别，所述的识别是通过下述方式来实现的提供一种表达所述决定子(DETERMINANT)的细 胞，使所述的细胞与一种组合物发生接触(例如，体内，或者体外)，其中所述的组合物中包 括一种备选的化合物；并且确定所述的物质是否对所述的决定子(DETERMINANT)所具有的 活性的表达进行了改变。如果在存在有所述化合物的条件下能够观察到所述的改变，而当 所述的细胞与一种缺乏所述化合物的组合物发生接触时不能够观察到所述的改变，那么识 别出所述的化合物能够对决定子(DETERMINANT)所具有的活性或者表达进行调节。通过下述方式在宿主体内对癌症进行治疗向所述的宿主施用一种化合物，所述 的化合物能够对一种决定子(DETERMINANT)所具有的活性或者表达进行调节，或者向所述 的宿主施用一种试剂，所述的试剂能够对一种化合物所具有的活性或者表达进行调节，其 中所述的化合物受到一种决定子(DETERMINANT)的调节。所述的化合物可以是，例如，(i) 一种决定子(DETERMINANT)多肽；(ii)编码一种决定子(DETERMINANT)的核酸；(iii) 一种 核酸，所述的核酸能够降低编码决定子(DETERMINANT)的核酸所具有的表达或者活性，其 中所述的编码决定子(DETERMINANT)的核酸例如是，以及它的衍生物，片段，类似物和同系 物；(iv)能够降低一种决定子(DETERMINANT)所具有的表达或者活性的多肽，例如是一种 对所述的决定子(DETERMINANT)具有特异性的抗体。当在本发明中进行使用时所述的术语 “抗体”(Ab)包括单克隆抗体，多克隆抗体，多重特异性抗体(例如，双重特异性抗体)，人源 化抗体或者人类抗体，Fv抗体，双功能抗体以及抗体片段，只要它们能够表现出所期望的生 物活性即可。例如所述的化合物是转化生长因子β (TGFβ)并且所述的试剂是一种转化生 长因子β (TGFi3)抑制剂。另外一个例子是趋化因子受体4(CXCR4)并且所述的试剂是一 种趋化因子受体4(CXCR4)拮抗剂。除非另外定义，当在本发明中进行使用时所有的技术术语以及科学术语具有与本 发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。尽管与本发明中所描述的那些相 类似的或者等价的方法以及材料可以被用在本发明的实践中，但适合的方法以及材料是下 文中所描述的。在本发明中所提及的全部公开出版物，专利申请，专利，以及其他的参考文 献均明确的以全部内容被引入作为参考。如果出现矛盾，本说明书，包括定义，将占主导地 位。除此之外，在本发明中所描述的材料，方法，以及例子仅仅是说明性的并且并不意在构 成限制。本发明的其他特征以及优点将通过下述的详细描述以及权利要求而变得显而易 见并且被涵盖在下述的详细描述以及权利要求的范围之内。附图的简要描述附

图1表示的是黑素细胞特异性MET表达对皮肤恶性黑素瘤的形成的促进。(A) 从指定的动物处收集黑素细胞并且使其适于进行培养。从经过培养的黑素细胞中提取总 RNA，其中所述的黑素细胞是在存在或者不存在强力霉素(DOX)的条件下生长的，并且使用 转基因特异性引物通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对MET的表达(Tg MET)进行检 测。R15，核糖体蛋白R15内部对照；-RT，非逆转录聚合酶链式反应(PCR)对照(B)从存在强力霉素的iMet动物处收集原发性肿瘤(T1-T6)并且使用基因特异性引物通过逆转录-聚 合酶链式反应(RT-PCR)对所述的黑素细胞标记物酪氨酸酶TRPl以及Dct的表达进行评 价。XB2，小鼠角化细胞细胞系；B16F10，小鼠恶性黑素瘤细胞系；R15，核糖体蛋白R15内部 对照；-RT，非逆转录聚合酶链式反应(PCR)对照。(C)在一个MET诱发的原发性恶性黑素 瘤中，SlOO的黑素细胞特异性免疫组织化学染色。t，肿瘤；f，卵泡；fm，卵泡黑素细胞；a， 脂肪细胞。(D)在一个MET诱发的原发性恶性黑素瘤中，全部的c-Met以及磷酸化的c_MET 的免疫组织化学染色。(E)进行逆转录-定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)，用以分析人类生 长因子(HGF)在MET诱发的原发性恶性黑素瘤(T1-T6)中的表达。对肿瘤的表达数据进行 了正态化处理，使其在两种hk4a/Arf+黑素细胞细胞系中表达。附图2表示的是M的活化作用驱动了转移性恶性黑素瘤的形成并且促进了在肺部 的接种。(A)在勃顿小室(Boyden chamber)内接种存在于不合有血清的培养基中的切IO4 个iMet肿瘤细胞(BC014细胞系)。将小室放置于化学引诱剂(含有10%血清的培养基) 中并且进行M小时的培养，其中在所述的化学引诱剂中不含有以及含有50纳克/毫升的 重组人类生长因子(HGF)。通过利用结晶紫进行染色的方式使得入侵的细胞进行显现。(B) 存在于一个iMet转基因小鼠的背部皮肤上的一种原发性皮肤梭形细胞恶性黑素瘤的苏木 素-伊红染色(H&E)切片，这是通过强力霉素诱导的，以及发生在淋巴结肾上腺以及肺脏的 远端转移。(C)向SCID小鼠的尾部静脉内注射切105个细胞，在此之后经过肺部小结的形 成，这与转移的播种有关联。左侧组从SCID动物的尾部静脉内收集到的不含有小结的肺 部组织的苏木素-伊红(H&E)染色切片，其中在所述动物的尾部静脉内注射有一种HRAS* 恶性黑素瘤细胞系(0/4小鼠)；右侧组从SCID动物的尾部静脉内收集到的渗透有小结的 肺部组织的苏木素-伊红(H&E)染色切片，其中在所述动物的尾部静脉内注射有所述的MET 驱动的BCO14细胞系(iMet) (3/4小鼠)。t，肿瘤。附图3表示的是多维交叉品系的基因组分析，其中所述的分析与一种低复杂性 的功能性遗传学筛选进行了偶联，用以识别转移决定子，其中所述的筛选针对的是细胞的 入侵。(A)通过对来自于iHRAS*以及iMet皮肤恶性黑素瘤的表达曲线的微阵列显著性 (SAM)分析的差异化表达的基因(1597个探针组)的相交，所述的相交是通过直系同源标定 (ortholog mapping)来实现的，利用的是存在于人类转移性恶性黑素瘤的扩增区域以及缺 失区域内的基因，或者利用的是存在于人类的原发性恶性黑素瘤与转移性恶性黑素瘤之间 的差异化表达的基因，从而定义了 360个备选物。(B)在iHRAS*与iMet小鼠恶性黑素瘤之 间进行的差异化表达基因的hgenuity途径分析(IPA) (1597个探针组，顶端)并且将交叉 品系的整体的基因列表(360个过滤出的基因列表，底端)与9个随机抽取的基因组进行比 较，其中所述的9个随机抽取的基因组具有相同的大小。所表示出的是前四位重要的功能 性分类。虚线代表的是由hgenuity途径分析(IPA)确定的显著性。(C)流程图描述的是关 于入侵的低复杂性的遗传学筛选。230个克隆代表的是所述的295个经过上调节的备选物 /扩增的备选物中的199个被分别转导至经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原 发性黑素细胞468(HMEL468)中并且在96孔基质胶入侵培养板内对入侵作用进行检测，其 中所述的备选物在一个慢病毒系统中进行了表达。经由荧光素介导的量化对入侵作用进行 了测量并且利用绿色荧光蛋白(GFP)对照对所述的数值进行了正态化处理。在HMEL468或 者在WM3211中，对在两项独立的筛选中(n = 45)得分偏离向量对照超过两倍的标准偏差的备选物进行第二次的验证筛选，其中使用到标准的M孔基质胶入侵小室。(D)前侵基因 的低复杂性遗传学筛选的柱状图概述。单独利用前转移性备选物cDNA病毒对经过端粒酶 逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原发性黑素细胞468(HMEL468)致敏的黑素细胞进行转 导，在此之后将其装载于96孔transwell入侵检测培养板上。经由荧光素介导的量化对入 侵作用进行了测量并且利用空白载体对照对所述的数值进行了正态化处理。在两次独立的 筛选中出现的产生偏离绿色荧光蛋白(GFP)对照两倍标准偏差的入侵作用的备选cDNA被 认为是第一次筛选所选中的(n = 45)。(E)相对于对照31验证的转移性决定子而言，在入 侵活性方面的增加倍数的柱状图概述。附图4表示的是对代表性的决定子(A)Fascinl (FSCNl)以及(B)人热休克转录因 子ι (HSFi)的蛋白质表达所进行的自动化定量分析(AQUA )，所述的自动化定量分析 是在色素痣组织微阵列(TMA)上进行的，正如所述，所述的色素痣是原发性以及转移性恶 性黑素瘤的肿瘤范例参见Camp，R.L.，Chung，G.G.，& Rimm, D. L.(于2002年)在Nat Med 《天然药物学》8(11)，1323-1327 中发表的文章Automated subcellular localization and quantification of protein expression in tissue microarrays《组织微阵歹Ij中白勺自动
化的亚细胞定位以及蛋白质表达的量化》。对自动化定量分析(AQUA )的得分进行信 息核心的评价，其中所述的得分是分别对发生在所述的细胞质以及细胞核的细胞间隔内的 FSCNl以及人热休克转录因子I(HSFl)的染色而言的。显著性(S ；5% )是基于Fisher’ s 测试而言的。参见表格2中对于结果的概述。附图5表示的是(A)K-均值聚类以及(B)卡普兰-迈耶(Kaplan-Meier)分析， 所述的卡普兰-迈耶分析针对的是两个亚类别的整体存活组(顶端)以及不发生转移的 存活组(底端)，所述的亚类别来自于上文中所述的295个处于第I-II阶段的乳腺癌小 组乳腺癌数据来自于van de Vijver, Μ. J.等人(于2002年)在N Engl J Med《新英 格兰药物学杂志》；347(25)，1999-2009 中发表的文章 A gene-expression signature as a predictor of survival in breast cancer《作为乳腺癌存活的预测剂的基因表达信号》; van't Veer,L. J.等人(于2002年)在Nature《自然》415 (6871)，530-536中发表的文章 Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer《基因表达 曲线对乳腺癌的临床结果所进行的预测》。附图6表示的是所述的体外失巢凋亡(anoikis)筛选方法。(A)体外失巢凋亡的 筛选策略。(B)当被放置在具有低附着性的培养板上时，大鼠的肠道上皮(RIE)细胞具有降 低的存活能力。将大鼠的肠道上皮(RIE)细胞放置在96孔超低聚集度(ULC)培养板上或 者附着性培养板(adherent plate)上M小时。对用于表征细胞的存活能力的三磷酸腺苷 (ATP)所具有的水平进行测量并且将其以在时间M小时/0小时下的水平的比率的形式给 出。(C)大鼠的肠道上皮细胞(RIE)对V5-mTrkB的表达。大鼠的肠道上皮(RIE)细胞发生 了感染并且在48小时时对细胞的溶解物进行分离并且利用十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺 凝胶电泳(SDS-PAGE)对其进行处理。利用α-V5抗体完成western印迹分析。附图7表示的是各种不同的基因向大鼠的肠道上皮(RIE)细胞提供的失巢凋亡 抗性。利用逆转录病毒对大鼠的肠道上皮(RIE)细胞进行感染，其中所述的逆转录病毒表 达所述的备选基因中的一种，将上述细胞放置于超低聚集度培养板上并且在放置之后的M 小时时对细胞所具有的存活能力进行测量。给出的数值是相对于0小时时的存活能力。对所有的读数均进行三次读取。高亮显示的是空白载体的读数，脑源性神经营养因子(BDNF) 的读数或者mTrkB的读数(阳性对照)。附图8表示的是二十个备选基因，其中所述的备选基因向大鼠的肠道上皮(RIE) 细胞所提供的失巢凋亡抗性超过了所述中间值的两倍的标准偏差。在两次独立的筛选中， 九个备选基因(HNRPR, CDC20, PRIM2A, HRSP12, ENY2, MGC14141, RECQL, STK3,以及 MX2)给 出了超过所述中间值的一倍的标准偏差。这些基因位于所述的被指定的染色体之中。附图9表示的是在被保持在悬浮液中之后，基因为大鼠的肠道上皮(RIE)细胞提 供的发生附着的能力。将表达一种备选基因的大鼠的肠道上皮(RIE)细胞放置在超低聚集 度(ULC)培养板上M小时。将存在于悬浮液中的细胞转移到附着性培养板中并且在经过 24小时之后利用结晶紫对发生附着的细胞进行染色。以M小时/0小时的形式给出细胞的 存活能力。对所有的读数均进行三次读取。附图10表示的是转移决定子对致肿瘤性的促进(A)经过端粒酶逆转录酶(TERT) 永生化处理的人类原发性黑素细胞468(HMEL468)向SCID小鼠(n = 6)中进行的皮下注射， 其中所述的经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原发性黑素细胞468(HMEL468) 细胞能够稳定的表达绿色荧光蛋白(GFP)或者指定的转移决定子，通过临床检查对所述小 鼠的肿瘤形成进行监测。所表示出的是经过苏木素-伊红(H&E)染色的代表性的原发性肿 瘤(t)，所述的原发性肿瘤(t)表现出经过周围的肌肉纤维(m)以及脂肪细胞(a)而进行的 局部入侵。(B)表格概括的是通过决定子驱动的致肿瘤性检测中收集到的数据。附图11描述的是决定子HOXAl对细胞的入侵能力以及肺部的播种能力的促进。 (A) HOXAl在经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原发性黑素细胞468 (HMEL468) 中的异常表达导致了粘附斑激酶(FAK) (Tyr 397 ；左侧组)的活化作用的增强，以及在 transwell入侵检测中相应的入侵作用的增强，其中所述的入侵是进入基质胶的入侵(右 侧组；在附图IlC中对其进行了量化)。(B)对H0XA1-V5进行的western印迹分析，用以 证实HOXAl在丽115以及丽3211转导细胞系中的表达(左侧组)以及所述的transwell 入侵检测的代表性的图像(右侧组)，其中所述的检测在附图IlC中进行了量化。(C)对 入侵小室数据的量化，其中所述的数据在附图IlA-B中被呈现。(D)将稳定的表达绿色荧 光蛋白(GFP)或者HOXAl的经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原发性黑素 细胞468(HMEL468)细胞通过静脉内的方式注射至SCID小鼠(n = 6)的尾部静脉内，并 且在经过注射后的12周时对尸体进行肺部小结的检查。在50%的HOXAl组中(η = 3) 检测到了肉眼可见的(以及显微镜可见的)肺部小结但是在所述的对照中没有检测到肺 部小结。从一种注射了经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类原发性黑素细胞 468 (HMEL468)-HOXAl的动物处切离的肺部小结(t)以及周围的肺部软组织(1)的代表性的 苏木素-伊红(H&E)显微镜照片。(E)将表达空白载体(EV)或者HOXAl的WM115恶性黑素 瘤细胞通过皮下的方式注射至裸鼠体内并且在经过注射之后的46天时进行测量。(F)从裸 鼠中分离出来的肺脏的代表性的转移，其中所述的裸鼠接受了皮层内注射的WM115-H0XA1 细胞。附图12表示的是HOXAl驱动的转录物组分析对Smad3网络的识别，所述的网络 是由Ingenuity途径分析(IPA)来定义的。使用Iugenuity途径分析(IPA) (Ingenuity Systems Inc.)生成一个分子网络。所述的网络通过绘图的方式被显示为小结(基因)以及边缘(存在于小结之间的生物关联)。实线代表的是直接的相互作用而虚线代表的是间 接的相互作用。红色以及绿色分别代表的是在所述的转录物组分析中发生过表达的基因或 者低表达(under-expressed)的基因。所述的物体的形状代表着所述的蛋白质所属的功能 家族。关于基因家族内容请参阅补充表格S3以及说明书。(B)使用逆转录-定量聚合酶链 式反应(RT-qPCR)对指定的HOXAl转导细胞系进行SMAD3表达的评价。根据甘油醛磷酸脱 氢酶(GAPDH)内部对照以及绿色荧光蛋白(GFP)试验对照对数值进行计算。误差条代表的 是标准误差。附图13表示的是HOXAl的异常表达对细胞入侵作用的增强，其中所述的入侵作用 是经由所述的转化生长因子β (TGFi3)信号应答的上调节作用来实现的。(A)利用转化生 长因子β (TGFi3)可诱导型3TP-Lux荧光素酶报告基因对WM115细胞进行转染，其中所述 的WM115细胞能够异常的表达H0XA1，在此之后利用或者不利用转化生长因子β (TGFi3)进 行处理，用以对与所述的绿色荧光蛋白(GFP)表达对照相比而言的应答性进行评价。误差 条代表的是标准误差；双尾t-检验-转化生长因子β (TGF β) :ρ = 0. 003 ；+转化生长因 子β (TGF β ) :p< 0.0001。(B)使用指定的抗体，通过western印迹对来自于丽115细胞 的全细胞溶解物进行分析，其中所述的WM115细胞能够稳定的表达绿色荧光蛋白(GFP)或 者H0XA1，并且是在存在或者不存在转化生长因子β (TGFi3)的条件下在10%的血清或者
的血清中繁殖的。(C)利用SMAD3 shRNA(shSMAD3)或者非靶向的shRNA(shNT)对WM115 细胞进行转导，其中所述的丽115细胞能够稳定的表达H0XA1，并且将所述的细胞装载于 基质胶transwell入侵小室之上，从而对细胞的入侵作用进行检测，所述的检测是与所述 的WM115亲本细胞系进行比较而言的，其中所述的WM115亲本细胞系是利用绿色荧光蛋白 (GFP)对照病毒(GFP)进行转导的。在右侧组中表示出的是入侵小室的代表性的图像。双 尾 t-检验绿色荧光蛋白(GFP)vs. shNT，p = 0. 0008 ；shNT vs. shSMAD3,p = 0. 0022。(D) 将能够表达空白载体(EV)或者HOXAl的WM115恶性黑素瘤细胞通过皮下的方式注射至裸 鼠体内。利用抗-膦-SMAD3对上述得到的异种移植物的肿瘤切片进行免疫染色，用以证实 在HOXAl肿瘤范例中SMAD3的活化作用。附图14。在经过向SCID小鼠进行的静脉内尾部静脉注射之后，利用HRAS*进行转 导的来自于hk4a/Arf-/-小鼠的黑素细胞(M3HRAS)表现出下述性质，其中HRAS*能够对 FSCNl或者HOXAl进行过表达(A)在tranwell入侵检测中向基质胶中的增强的入侵作用 (B)在裸鼠中增强的皮下肿瘤的生长以及(C)增强的肺部小结的形成。需要注意的是在C 中，所述的FSCm组的肺脏/体重指数的差异不显著，这归因于在所述的检测终点时这些动 物具有的相对良好的健康状况，其中所述的检测终点是由极端病态的HOXAl组所指定的。附图15表示的是利用RNA来进行定量的聚合酶链式反应(qPCR)，其中使用 RI^rofiler聚合酶链式反应(PCR)阵列(Supperarray)对与转移有关的一组基因的表达 进行分析，其中所使用的RNA是从下述细胞中分离得到的(A)WM115恶性黑素瘤细胞以及 (B)转化的人类黑素细胞(HMEL468)，所述的黑素细胞能够表达空白载体(对照组)或者 HOXAl (组1)。利用抗趋化因子受体4(CXCR4)对上述得到的异种移植物的肿瘤切片进行免 疫染色，用以证实在HOXAl肿瘤范例中的过表达(附图13)。所表示出的是符合差异化表达 的阈值的基因，其中所述的差异化表达是存在于对照组与试验组之间的差异化表达。附图16表示的是将丽115恶性黑素瘤细胞以及经过转化的人类黑素细胞(HMEL468)通过皮下的方式向裸鼠体内的注射，其中所述的经过转化的人类黑素细胞 (HMEL468)能够表达空白载体(EV)或者HOXAl。利用抗趋化因子受体4 (CXCR4)对上述得 到的异种移植物的肿瘤切片进行免疫染色，用以证实在HOXAl肿瘤范例中的过表达。附图17表示的是(A)在Spitz色素痣组以及恶性黑素瘤的福尔马林固定石蜡包 埋(FFPE)的样本组中对UBE2C的RNA表达所进行的QuantiGene分析。(B)利用指定的载 体对原发性的hk4a/Arf-缺陷型小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)进行转染，其中所述的载体能 够表达HRASV12，MYC以及UBE2C。Vec = LacZ载体对照；条状代表的是+/_标准偏差。附图18表示的是㈧在transwell入侵检测中对丽3211恶性黑素瘤细胞向基质 胶中的入侵作用进行检测，其中所述的丽3211恶性黑素瘤细胞能够稳定的表达空白载体 (ev)，Geminin或者Nedd9(阳性对照)。(B)对从丽3211细胞中提取出来的整体的细胞溶 解物进行免疫印迹分析，其中所述的丽3211细胞能够稳定的表达空白载体(ev)，Geminin 或者小窝蛋白(CaVe0lin)l(阴性对照)。抗-膦粘附斑激酶(FAK)以及抗-膦细胞外信 号调节蛋白激酶(ERK)分别代表的是被活化的粘附斑激酶(FAK)以及细胞外信号调节蛋白 激酶(ERK)物种。(C)针对膦-粘附斑激酶(FAK) (P-FAK ；红色)对能够稳定的表达空白载 体(EV)或者Geminin (GEMN)的丽3211细胞进行免疫染色，用以证实在附图18B中观察到 的粘附斑激酶(FAK)的活化作用的增强。发明的详细说明本发明涉及到对信号以及决定子的识别，其中所述的信号与转移性肿瘤或者发展 成为一种转移性肿瘤的危险有关，并且所述的决定子意味着宿主具有一种转移性肿瘤或者 宿主具有发展成为一种转移性肿瘤的危险。已经证实了在人类和小鼠的数据组之间进行的交叉品系的比较能够提供一种生 物过滤器，用于对诱因性的癌症基因进行识别，其中所述的癌症基因与人类的恶性黑素瘤 生物学相关。在现在的研究中，使用两个恶性黑素瘤的小鼠模型来进行基因的识别，其中所 述的基因在转移中发生了差异化的表达，所述的小鼠模型所具有的原发性肿瘤表现出明显 的发生转移的可能性。在原发性肿瘤之间进行的表达曲线的比较识别出了一份1597个差 异化表达的基因的列表，其中所述的基因已经通过生物过滤被区分了优先次序，并且与扩 增以及缺失的图案发生了重叠，其中所述的原发性肿瘤来自于转移性的(iMet)以及非转 移性的(iHRAS*)遗传工程化小鼠(GEM)模型，所述的生物过滤是通过交叉品系分析来实现 的，所述的扩增以及缺失的图案是通过阵列-比较基因组杂交(CGH)来获得的。可以设想， 进化保守性变化(例如，在小鼠以及人类中)更为可能是至关重要的；因此，利用基因组数 据对来自于所述的遗传工程化小鼠(GEM)模型(其优点在于具有定义的遗传学背景以及清 楚的表型关系)的表达数据进行的三角剖分能够允许进行优先次序的排列并且指定了人 类与所述的1597个备选物之间的关联。已经识别出由四5个上调节/扩增的基因以及65个下调节/缺失的基因组成的一 种受表型驱动的进化保守型转移备选物列表，所述的列表是通过下述方式来进行识别的 对两个经过基因工程化处理的小鼠皮肤癌恶性黑素瘤模型所具有的转录物组进行比较，其 中所述的两个小鼠模型具有差异化的转移可能性，在此之后利用人类原发性恶性黑素瘤以 及转移性恶性黑素瘤所具有的基因组曲线以及转录物组曲线进行三角剖分。使这些备选物 纳入到低复杂性的遗传学筛选之中，所述的筛选针对的是入侵作用，失巢凋亡抗性或者在流通以及定植作用中的存活，它们对应的是在转移性蔓延中的三个主要的步骤(即，从所 述的原发性肿瘤位点处的逃离，流通，最终在远端的外源位点上发生定植以及增殖)。到目 前为止，所述的入侵筛选已经定义了三十一种(31)有效的转移决定子，所述的转移决定子 能够为经过端粒酶逆转录酶(TERT)永生化处理的人类黑素细胞468以及恶性黑素瘤细胞 提供前侵活性。可以预料到的是，通过对失巢凋亡抗性或者定植作用的筛选，所述的转移备 选物的独立的子集将被定义为另外的决定子，所述的决定子仅仅在一定程度上，如果还会 的话，与来自于所述的入侵筛选的决定子发生重叠。到目前为止，所述的失巢凋亡抗性筛选 已经定义了九种(9)有效的决定子，所述的决定子能够为悬浮液提供存活性，而不与所述 的入侵作用决定子发生重叠。这些决定子将共同或者作为一个子集来适用于在转移分配作 用中所涉及到的主要步骤。已经认识到，原发性肿瘤在遗传学意义上是多样化的。如果在一个原发性肿瘤之 中的亚群体中的转移决定子能够为所述的原发性肿瘤提供增殖的益处并且最终驱动其向 远端位点处的分配，那么可以预料到的是，相对于其原发性的副本而言，所述的转移性衍生 物将更为均一化并且因此对于这样的转移决定子而言将出现一种与恶化相关联的表达类 型。为了对25种这样的决定子所具有的表达类型进行评价，我们利用在Oncomine上的 表达曲线数据一览表(参见Rhodes D.R.等人于2004年在Neoplasia《瘤的形成》6，1_6 43^ ! 'ONCOMINE -.a cancer microarray database and integrated data-mining platform《ONCOMINE :—个癌症微阵列数据库以及综合的数据采集平台》)。然而，尽管这 25种转移决定子中的绝大部分还没有被明确的包含在入侵或者或者转移之中，但是它们中 的每一种均在恶性黑素瘤以及非恶性黑素瘤固体肿瘤中表现出一种表达类型，所述的表达 类型与增加的肿瘤级别或者预后具有显著的关联。例如，相对于原发性疾病而言，在所述的 25种决定子中有12种在转移性疾病中表现出了增加的表达。在脑(神经胶质瘤)肿瘤中， 有13种所述的转移决定子表现出了与恶化相关的表达类型，S卩，在更高阶段的神经胶质瘤 中的增加的表达，其中所述的脑(神经胶质瘤)肿瘤是类似于恶性黑素瘤的另外一种间叶 细胞样肿瘤。在这些决定子中，有6种表现出与结果的阳性相关性。在前列腺腺癌中，从原 发性到转移性，所述的转移决定子中有十种表现出了在表达方面的显著的增加。在肺部，有 五种表现出了与增加的肿瘤级别之间的相关性。在乳腺癌中观察到了最为显著的重叠，其 中在所述的25种转移决定子中有13种表现出了与肿瘤恶化的阶段或者肿瘤恶化的级别之 间的相关性；此外，有13种所述的决定子被报告为与预后存在相关性。因此，本发明提供了用以对宿主进行识别的方法，其中所述的宿主患有一种转移 性肿瘤，或者存在经历一种转移性肿瘤的危险，所述的方法是通过下述方式来实现的对与 所述的转移性肿瘤有关的决定子进行检测，包括那些对于所述的转移性肿瘤而言是无症状 的宿主。这些信号以及决定子同样可以被有效的用于对宿主进行监测，其中所述的宿主正 在接受针对癌症的处置以及治疗，并且可以被有效的用于对治疗以及处置方案进行筛选或 者修饰，其中所述的治疗以及处置方案对于患有癌症的宿主而言应当是有效的，其中对这 些处置方案以及治疗的筛选以及使用能够减慢所述肿瘤的恶化，或者在本质上延缓或者阻 止其发作，或者降低或阻止所述的肿瘤发生转移的发病率。定义“准确率”指的是一种被测量得到的质量或者被计算得到的质量(一种测试所报告的数值)与其实际(或者真实)值之间的一致性程度。临床准确率涉及到所述的真实结果 (真实阳性(TP)或者真实阴性(TN))占错误分类结果(假阳性(FP)或者假阴性(FN))的 比例，并且其可以被称为敏感度，特异性，阳性预测值(PPV)或者阴性预测值(NPV)，或者除 了其他的测量物之外，作为一种可能性，还可以被称为让步比。“决定子”在本发明的上下文中涵盖了，但不局限于，蛋白质，核酸，以及代谢产物， 以及它们的多形体，变异形式，变体，修饰形式，亚单元，片段，蛋白-配体复合物，以及降解 产物，蛋白-配体复合物，元素，相关的代谢产物，以及其他的分析物或者来源于样本的测 量物。决定子同样可以包括变异的蛋白质或者变异的核酸。决定子同样能够涵盖非血液 中产生的因子或者健康状态的非分析物生理学标记物，例如在本发明中所定义的“临床参 数”，以及同样在本发明所定义的“传统实验室危险因素”。决定子同样包括任何通过计算 得到的指数，其中所述的指数是通过数学的方法或者通过前述测量方法中的任意一种或者 多种的组合而建立的，包括暂时性的趋势以及差异。在可以利用的情况中，并且除非在本 发明中另有描述，当决定子是基因产物时，可以根据所述的官方的字母缩略语或者被指定 的基因符号对所述的决定子进行识别，其中所述的基因符号是由国际人类基因命名委员会 (international Human Genome Organization Naming Committee (HGNC))指定的，以及在 本申请日前在所述的美国生物技术信息中心(US National Center for Biotechnology Information(NCBI))网页(http ://www. ncbi. nlm. nih. gov/sites/entrez ？ db = gene) 上所列出的，其同样被称之为Entrez基因(Entrez Gene)。“决定子(DETERMINANT) ”或者“DETERMINANTS”涵盖了全部的核酸或者多肽中的 一种或者多种，其中所述的核酸或者多肽所具有的水平在宿主体内发生了变化，所述的宿 主患有一种转移性的肿瘤或者存在发展成为一种转移性肿瘤的倾向，或者存在形成一种转 移性肿瘤的危险。在表格1中对各种决定子(DETERMINANT)进行了概括并且在本发明中 尤其将它们统称为“转移性肿瘤相关性蛋白质”，“决定子(DETERMINANT)多肽”，或者“决定 子(DETERMINANT)蛋白质”。编码所述多肽的相应的核酸被称之为“转移性肿瘤相关性核 酸”，“转移性肿瘤相关性基因”，“决定子(DETERMINANT)核酸”，或者“决定子(DETERMINANT) 基因”。除非另外指明，“决定子(DETERMINANT)”，“转移性肿瘤相关性蛋白质”，“转移性 肿瘤相关性核酸”意在指的是在本发明中所公开的序列中的任意一个。所述的决定子 (DETERMINANT)蛋白质或者核酸所具有的相应的代谢物同样是可以被测量的，以及上述提 及的传统危险标记物代谢物中的任意一种。健康状态的生理学标记物(例如，年龄，家族历史，以及普遍被用来作为传统的危 险因素的其他测量值)被称之为“决定子(DETERMINANT)生理学”。经过计算得到的指数被 称之为“决定子(DETERMINANT)指数”，其中所述的指数是通过数学的方法将一种或者多种 测量值进行组合来建立的，其中所述的测量值优选为两种或者多种，是针对前述提及的决 定子(DETERMINANT)类型所进行的测量。“临床参数”涵盖了所有的宿主健康状态的非样本生物标记物或者非分析物生物 标记物或者其他的特征，例如，但不局限于，年龄(Age)，种族(RACE)，性别(kx)，或者家族 历史(!^mffiO。“循环内皮细胞”(“CEC”)是一种来自于血管内壁的内皮细胞，所述的内皮细胞能 够在某些条件下散落在血流之中，所述的条件包括炎症，并且促成了与癌症的发病机理有关的新的脉管系统的形成。循环内皮细胞(CEC)能够被有效的用来作为一种肿瘤恶化的标 记物和/或针对抗血管生成治疗的应答的标记物。“循环肿瘤细胞”(“CTC”)是一种来源于上皮的肿瘤细胞，所述的肿瘤细胞能够在 发生转移时从所述的原发性肿瘤处散落，并且进入到所述的循环之中。在患有转移性癌症 的患者体内，存在于外周血之中的所述循环肿瘤细胞的数量与预后有关。可以对这些细胞 进行分离并且使用能够检测上皮细胞的免疫方法对其进行量化。“FN”指的是假阴性，当其被用在一种疾病状态的测试中时，指的是将一个患有疾 病的宿主错误的分类为未患有疾病或者正常。“FP”指的是假阳性，当其被用在一种疾病状态的测试中时，指的是将一个正常的 宿主错误的分类为患有疾病。“公式”、“运算法则”、或者“模型”指的是任何的数学等式，算法，解析过程或者程 序化的过程，或者统计学技术，其能够进行一个或者多个连续的或者分类的输入(在本发 明中被称为“参数”)并且计算出一个输出值，有时其被称之为“指数”或者“指数值”。“公 式”的非限制性的例子包括求和操作，比例操作，以及回归操作，例如系数或者指数，生物标 记物值的转化以及正态化(包括，但不局限于，那些基于临床参数的正态化方案，其中所述 的临床参数是例如性别，年龄，或者种族)，标准以及指导方针，统计学分类模型，以及已经 在历史群体中训练得到的神经网络。当在组合的决定子(DETERMINANT)以及其他的决定子 中进行特定的使用时，其是线性等式以及非线性等式，以及统计学分类分析，用以确定存在 于一个宿主样本中的所述决定子(DETERMINANT)所具有的水平与所述的宿主所存在的发 生转移性疾病的危险之间存在的关系。在评判小组(panel)以及混合结构中，特别感兴趣 的是结构以及合成统计分类运算法则，以及用来进行危险指数构建的方法，其中所述的方 法利用到了图案识别的特征，包括已经建立的技术例如交叉相关，主成分分析(PCA)，因素 轴转，吉斯回归(LogReg)，线性判断分析(LDA)，Eigengene线性判断分析(ELDA)，支持向 量机(SVM)，随机森林(RF)，递归分割树(RPART)，以及除此之外的其他相关的决策树分类 技术，缩小重心(SC)，StepAIC, K最近邻取样，Boosting,决策树，神经网络，贝叶斯网络，支 持向量机，以及隐式马可夫模型。可以被用在存活率以及事件时机危险分析中的其他技术 包括Cox比例风险模型，可靠性和寿命数据分析(Weibull)，卡普兰-迈耶(Kaplan-Meier) 模型以及Greenwood模型，这些均是本领域技术人员所熟知的。这些技术中的许多在用来 与一种决定子(DETERMINANT)筛选技术进行组合使用时同样是有效的，其中所述的决定子 (DETERMINANT)筛选技术例如是前向选择，后向选择，或者逐步选择，在一种给定大小的范 围内对所有可能的小组进行的全数调查，遗传运算法则，或者它们本身可以包括以它们自 己的技术来完成的生物标记物筛选方法。可以将这些与信息准则进行偶联，其中所述的信 息准则是例如赤池信息准则(Akaike’ s Information Criterion) (AIC)或者贝叶斯信息 准则(Bayes Information Criterion) (BIC)，其目的在于对存在于另外的生物标记物与 模型改进之间的折衷进行量化，并且帮助对这种过度拟合进行最小化。上述得到的预测模 型可以在其他的研究中对其进行验证，或者在它们最初进行训练的研究中对其进行交叉验 证，其中所述的验证或者交叉验证使用的是这样的技术例如Bootstrap仿真程序，留一法 (L00)以及10倍交叉验证(10-Fold CV)。在各种不同的步骤中，可以通过数值的置换检 验对错误发现率进行估算，这可以依照本领域已知的技术来实现。“健康经济利用率函数(health economic utility function) ”是一种来自于一定范围内的临床结果的预期概率 的组合的一个公式，其中所述的临床结果来自于一个理想化的可以适用的患者群体，其得 自于在向所述的标准治疗过程中插入诊断性干预或者治疗性干预之前以及之后。其涵盖了 对这种干预所具有的下述参数的估算准确率，有效性以及性能特征，以及与每一种结果相 关的成本和/或价值测量(利用率)，所述的结果可以来自于真实的医疗卫生系统成本(月艮 务，补给，设备以及药物，等等)和/或一种估算得到的可以被接受的在每一个质量调整生 命年(QALY)中的价值，其中所述的价值是能够产生每一种结果的价值。将产生一种结果的 参与预测的所述群体的大小乘以各自结果的预期可利用率，将所有的预测结果的上述乘积 求和，就得到了对于一种给定的标准治疗而言的整体的健康经济利用率。在所述 干预的情况下，计算得到的所述标准治疗所具有的总体的健康经济利用率与( )不存在 所述干预的情况下，计算得到的所述标准治疗所具有的总体的健康经济利用率之间所存在 的差异产生了对所述的干预而言的健康经济成本或者价值的整体测量值。可以将该数值除 以参与进行分析的整体的患者组(或者单独的除以所述的干预组)，从而获得了每一个单 位干扰所具有的成本，并且能够对下述决策起到指导作用，其中所述的决策是市场定位， 定价，以及对健康系统的接受程度的设想。这样的健康经济利用率函数是普遍被使用的，用 以对所述的干预所具有的成本-有效性进行比较，但是同样可以对上述函数进行转化，用 以估算在每一个质量调整生命年(QALY)中有意愿对所述的健康治疗系统进行购买的可接 受值，或者用以估算一种新的干预所需要具有的可接受的成本_有效性临床性能特征。对于本发明中所述的诊断性的(或者预后性的)干预而言，由于每一种结果(这 在一项疾病分类诊断性测试中可以是一种真阳性，假阳性，真阴性，或者假阴性)承受着不 同的成本，一个健康经济利用率函数可能对敏感度而不是特异性进行优先的证明，或者可 能对阳性预测值(PPV)而不是阴性预测值(NPV)进行优先的证明，这是根据所述的临床状 况以及各个结果所具有的成本以及价值来决定的，并且因此提供了另外一种健康经济性能 以及价值的测量值，所述的测量值可能与更直接的临床性能测量值或者分析性能测量值存 在差异。这些不同的测量值及其相关的折衷值一般而言仅仅在一种完美的测试中才能会聚 在一点，具有零错误率(或者换句话说，有零个被预测的宿主的结果是被错误分类的或者 是假阳性的以及假阴性的)，其中所有的性能测量值都将偏向于不完整性，只是在程度上有 所不同。 “测量”或者“测量方法”，或者可供选择的“检测”或者“检测方法”，指的是在一个 临床样本或者来自于宿主的样本中，对一种任意给定的物质的存在、不存在、质量、活性或 者剂量(其可能是一种有效剂量)所进行的评价，包括这样的物质所具有的定性的浓度水 平或者定量的浓度水平的衍生，或者另外的对一种宿主的非分析物临床参数所具有的价值 或者分类所进行的评价。“阴性预测值”或者“NPV”是由真阴性(TN)/(真阴性+假阴性)计算得到的，或者 是由所述的真阴性部分占全部的阴性测试结果的比例计算得到的。其同样会固有的受到所 述疾病的流行程度的影响，以及所述群体所具有的测试前概率的影响，其中所述的群体是 意在接受测试的群体。参见，例如，0，MarcaighAS, Jacobson RM 于 1993 年在 Clin. Ped.《儿科临床 学》32 (8) 485-491 中发表的文章“Estimating The Predictive Value Of A DiagnosticTest,How To Prevent Misleading Or Confusing Results《对一种诊断性测试所具有的预 测值的估算，怎样防止误导或者混乱的结果》”，其中对一种测试所具有的特异性、敏感度、 以及阳性 预测值和阴性预测值进行了讨论，所述的测试例如是一种临床诊断性测试。通常 情况下，对于使用了一种连续性的诊断性测试的测量方法的二元疾病状态分类方法而言， 通过接受者操作特性(ROC)曲线对所述的敏感度以及特异性进行了总结，并且通过所述的 曲线下面积(AUC)或者C-统计量进行了总结，其中所述的接受者操作特性(ROC)曲线是依 照P印e等人于2004年在Am. J. Epidemiol《美国流行病学杂志》159 (9) 882-890中发表的 文章"Limitations of the Odds Ratio in Gauging the Performance of a Diagnostic, Prognostic, or Screening Marker《让步比在测定一种诊断性、预兆性、或者筛选性标 记物的性能中所存在的局限性》”所描述的，所述的曲线下面积(AUC)或者C-统计量是 一种允许用来仅使用一个单一的数值对一种测试、检测、或者方法在全体范围的测试(或 者检测)分割点上所具有的敏感度以及特异性进行代表的指示剂。同样可以参见，例如， Shultz 于 1996 年在由 Burtis 以及 Ashwood (编辑)的 Teitz，Fundamentals of Clinical Chemistry《临床化学基础》第4版第14章中发表的文章“Clinical Interpretation Of Laboratory Procedures《实验室操作的临床干预》”，W. B. Saunders公司，第192-199 页；以及Zweig等人于1992年在Clin. Chem.《临床化学》38(8) :1425_1428中发表的文 章"ROC Curve Analysis :An Example Showing The Relationships Among Serum Lipid AndApolipoprotein Concentrations In Identifying Subjects With Coronory Artery Disease《接受者操作特性曲线分析在对患有冠心病的患者进行识别时，一种能够表现出 所述的血清血脂与阿朴脂蛋白之间的关系的例子》”。依照Cook于2007年在Circulation 《循环》115 928-935 中发表的文章"Use and Misuse of the Receiver Operating Characteristic Curve in Risk Prediction《在危险预测中，对所述的接受者操作性特征 曲线的使用以及滥用》”中的内容，对一种可供选择的方法进行了概述，其中在所述的方法 中使用到了似然函数，让步比，信息论，预测值，校验(包括吻合度)，以及重新分类的测量 方法。最终，由一项测试来进行定义的危险比例以及在宿主组内的绝对危险比例及相对 危险比例成为一项对临床准确率以及可利用率的进一步的测量方法。多种方法被频繁的 用来对异常的或者疾病的值进行定义，其中所述的值包括引用极限，判定极限，以及危险阈值。“分析准确率”指的是所述的测量方法过程本身所具有的可再现性以及可预测性， 并且可以在如下这样的测量方法中对其进行总结变异系数，以及所述的相同样本或者对 照所具有的一致性以及校验测试，其中在所述的测量方法中使用到的是不同的时间、使用 者、仪器和/或试剂。同样在Vasan于2006年发表的文章中总结概括了在评价新的生物标 记物的过程中的这些考虑以及其他的考虑。“性能”是一个术语，所述的术语指的是一种诊断性的测试或者预后性的测试所具 有的整体的有效性以及质量，其中包括临床准确率以及分析准确率，其他的分析特征以及 加工特征，例如使用特征(例如，稳定性，使用的便利性)，健康经济值，以及所述的测试中 的组分所具有的相对成本。这些因素中的任何一个都可能是所述的优异性能产生的源泉以 及因此使所述的测试具有有效性的源泉，并且可以通过适宜的“性能度量体系”来对其进行测量，其中所述的“性能度量体系”例如是曲线下面积(AUC)，获得结果的时机，货架期，等等，只要相关即可。“阳性预测值”或者“PPV”是由真阳性(TP)/(真阳性+假阳性)计算得到的，或者 是由所述的真阳性部分占全部的阳性测试结果的比例计算得到的。其同样会固有的受到所 述疾病的流行程度的影响，以及所述群体所具有的测试前概率的影响，其中所述的群体是 意在接受测试的群体。在本发明的上下文中，“危险”指的是在一个指定的时间段内一种事件将发生的概 率，正如在向转移性事件进行转化的方面，并且能够意味着所述宿主的“绝对”危险或者“相 对”危险。绝对危险可以根据下述来进行测量在进行测量之后的所述相关的时间组之后 实际的观察情况，或者根据从统计学有效的历史组中得来的指数值来进行测量，其中所述 的历史组是在所述的相关的时间段内被跟进的组。相对危险指的是一个宿主所具有的绝对 危险与所述的低危险组所具有的绝对危险之间的比值，或者是一个宿主所具有的绝对危险 与一种平均的群体危险之间的比值，这种比值可能因为临床危险因素的评价方式而存在变 化。对于非转化的情况而言，让步比同样是被普遍使用的，让步比指的是对于一个给定的测 试结果而言，所述的阳性事件与所述的阴性事件之间的比例(让步比是根据所述的公式P/ (I-P)计算得到的，其中P指的是所述事件所具有的概率并且(I-P)指的是所述的未发生事 件所具有的概率)。 在本发明的上下文中，“危险评估，，或者“对危险进行的评估”涵盖了对所述的概 率、让步、或者可能性所进行的一种预测，其中所述的概率、让步、或者可能性指的是一种 事件或者疾病状态可能发生，所述的事件所具有的出现几率或者从一种疾病状态向另外一 种疾病状态进行的转化，即，从一种原发性肿瘤到一种转移性肿瘤的转化，或者从一种原发 性肿瘤到存在发展成为一种转移的危险的转化，或者从存在一种原发性转移事件的危险到 一种更为次级的转移性事件的转化。危险评估同样能够包括对下述内容所进行的预测未 来的临床参数，传统实验室危险因素值，或者癌症的其他指数，无论它们是以绝对的形式或 者是相对的形式在先前已经被测量的群体中出现的。本发明中所述的方法可以被用来对针 对一种转移性肿瘤的危险进行连续性的测量或者分类的测量，并且因此对一种类型的宿主 所具有的危险谱进行诊断以及定义，其中所述的这种类型的宿主被定义为存在形成转移性 肿瘤的危险。在进行所述的分类测量的情况中，本发明可以被用来在正常的宿主与具有较 高的形成转移性肿瘤的危险的其他宿主组之间进行判定。这种不同的用途可能需要不同的 决定子(DETERMINANT)的组合以及有各自特点的评判小组，数学运算法则，和/或截止点， 但是可以被进行相同的上述提及的测量，其中所述的测量针对的是对于各自的指定用途而 言所具有的准确率以及性能。在本发明的上下文中，“样本”指的是一种从宿主中分离得到的生物学样本，并且 可以包括，通过举例的方式而不构成限制，组织活切片，全血，血清，血浆，血细胞，内皮细 胞，淋巴液，腹腔积液，间质流体(同样被称为“细胞外流体”并且涵盖了在细胞之间的间隙 内被发现的所述流体，包括，尤其是，牙龈沟液)，骨髓，脑脊髓液(CSF)，唾液，粘液，痰液， 汗液，尿液，循环肿瘤细胞，循环内皮细胞或者任意其他的分泌物，排泄物，或者其他的体 液。“敏感度”是由真阳性(TP)/(真阳性+假阴性)计算得到的，或者是通过所述的疾病宿主所具有的真阳性比例计算得到的。 “特异性”是由真阴性(TN)/(真阴性+假阳性)计算得到的，或者是通过所述的非 疾病宿主或者正常宿主所具有的真阴性比例计算得到的。“统计学显著的”指的是所述的变化要比可能预期到的仅仅在偶然情况下发生的 情况(其可能是一种“假阳性”)具有更高的程度。统计学显著性是可以通过本领域中已知 的任何方法来确定的。普遍被使用的显著性的测量值包括所述的P值，其中所述的P值代 表的是假定一个数据点仅仅是由偶然的原因所产生的结果，获得一个至少像所述给定的 数据点一样极端的结果所具有的概率。如果所述的P值为0. 05或者更小，则认为所述的结 果是具有高度的显著性的。在本发明的上下文中，“宿主”优选是一种哺乳动物。所述的哺乳动物可以是人类， 非人类的灵长动物，小鼠，大鼠，狗，猫，马，或者牛，但是并不局限于这些例子。除了人类之 外的哺乳动物可以被有利的用来作为代表肿瘤转移的动物模型的宿主。宿主可以是雄性的 或者是雌性的。宿主可以是这样的一个宿主，其在之前已经被诊断为或者被识别出患有原 发性肿瘤或者转移性肿瘤，并且任选的已经接受过，或者正在接受，针对所述肿瘤的一种治 疗性的干预。或者可供选择的，宿主同样可以是这样的一个宿主，其在之前并没有被诊断为 患有一种转移性的肿瘤。例如，宿主可以表现出一种或者多种危险因素，其中所述的危险因 素是针对一种转移性的肿瘤而言的。“TN”指的是真阴性，当其被用在一种疾病状态的测试中时，意味着对未患有疾病 的宿主或者正常的宿主进行了正确的分类。“TP”指的是真阳性，当其被用在一种疾病状态的测试中时，意味着对患有疾病的 宿主进行了正确的分类。“传统实验室危险因素”对应着从宿主样本中分离出来的生物标记物或者从宿主 样本中得到的生物标记物，并且已经在所述的临床实验室中对这些生物标记物进行了普遍 的评价，并且在传统性的全球危险评价运算法则中对它们进行了使用。针对肿瘤转移的传 统实验室危险因素包括例如垂直厚度，溃疡形成，增殖指数，肿瘤浸润淋巴细胞。针对肿瘤 复发的其他传统实验室危险因素对于本领域技术人员而言是已知的。本发明的方法以及用途在本发明中所公开的方法是针对这样的宿主进行使用的，所述的宿主存在发展成 为一种转移性肿瘤的危险，所述的宿主可能已经被诊断出患有一种转移性肿瘤或者可能还 没有被诊断出患有一种转移性肿瘤，以及所述的宿主正在接受针对一种原发性肿瘤或者一 种转移性肿瘤的处置和/或治疗。本发明中所述的方法同样可以被用来为宿主进行治疗方 案的监测或者筛选，其中所述的宿主患有一种原发性肿瘤或者一种转移性肿瘤，以及用来 对宿主进行筛选，其中所述的宿主之前并没有被诊断为患有一种转移性肿瘤，例如那些表 现出针对转移的危险因素的宿主。优选的，本发明中所述的方法被用来对宿主进行诊断和 /或识别，其中所述的宿主对于一种转移性肿瘤而言是无症状的。“无症状的”意味着不能 够表现出所述的传统的症状。本发明中所述的方法同样可以被用来对宿主进行识别和/或诊断，其中所述的宿 主已经存在发展成为一种转移性肿瘤的较高的危险，这是单独基于所述的传统危险因素而言的。
可以通过下述方式对患有一种转移性肿瘤的宿主进行识别对存在于一种来源于 宿主的样本之中的有效数量(其可以是两种或者是更多种)的决定子(DETERMINANT)所具 有的剂量(包括它的存在或者不存在)进行测量并且之后将所述的剂量与一种参考值进行 比较。在此之后，可以对那些相对于所述的参考值而言发生的改变进行识别，其中所述的改 变指的是所述的存在于宿主样本之中的生物标记物在剂量以及表达类型上的改变，或者所 述的存在于宿主样本之中的代谢物或者其他被分析物所具有的分子质量的改变，其中所述 的生物标记物例如是蛋白质，多肽，核酸以及多核苷酸，蛋白质、多肽、核酸以及多核苷酸的 多形体，变异的蛋白质、多肽、核酸、以及多核苷酸。 一个参考值可以与来自于群体研究中的数量或者数值有关，包括但不局限于，这 样的宿主，所述的宿主具有相同的癌症，所述的宿主具有相同或者相似的年龄范围，所述的 宿主具有相同或者相似的种族集团，所述的宿主具有癌症的家族历史，或者所述的参考值 可以与来自于宿主的起始样本有关，其中所述的宿主正在接受针对癌症所进行的治疗。这 样的参考值可以从对群体进行的统计分析和/或群体的危险预测数据中得到，其中所述的 统计分析和/或群体的危险预测数据是通过数学的运算法则以及对癌症转移的计算机计 算得到的指数中获得的。同样可以对参考的决定子(DETERMINANT)指数进行构建以及使 用，其中所述的构建以及使用是利用了运算法则以及统计学分类和结构分类中的其他方 法。在本发明的一种实施方式中，所述的参考值指的是存在于一种对照样本之中的所 述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量，其中所述的对照样本来自于一个或者多个宿 主，所述的宿主不存在发展成为转移性肿瘤的危险或者存在发展成为转移性肿瘤的较低的 危险。在本发明的另外一种实施方式中，所述的参考值指的是存在于一种对照样本之中的 所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量，其中所述的对照样本来自于一个或者多个宿 主，所述的宿主对于一种转移性肿瘤而言是无症状的和/或缺乏传统危险因素。在一种进 一步的实施方式中，在经过这样的测试之后，在一个诊断学上相应的时间段内对这样的宿 主进行监测和/或周期性的重复测试(“纵向研究”)，用以验证一种转移性肿瘤的持续性 的不存在(未发生疾病或者未发生事件的存活)。这样的时间段可以是一年，两年，两年至 五年之间，五年，五年至十年之间，十年，或者十年至更多年之间，其中所述的时间是从为了 确定所述的参考值而进行的初始测试的日期开始计算的。此外，在建立这些参考值时，可以 对存在于被适当堆积的历史性的宿主样本中的决定子(DETERMINANT)进行追溯性的测量， 因此可以缩短所述的研究所需要的时间。一种参考值同样可以包括来自于宿主的所述的决定子(DETERMINANT)所具有的 剂量，其中所述的宿主表现出在转移性的危险因素方面的改善，这种改善是针对所述的癌 症所进行的处置和/或治疗方法所产生的结果。一种参考值同样可以包括来自于宿主的所 述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量，其中已经通过已知的入侵性技术或者非入侵性 技术证实了所述的宿主患有的疾病，或者所述的宿主存在发展成为一种转移性肿瘤的较高 的危险，或者所述的宿主已经经受着一种转移性的肿瘤。在另外一种实施方式中，所述的参考值是一个指数值或者是一个基线值。一种指 数值或者基线值指的是一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)的综合样本，其中所述的决 定子(DETERMINANT)来自于一个或者多个宿主，所述的宿主并不存在转移性肿瘤，或者所述的宿主对于转移而言是无症状的。一种基线值同样可以包括来自于宿主的样本中所述的 决定子(DETERMINANT)所具有的剂量，其中所述的宿主已经表现出在转移性肿瘤的危险因 素方面的改善，这种改善是针对所述的癌症所进行的处置和/或治疗方法所产生的结果。 在这种实施方式中，为了与所述的来自于宿主的样本进行比较，采用类似的方法对所述的 决定子(DETERMINANT)所具有的剂量进行计算并且将其与所述的指数值进行比较。任选 的，对这样的宿主进行选择，所述的宿主被识别出患有转移性肿瘤，或者具有发展成为一种 转移性肿瘤的增加的危险，使所述的宿主接受一种治疗方案，从而对所述的癌症的恶化进 行减慢，或者对所述的发展成为一种转移性肿瘤的危险进行降低或者阻止。 可以通过下述方式，对所述的转移性肿瘤的恶化或者一种癌症治疗方案所具有的 有效性进行监测，所述的方式是在一段时间内，对来自于一个宿主的样本中的有效剂量 的决定子(DETERMINANT)(其可以是两种或者更多种)进行检测并且将所检测到的所述的 决定子(DETERMINANT)的剂量进行比较。例如，可以在所述的宿主接受治疗之前获得第一 个样本，并且在所述的宿主接受治疗之后或者在治疗的过程中获取一个或者多个随后的样 本。如果随着时间的过去所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量相对于所述的参考值 而言发生了变化，则认为所述的癌症发生了恶化(或者，可供选择的，所述的治疗并没有对 恶化进行阻止)，而如果所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量随着时间的过去仍然 保持恒定，则所述的癌症并没有发生恶化(相对于所述的参考群体而言，或者相对于在本 发明中所使用的“恒定”而言)。当被用在本发明的上下文中时，所述的术语“恒定”被解释 为包括随着时间的过去伴随着所述的参考值所发生的变化。例如，本发明中所述的方法可以被用来对所述肿瘤所具有的入侵性进行区别和/ 或对所述肿瘤所处于的阶段(例如，第I阶段，第II阶段，第III阶段或者第IV阶段)进 行评价。这将允许对患者进行分级，使其分为高危险组或者低危险组，并且据此进行治疗。除此之外，可以通过下述方式对适于向一个特定的宿主进行施用的治疗试剂或者 预防试剂进行识别对存在于一种样本之中的有效剂量的决定子(DETERMINANT)(其可以 是两种或者更多种)进行检测，其中所述的样本来自于一个宿主，将所述的来自于宿主的 样本暴露在一种受试化合物之下，并且测定存在于所述的来自于宿主的样本之中的所述决 定子(DETERMINANT)所具有的剂量(其可以是两种或者更多种)。因此，可以根据存在于样 本之中的所述决定子(DETERMINANT)所具有的剂量并且将其与一种参考值进行比较的方 式，对适合在宿主中使用的处置方案或者治疗方案进行筛选，其中所述的样本来自于所述 的宿主，所述的宿主患有一种癌症，或者所述的宿主存在发展成为一种转移性肿瘤的危险。 可以对两种或者多种处置方案或者治疗方案进行平行的评价，从而确定哪一种处置方案或 者治疗方案在对宿主进行使用时应当是最为有效的，用以延缓所述癌症的发作，或者减慢 所述癌症的恶化。本发明进一步的提供了一种用于对标记物的表达变化进行筛选的方法，其中所述 的标记物的表达与一种转移性的肿瘤有关，所述的方法通过下述方式来实现对存在于一 种来自于宿主的样本中的所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量(其可以是两种或者 是更多种)进行测定，将其与存在于一种参考样本中的所述决定子(DETERMINANT)所具有 的剂量进行比较，并且对与所述的参考样本相比而言在所述的宿主样本中发生的剂量的变 化进行识别。
本 发明进一步的提供了一种对患有肿瘤的患者进行治疗的方法，所述的方法是通 过下述方式来实现的对患有肿瘤的患者进行识别，其中在对来自于所述的肿瘤的样本进 行测量时，一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)以一种临床意义上显著的方式发生了改 变，并且利用一种治疗方案对所述的患者进行治疗，其中所述的治疗方案能够阻止或者减 慢肿瘤的转移。除此之外，本发明提供了一种用以对肿瘤患者进行筛选的方法，其中所述的肿瘤 患者需要接受辅助治疗，所述的方法是通过下述方式来实现的通过对一种有效剂量的决 定子(DETERMINANT)进行测量的方式来对所述患者所具有的转移危险进行评价，其中，在 来自于所述患者的肿瘤样本之中的两种或者更多种决定子(DETERMINANT)所发生的临床 意义上显著的改变预示着所述的患者需要接受辅助的治疗。关于针对一个肿瘤患者的治疗决定的信息是通过下述方式获得的获得一种有效 剂量的决定子(DETERMINANT)的信息，其中所述的决定子(DETERMINANT)存在于来自于所 述患者的肿瘤样本之中，并且对一种能够阻止或者减慢所述患者体内的肿瘤转移的治疗方 案进行选择，当两种或者更多种决定子(DETERMINANT)以一种临床意义上显著的方式发生 改变时。如果所述的参考样本，例如是一种对照样本，来自于一个没有患有转移性肿瘤的 宿主，或者如果所述的参考样本反映出的数值与这样的一个人相关，所述的人具有快速恶 化成为一种转移性肿瘤的高度可能性，则存在于所述的测试样本以及所述的参考样本之中 的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量上的相似性表明着所述的治疗是有效的。然而，存 在于所述的测试样本以及所述的参考样本之中的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量上 的差异表明着这是一种不太适合的临床结果或者预后。“有效的”意味着所述的治疗导致了在一种决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多 形体、代谢产物、或者其他分析物所具有的剂量或者活性方面的降低。可以使用标准的临床 方案来实现对本发明所公开的危险因素的评价。可以与用于对一种转移性疾病进行诊断、 识别、或者治疗的任何已知的方法联合起来，对有效性进行确定。本发明同样提供了决定子(DETERMINANT)小组，所述的小组包括一种或者多种决 定子(DETERMINANT)，其中所述的决定子(DETERMINANT)指示着与一种转移有关的一般性 的生理学途径。例如，所述的决定子(DETERMINANT)是可以被用来排除或者区分不同的疾 病状态或者与转移有关的后遗症的一种或者多种决定子(DETERMINANT)。一个单个的决 定子(DETERMINANT)可能具有根据本发明中上述提及的特征中的几种，并且可供选择的， 对于一种给定的本发明的应用而言，当适宜时，可以被用来对一种或者多种其他的决定子 (DETERMINANT)进行替代。本发明同样包括一种带有检测试剂的试剂盒，其中所述的检测试剂能够与两 种或者多种所述的决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多形体、代谢产物、或者其他的 分析物进行结合。在本发明中同样提供的是一种检测试剂的阵列，其中所述的检测试 剂是例如抗体和/或寡核苷酸，其中所述的抗体和/或寡核苷酸能够分别与两种或者多 种决定子(DETERMINANT)蛋白质或者核酸进行结合。在一种实施方式中，所述的决定 子(DETERMINANT)是蛋白质以及阵列，其中所述的阵列中含有能够与一种有效剂量的决 定子(DETERMINANT) 1-360发生结合的抗体，所述的有效剂量足以能够对发生在决定子(DETERMINANT)表达中的一种统计学意义上显著的改变进行测量，其中所述的改变是相较 于一种参考值而言的。在另外一种实施方式中，所述的决定子(DETERMINANT)是核酸以及 阵列，其中所述的阵列中含有能够与一种有效剂量的决定子(DETERMINANT) 1-360发生结 合的寡核苷酸或者适配子，所述的有效剂量足以能够对发生在决定子(DETERMINANT)表达 中的一种统计学意义上显著的改变进行测量，其中所述的改变是相较于一种参考值而言 的。在另外一种实施方式中，所述的决定子(DETERMINANT)是蛋白质以及阵列，其中 所述的阵列中含有能够与一种有效剂量的决定子(DETERMINANT) 1-25，41，61，62，63，66， 74，96，99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271 发生 结合的抗体，所述的有效剂量足以能够对发生在决定子(DETERMINANT)表达中的一种统计 学意义上显著的改变进行测量，其中所述的改变是相较于一种参考值而言的。在另外一种 实施方式中，所述的决定子(DETERMINANT)是核酸以及阵列，其中所述的阵列中含有能够 与一种有效剂量的决定子(DETERMINANT) 1-25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135， 137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271 发生结合的寡核苷酸或者适 配子，所述的有效剂量足以能够对发生在决定子(DETERMINANT)表达中的一种统计学意义 上显著的改变进行测量，其中所述的改变是相较于一种参考值而言的。在本发明中同样提供的是一种用于对一个或者多个宿主进行治疗的方法，其中所 述的宿主存在发展成为一种转移性肿瘤的危险，所述的方法是通过下述方式来实现的对 存在于一个样本中的有效剂量的所述决定子(DETERMINANT)是否存在剂量上的改变进行 检测，其中所述的样本来自于所述的一个或者多个宿主；并且利用一种或者多种癌症调节 药物对所述的一个或者多个宿主进行治疗，直至所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂 量的改变或者活性的改变恢复至一种基线值，其中所述的基线值是在一个或者多个宿主中 测量得到的，所述的宿主存在较低的发展成为一种转移性肿瘤的危险，或者可供选择的，所 述的宿主没有表现出针对转移性疾病的任何一种所述的传统危险因素。 在本发明中同样提供的是一种用于对一个或者多个宿主进行治疗的方法，其中所 述的宿主患有一种转移性肿瘤，所述的方法是通过下述方式来实现的对存在于一个样本 中的有效剂量的所述决定子(DETERMINANT)是否存在剂量上的改变进行检测，其中所述的 样本来自于所述的一个或者多个宿主；并且利用一种或者多种癌症调节药物对所述的一个 或者多个宿主进行治疗，直至所述的决定子(DETERMINANT)所具有的剂量的改变或者活性 的改变恢复至一种基线值，其中所述的基线值是在一个或者多个宿主中测量得到的，所述 的宿主存在较低的发展成为一种转移性肿瘤的危险。在本发明中同样提供的是一种对宿主所存在的发展成为一种转移性肿瘤的危险 方面的变化进行评价的方法，其中所述的宿主被诊断为患有癌症，所述的方法是通过下述 的方式来实现的对存在于第一个样本之中的所述有效剂量的决定子(DETERMINANT)(其 可以是两种或者是更多种)进行检测，其中所述的第一个样本是在第一个时间段内来自于 所述宿主的，对存在于第二个样本之中的所述决定子(DETERMINANT)的剂量进行检测，其 中所述的第二个样本是在第二个时间段内来自于所述宿主的，并且将在上述的第一个时间 段以及第二个时间段内检测到的所述决定子(DETERMINANT)的剂量进行比较。本发明的诊断指示以及预后指示
本发明允许对一种转移性肿瘤进行诊断以及预后。可以通过下述方式对发展成为 一种转移性肿瘤的危险进行检测对存在于一种受试样本(例如，一种来自于宿主的样本) 中的一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多形体、代谢产物、以及其他的 分析物(其可以是两种或者是更多种)进行测量，并且将所述的有效剂量与参考值或者指 数值进行比较，通常利用数学运算法则或者公式，其目的在于对来自于多种不同的决定子 (DETERMINANT)的结果的信息以及来自于非分析性的临床参数的信息进行组合，使其成为 一个单一的测量值或者指数。任选的，可以对被识别出存在一种转移性肿瘤的增加的危险 的宿主进行筛选，使其接受治疗方案，其中所述的治疗方案例如是进行预防性化合物或者 治疗性化合物的施用，从而阻止或者延缓所述的转移性肿瘤的发作。 可以对存在于一种受试样本中的所述的决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多 形体、代谢产物、或者其他的分析物所具有的剂量进行测量，并且将其与所述的“正常的对 照水平”进行比较，利用诸如引用极限，判定极限，或者危险定义阈值这样的技术，从而对截 止点以及异常值进行定义。所述的“正常的对照水平”指的是一般情况下在一个没有患有转 移性肿瘤的宿主体内发现的所述一种或者多种决定子(DETERMINANT)所具有的水平或者 综合的决定子(DETERMINANT)指数。这样的正常的对照水平以及截止点可能存在变化，这 取决于决定子(DETERMINANT)是否是单独进行使用的，还是在一个公式中与其他的决定子 (DETERMINANT)进行组合成为一个指数。或者可供选择的，所述的正常的对照水平可以是一 个决定子(DETERMINANT)类型的数据库，其中所述的类型来自于先前接受过测试的宿主， 所述的宿主在经过一段临床学上相关的时间范围之后没有发展成为一种转移性的肿瘤。本发明可以被用来针对转化成为一种转移性肿瘤的危险进行连续性的测量或者 分类的测量，并且因此对一种类型的宿主所具有的危险谱进行诊断以及定义，其中所述的 这种类型的宿主被定义为存在患有一种转移性肿瘤的危险。在进行所述的分类测量的情况 中，本发明中所述的方法可以被用来在正常宿主组与疾病宿主组之间进行判定。在其他的 实施方式中，可以对本发明进行使用，从而对存在发展成为一种转移性事件的危险的宿主 进行判定，使其与存在较为快速的恶化成为一种转移性事件的宿主(或者可供选择的与那 些具有较短的可能的时间范围来发展成为一种转移性事件的宿主)进行区分，与存在较为 缓慢的恶化(或者具有较长的时间范围来发展成为一种转移性事件的宿主)成为一种转移 性事件的宿主进行区分，或者使患有一种转移性肿瘤的宿主与正常宿主进行区分。这种不 同的用途可能需要存在于各个小组中的不同的决定子(DETERMINANT)的组合，数学运算法 贝U，和/或截止点，但是可以被进行相同的上述提及的测量，其中所述的测量针对的是对于 各自的指定用途而言所具有的准确率以及性能度量体系。对那些将存在发展成为一种转移性事件的宿主所进行的识别使得能够对各种不 同的治疗性干预或者治疗方案进行筛选以及激发，其目的在于延缓、减慢或者阻止宿主向 一种转移性的疾病状态的转化。一种决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多形体、代谢产 物、或者其他的分析物所具有的有效剂量的水平同样能够允许对所述的治疗过程进行监 测，其中所述的治疗是针对转移性疾病或者转移性事件而进行的。在这个方法中，可以从一 个宿主中获得一种生物学样本，其中所述的宿主正在接受针对癌症的治疗方案，例如，药物 的治疗。如果期望的话，生物学样本是在各种不同的时间点处从所述的宿主处获得的，其中 所述的时间点是在治疗之前、治疗的过程中、或者治疗之后。
由于所述的 决定子(DETERMINANT)在其功能上而言是被活化的，通过对其功能 进行阐明，可以利用试剂和/或药物对具有高水平的决定子(DETERMINANT)的宿主进行 处理，其中所述的试剂和/或药物能够优先的作用于这样的途径，例如经由转化生长因子 β (TGFi3)的HOXAl功能化，因此，可以利用转化生长因子β (TGF^)抑制剂对具有高水 平的HOXAl宿主进行治疗。或者HOXAl能够对趋化因子受体4 (CXCR4)进行活化，因此，可 以使用对趋化因子受体4(CXCR4)产生拮抗作用的试剂/药物，其中所述的趋化因子受体 4 (CXCR4)是一种已知的在转移作用中涉及到的趋化因子轴，并且已经报导其可以作用于转 化生长因子b (TGFb)的上游。本发明同样可以被用来在任何不同的环境中对患者或者宿主的群体进行筛选。例 如，一个健康维护组织，公共卫生单位或者学校健康计划可以对一组宿主进行筛选，从而按 照上文中所描述的方法对它们中需要进行干预的那部分进行识别，或者用于收集所述的流 行病学数据。保险公司(例如，健康保险，人寿保险或者残疾保险)可以在确定所述的保险 范围或者定价的过程中对申请者进行筛选，或者对现有的客户所需要进行的可能的干预进 行筛选。对从这样的群体中收集到的数据进行筛选，特别是当所述的数据与任何的临床病 症的恶化例如癌症或者转移性事件相关联时，这对于例如健康维护组织、公共健康计划以 及保险公司的运作而言将是有价值的。这样的数据阵列或者数据收集可以被存储在计算机 可读形式的介质之中并且在许多的与健康相关的数据管理系统中对其进行使用，从而提供 改进的卫生保健服务，成本有效的卫生保健，改进的保险运作，等等。参见，例如，美国专利 申请No. 2002/0038227 ；美国专利申请No. 2004/0122296 ；美国专利申请No. 2004/0122297 ； 以及美国专利No. 5018067。这样的系统能够直接从内部数据存储中对所述的数据进行存 取，或者从一个或者多个数据存储站点中对所述的数据进行远程的存取，这将在本发明中 进行进一步的详细描述。一种计算机可读形式的存储介质可以包括一种数据存储材料，所述的数据存储材 料是由计算机可读形式的数据或者数据阵列来编码的，当使用用于这些数据的说明书对一 种计算机进行编程时，所述的数据或者数据阵列能够用于各种不同的目的，例如，但不局限 于，宿主的信息，其中所述的信息涉及到在一段时间内的转移性疾病的危险因素或者对药 物治疗的应答。可以在计算机程序中执行对本发明中所述的生物标记物的有效剂量的测量 和/或通过这些生物标记物对危险进行的评价，其中所述的计算机程序是在可编程的计算 机上运行的，其包括，尤其是，一种处理器，一种数据存储系统(包括易失性存储器以及非 易失性存储器和/或存储元件)，至少一个输入设备，以及至少一个输出设备。可以应用程 序代码进行数据的输入从而实现如上所述的功能并且生成输出信息。根据本领域中已知的 方法，可以将所述的输出信息应用至一个或者多个输出设备上。所述的计算机可以是，例 如，个人电脑，微电脑，或者具有传统设计的工作站。每一种程序都可以以一种高水平的程序性语言或者面向对象的程序设计语言来 进行执行，从而使其能够与一种计算机系统进行交流。然而，如果期望的话，可以通过汇编 语言或者计算机语言对所述的程序进行执行。所述的语言可以是一种经过编译的语言或者 经过翻译的语言。每一种这样的计算机程序可以被存储在一个存储介质或者存储设备之 上(例如，只读内存(ROM)或者磁性软盘或者在本公开物的其他内容中所定义的那些其他 介质或者设备)，其中所述的存储介质或者存储设备可以利用一种具有一般性目的或者特殊性目的的可编程的计算机来进行阅读，当所述的存储介质或者存储设备被所述的计算机进行阅读用以完成本发明中所描述的操作程序时，其能够对所述的计算机进行配置以及运 行。本发明中所述的健康相关数据管理系统同样可以被用来作为一种计算机可读形式的存 储介质来进行执行，利用一种计算机程序对其进行配置，其中被进行了这样的配置的所述 的存储介质能够引发计算机以一种特定的方式或者预先定义的方式来进行运行，从而实现 在本发明中所描述的各种不同的功能。在此之后，可以对一种有效剂量的决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多形体、 代谢产物、或者其他分析物所具有的水平进行测定并且将其与一种参考值或者指数值或者 基线值进行比较，其中所述的参考值是例如一个对照的宿主或者群体，所述的宿主或者群 体所具有的转移状态是已知的。所述的参考样本或者指数值或者基线值可以从一个或者 多个宿主处获取或者获得，其中所述的宿主已经接受过所述的治疗，或者可以从一个或者 多个宿主处获取或者获得，其中所述的宿主存在较低的发展成为癌症或者转移性事件的危 险，或者可以从这样的宿主处获取或者获得，其中所述的宿主已经表现出进展，这种进展是 一种接受治疗的结果。可供选择的，所述的参考样本或者指数值或者基线值可以从一个或 者多个宿主处获取或者获得，其中所述的宿主并没有接受过治疗。例如，样本可以从这样 的宿主处进行收集，所述的宿主已经接受过针对癌症或者转移性事件所进行的初始治疗以 及随后的针对癌症或者转移性事件所进行的治疗，用以对所述的治疗所取得的进展进行监 测。一种参考值同样能够包括这样的值，所述的值来自于危险预测运算法则或者计算机计 算得到的指数，例如在本发明中所公开的那些，这些运算法则或者指数是来自于群体研究 的。本发明中所述的决定子(DETERMINANT)因此可以被用来生成一种宿主的“参考决 定子(DETERMINANT)曲线”，其中所述的宿主不存在癌症或者不存在发生一种转移性事件的 危险，并且被认为不能够发展成为癌症或者一种转移性事件。本发明中公开的所述决定子 (DETERMINANT)同样可以被用来生成一种“宿主的决定子(DETERMINANT)曲线”，其中所述 的曲线来自于这样的宿主，所述的宿主患有癌症或者存在发生一种转移性事件的危险。可 以将所述的宿主决定子(DETERMINANT)曲线与一种参考决定子(DETERMINANT)曲线进行比 较，从而对存在发展成为癌症或者一种转移性事件的危险的宿主进行诊断或者识别，用以 对所述疾病的恶化情况进行监测，以及对所述疾病所具有的恶化速率进行监测，并且对所 述的治疗形式所具有的有效性进行监测。本发明中所述的参考决定子(DETERMINANT)曲线 以及宿主决定子(DETERMINANT)曲线可以被容纳在一种计算机可读形式的介质中，所述的 介质是例如但不局限于，模拟磁带，其中，像那些能够被一种盒式磁带录像机(VCR)、只读光 盘(⑶-ROM)、数字视盘(DVD-ROM)、通用串行总线(USB)闪存进行阅读的介质。这样的计算 机可读形式的介质中同样可以容纳其他的测试结果，例如，但不局限于，对临床参数以及传 统实验室危险因素的测量。可供选择的或者除此之外的，所述的计算机可读形式的介质中 同样可以包括宿主信息，例如病历以及任何相关的家族历史。所述的计算机可读形式的介 质中同样可以容纳与其他的疾病危险运算法则以及计算机计算得到的指数相关的信息，例 如那些在本发明中所描述的。宿主在所述的遗传组成方面所存在的差异能够导致他们在代谢各种不同的药物 方面所具有的相对能力上的差异，这种代谢药物的能力能够对癌症或者转移性事件所具有的症状或者危险因素进行调节。患有癌症的宿主、或者存在发展成为癌症或者转移性事件 的危险的宿主可以在年龄、种族、以及其他的参数方面存在变化。因此，本发明中公开的所 述决定子(DETERMINANT)的使用，无论是单独使用还是与药物代谢方面已知的遗传因素共 同进行组合使用，使得存在一种具有预先确定的水平的可预测性，使需要在一个被选定的 宿主体内进行测试的一种推定的治疗剂或者预防剂将能够适合于对所述的宿主进行治疗 或者预防，其中所述的治疗或者预防针对的是癌症或者是一种转移性的事件。为了对那些能够适合于一个具体宿主的治疗剂或者药物进行识别，同样可以将一 个来自于所述宿主的测试样本暴露于一种治疗试剂或药物之中，并且对所述的一种或者多 种决定子(DETERMINANT)蛋白质、核酸、多形体、代谢产物或者其他的分析物所具有的水平 进行测定。可以将所述的一种或者多种决定子(DETERMINANT)所具有的水平与来自于所述 宿主的样本进行比较，其中所述的样本是在接受治疗之前以及接受治疗之后获得的，或者 所述的样本是在被暴露于一种治疗剂或者药物之前以及被暴露于一种治疗剂或者药物之 后获得的，或者可以将所述的一种或者多种决定子(DETERMINANT)所具有的水平与来自于 一个或者多个宿主的样本进行比较，其中所述的宿主在危险因素(例如，临床参数或者传 统实验室危险因素)方面已经表现出了改善，这种改善是这样的治疗或者暴露所产生的结果。可以在存在有一种备选试剂的条件下对一个宿主细胞(即，一个从宿主中分离得 到的细胞)进行培养，并且对存在于所述的测试样本中的所述决定子(DETERMINANT)的表 达类型进行测量并且将其与一种参考曲线或者一种指数值或者基线值进行比较，其中所述 的参考曲线是例如，一种转移性疾病参考表达曲线或者非疾病参考表达曲线。所述的测试 试剂可以是任何的化合物或者组合物或者两者的混合物，包括，膳食补充剂。例如，所述的 测试试剂是那些被频繁的用于癌症治疗方案中的试剂以及在本发明中所公开的试剂。前述提及的本发明所述的方法可以被用来对宿主的恶化和/或改善进行评价或 者监测，其中所述的宿主已经被诊断为患有一种癌症，并且所述的宿主已经接受了外科手 术的干预。本发明的性能测量以及准确度测量按照上文中所记载的，可以通过多种方式对本发明所具有的性能以及因此所产生 的绝对临床有效性以及相对临床有效性进行评价。在这些对所述的性能进行的各种不同的 评价方法中，本发明意在提供在临床诊断以及预后方面所具有的准确率。一种诊断性或者 预后性的测试、检测、或者方法所具有的准确率关系到所述的测试、检测、或者方法在辨别 宿主的方面所具有的能力，其中所述的需要辨别的宿主是那些患有癌症、或者存在形成癌 症或者一种转移性事件的危险的宿主，这种辨别是以下述为基础的所述的宿主是否在所 述的决定子(DETERMINANT)的水平上发生了“显著性的改变”(例如，临床意义上的显著，诊 断意义上的显著)。“有效剂量”意味着能够产生一种“显著性改变”(例如，一种决定子所 具有的表达水平或者活性水平)的适合数量的决定子(DETERMINANT)(其可以是一种或者 是更多种)的测量值与针对该决定子(DETERMINANT)的预先确定的截止点(或者阈值)之 间存在差异并且因此表明所述的宿主患有癌症或者存在发生一种转移性事件的危险，其中 在上述情况中所述的决定子(DETERMINANT)是一种决定性因素。存在于正常与异常的所述 的决定子(DETERMINANT)的水平之间的差异优选的是具有统计学显著性的。正如将在下文中进行记载的，并且并不构成对本发明的任何限制，达到统计学显著性，并且因此而被优选的分析准确率以及临床准确率，一般而言但不总是需要将几种决定子(DETERMINANT)的组 合共同用于小组中并且将其与数学运算法则进行结合，其目的在于获得一个具有统计学显 著性的决定子(DETERMINANT)指数。在对一种疾病状态进行类别诊断时，一项测试(或者检测)的分割点或者阈值的 改变通常会改变所述的敏感度以及特异性，但是是以一种相反的定性关系来进行改变的。 因此，在对一种被提议的用以对宿主的情况进行评价的医学测试、检测、或者方法所具有的 准确率以及有效性进行评价的时候，应当总是同时将敏感度以及特异性纳入考虑范围，并 且注意到在对所述的敏感度以及特异性进行报告时当时所述的分割点为多少，因为敏感度 以及特异性可能在一定的分割点的范围内存在显著性的变化。对于使用本发明的大部分分 类的危险测量而言，统计学方法的使用是优选的，其中所述的统计学方法例如是曲线下面 积(AUC)，其涵盖了所有可能的分割点值，而对于连续性的危险测量而言，拟合度的统计学 方法以及对观察到的结果所进行的校验或者其他的金标准是优选的。预先确定水平的可预测能力意味着所述的方法能够提供一种具有可接受水平的 临床准确率或者诊断准确率。使用了这样的统计学方法，“可接受程度的诊断准确率”在本 发明中被定义为对一种测试或者检测(例如是本发明中所述的测试，用以确定所述的决定 子(DETERMINANT)的临床意义上的显著性是否存在，从而指示着所述癌症的存在和/或发 生一种转移性事件的危险的存在)所具有的AUC (对于所述的测试或者检测而言，存在于所 述的接受者操作特性曲线之下的面积)为至少0. 60，期望的为至少0. 65，更加期望的为至 少0. 70，优选的为至少0. 75，更加优选的为至少0. 80，并且最为优选的为至少0. 85。“非常高程度的诊断准确率”意味着在一项测试或者检测中，所述的AUC(对于所 述的测试或者检测而言，存在于所述的接受者操作特性曲线之下的面积)为至少0. 75， 0. 80，期望的为至少0. 85，更加期望的为至少0. 875，优选的为至少0. 90，更加优选的为至 少0. 925，并且最为优选的为至少0. 95。或者可供选择的，所述的方法以至少75%的准确率对所述癌症的存在或者不存 在、转移性癌症的存在或者不存在、或者针对治疗的应答的存在或者不存在进行预测，其中 所述的准确率更加优选的为80 %，85 %，90 %，95 %，97 %，98 %，99 %或者更高的准确率。对于任何一项测试而言，所述测试的预测值取决于所述的测试所具有的敏感度以 及特异性，并且取决于所述的病症在接受测试的所述群体中的普遍程度。这种想法是以贝 叶斯定理为依据，假定被进行筛选的所述病症在一个个体中或者在所述的群体中存在的可 能性越大(测试前的概率)，一种阳性测试所具有的有效性越高，并且所述的结果是一种真 阳性的可能性就越大。因此，当一个任意的群体中存在所述的病症的可能性小时，在这个群 体中使用一项测试所产生的问题是一种阳性的结果具有有限的价值(即，更为可能是一种 假阳性)。与之相类似的，在具有非常高的危险的群体中，一种阴性的测试结果更为可能是 一种假阴性。作为结果，在具有低的疾病普遍性的受试群体中(被定义为每年具有低于的 发生率(发病率)的群体，或者在一段特定的时间范围内具有低于10%的累积普遍性的群 体)，关于测试所具有的临床可利用率方面，接受者操作特性曲线(ROC)以及曲线下面积 (AUC)可能是容易令人误解的。或者可供选择的，在本公开物的其他内容中定义的绝对危险以及相对危险的比例可以被用来确定所述的临床可利用率的程度。用于进行测试的宿 主群体可以被分类为四分位数，所述的分类是通过所述的测试测量值来进行的，其中所述 的顶端的四分位数(占所述群体中的25% )包括这样的宿主组，所述的宿主存在发展成为 癌症或者转移性事件的最高的相对危险性，而所述的底端的四分位数包括这样的宿主组， 所述的宿主存在发展成为癌症或者转移性事件的最低的相对危险性。一般而言，在一个具 有低普遍性的群体之中，当来自于测试或者检测中的从顶端四分位数至底端四分位数的相 对危险数值超过2. 5倍时，我们认为其具有“高程度的诊断准确率”，并且那些对每一个四 分位数而言所述的相对危险在五倍至七倍之间的，我们认为其具有“非常高度的诊断准确 率”。虽然如此，当来自于测试或者检测中的每一个四分位数的相对危险数值仅仅为1.2倍 至1.5倍时， 其仍然具有临床意义上的有效性，能够被广泛的用来作为一种疾病的危险因 素；这对于总胆固醇以及许多炎性生物标记物在它们对未来事件所进行的预测而言是常见 的事情。通常情况下，这样的具有较低的诊断准确率的测试必须要与其他的参数进行结合， 其目的在于得到有意义的临床阈值用以进行治疗性的干预，正如利用前述提及的全球性危 险评价指数来完成的。一个健康经济利用率函数是另外一种方式，用于测量一种给定的测试所具有的性 能以及临床价值，所述的方式是通过对所述的可能的分类测试结果进行加权处理来构成 的，这种加权处理依据的是对每一种结果的临床价值以及经济价值所进行的实际测量。健 康经济性能与准确率紧密相关，因为健康经济利用率函数能够为对受试宿主的正确分类所 产生的利益指定一个经济学价值，并且能够为对受试宿主的错误分类所产生的成本指定一 个经济学价值。作为一种性能的测量，需要一种能够达到一定的性能水平的测试并非不寻 常的，其中所述的性能水平使得能够在每一次测试中产生一次在健康经济价值上的增加 (在测试成本之前)，使之超过所述的测试的目标价格。一般而言，在下述情况中，用于测定诊断准确率的可供选择的方法普遍被用来进 行连续性的测量当一种疾病的类型或者危险的类型还没有被明确的定义出来的时候(例 如那些存在发生一种转移性事件的危险的类型)，其中所述的定义是通过相关的医学学会 以及医学实践来完成的，当治疗性用途的阈值还没有被确立出来的时候，或者当目前还没 有已有的金标准用来对所述的未疾病(pre-disease)进行诊断的时候。为了对危险进行连 续性的测量，对于一种经过计算得到的指数而言，对诊断准确率的测量一般而言是基于曲 线拟合以及在所述的经过预测的连续值与实际观察值(或者是一个历史指数计算得到的 值)之间所进行的校验并且利用诸如下述的测量值R平方值，Hosmer-Lemeshow拟合度校 验，P值统计学方法以及置信区间。使用这样的被报道的运算法则以一种历史观察组的预 测为依据对于所预测的值而言并非不寻常的，其中所述的运算法则包括置信区间(一般而 言是90 %或者95 %的置信区间(Cl))，正如被Genomic Health, Inc (红杉市，加利福尼亚) 商业化的用于对未来的乳腺癌复发的危险所进行的测试中。一般而言，通过对所述的诊断准确率所具有的程度进行定义，S卩，存在于一条接受 者操作特性曲线(ROC)曲线上的分割点，对一种可接受的曲线下面积(AUC)值进行定义，以 及通过对构成本发明中的有效剂量的所述决定子(DETERMINANT)的相对浓度的可接受范 围的确定，可以使得本领域技术人员利用所述的决定子(DETERMINANT)对宿主进行识别， 诊断，或者预后，其中所述的识别、诊断、或者预后是在具有一种预先确定的水平的可预测性以及性能的条件下完成的。 本发明的危险标记物(决定子(DETERMINANT))本发明中所述的生物标记物以及方法允许本领域技术人员对那些宿主进行识别， 诊断，或者评价，其中所述的宿主是那些没有表现出任何的癌症症状或者转移性事件的症 状的宿主，但是虽然如此，所述的宿主可能存在发展成为癌症或者一种转移性事件的危险。已经识别出一千五百九十三种生物标记物，因为已经发现在患有转移性疾病的宿 主体内所述的生物标记物具有改变的或者经过修饰的存在水平或者浓度水平。表格I中包括了本发明所述的三百六十种(360)过表达的/扩增的或者去调节的 /缺失的表型驱动的进化保守型决定子(DETERMINANT)。决定子(DETERMINANT) 1_25，41， 61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261， 以及271已经被识别为前侵决定子。表格I
基因ID基因符号决定子编号:^
54ACP5
54443ANLN2
55723ASFlB3
23397BRRNl4
699BlJBl5
79019CENPM6
55635DEPDCl7
64123ELTDl8
6624FSCNl9
64151HCAP-G10
3146HMGBlΠ
3198HOXAl12
~3297HSFl13
23421ITGB3BP14
~10112KIF20A1权利要求
1.一种具有预先确定的水平的预测能力的方法，用以对宿主体内的一种转移性肿瘤的 形成的危险进行评价，所述的方法包括a.在一个来自于所述宿主的样本中，对选自由下述决定子所组成的组中的两种或者更 多种决定子所具有的水平进行测量1_25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137， 138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271，并且b.对存在于所述样本之中的所述的两种或者更多种决定子所具有的水平所发生的临 床意义上显著的改变进行测量，其中所述的改变意味着在所述的宿主体内形成一种转移性 肿瘤的危险的增加。
2.根据权利要求1中所述的方法，其中进一步的包括对选自由下述决定子所组成的 组中的一种或者多种决定子所具有的有效剂量进行测量决定子26-40，42-60，64，65， 67-73,75-95,97,98,100-102，104-125，127-134，136，139-176，178-189，191-209,211， 213-216，219-226，228-238，240-260，262-270，272-360。
3.根据权利要求1或者2中所述的方法，其中进一步的包括对至少一种与所述肿瘤相 关的标准参数进行测量。
4.根据权利要求1中所述的方法，其中通过电泳的方式或者免疫化学的方式对所述的 决定子所具有的水平进行测量。
5.根据权利要求4中所述的方法，其中所述的免疫化学检测是通过放射性免疫检测、 免疫荧光检测或者通过一种酶联免疫吸附检测来实现的。
6.根据权利要求1中所述的方法，其中所述的宿主患有一种原发性的肿瘤，一种复发 性的肿瘤，或者一种转移性的肿瘤。
7.根据权利要求1中所述的方法，其中所述的样本是一个肿瘤的活组织切片。
8.根据权利要求1中所述的方法，其中所述的活组织切片是一种核心活组织切片，一 种切离组织的活组织切片或者是一种切口组织的活组织切片。
9.根据权利要求1中所述的方法，其中对五种或者更多种所述的决定子所具有的表达 水平进行测量。
10.一种具有预先确定的水平的预测能力的方法，用以对宿主体内的一种转移性肿瘤 的形成的危险进行评价，所述的方法包括a.在一个来自于所述宿主的样本中，对选自由下述决定子所组成的组中的两种或者更 多种决定子所具有的水平进行测量1_25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137， 138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271，并且b.将所述的两种或者更多种决定子所具有的水平与一种参考值进行比较。
11.根据权利要求10中所述的方法，其中所述的参考值是一种指数值。
12.—种具有预先确定的水平的预测能力的方法，用以对宿主体内的一种肿瘤的恶化 进行评价，所述的方法包括a.在第一个时间段内，对来自于所述宿主的第一个样本之中的选自由下述决定子所组 成的组中的两种或者更多种决定子所具有的水平进行测量1-25，41，61，62，63，66，74，96， 99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271 ；b.在第二个时间段内，对来自于所述宿主的第二个样本之中的上述两种或者更多种决 定子所具有的水平进行检测；c.将在步骤(a)中检测到的所述的两种或者更多种决定子所具有的水平与在步骤(b) 中检测到的所述的剂量进行比较，或者将其与一种参考值进行比较。
13.根据权利要求12中所述的方法，其中所述的第一个样本是在所述的宿主接受针对 所述肿瘤所进行的治疗之前从所述的宿主处获取的。
14.根据权利要求12中所述的方法，其中所述的第二个样本是在所述的宿主经历过针 对所述肿瘤所进行的治疗之后从所述的宿主处获取的。
15.一种具有预先确定的水平的预测能力的方法，用以对针对一种转移性肿瘤所进行 的治疗所具有的有效性进行监测a.在第一个时间段内，对来自于所述宿主的第一个样本之中的选自由下述决定子所组 成的组中的两种或者更多种决定子所具有的水平进行测量1-25，41，61，62，63，66，74，96， 99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271 ；b.在第二个时间段内，对来自于所述宿主的第二个样本之中的上述两种或者更多种决 定子所具有的水平进行检测；c.将在步骤(a)中检测到的所述的两种或者更多种决定子所具有的水平与在步骤(b) 中检测到的所述的剂量进行比较，或者将其与一种参考值进行比较，其中通过对来自于所 述宿主的两种或者更多种决定子所具有的水平所发生的变化对所述治疗所具有的有效性 进行监测。
16.根据权利要求15中所述的方法，其中所述的宿主之前已经接受过针对所述的转移 性肿瘤所进行的治疗。
17.根据权利要求15中所述的方法，其中所述的第一个样本是在所述的宿主接受针对 所述转移性肿瘤所进行的治疗之前从所述的宿主处获取的。
18.根据权利要求15中所述的方法，其中所述的第二个样本是在所述的宿主接受针对 所述转移性肿瘤所进行的治疗之后从所述的宿主处获取的。
19.一种具有预先确定的水平的预测能力的方法，用以为一个宿主进行治疗方案的筛 选，其中所述的宿主被诊断为患有肿瘤，所述的方法包括a.在第一个时间段内，对来自于所述宿主的第一个样本之中的选自由下述决定子所组 成的组中的两种或者更多种决定子所具有的水平进行测量1-25，41，61，62，63，66，74，96， 99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271 ；b.任选的在第二个时间段内，对来自于所述宿主的第二个样本中的上述两种或者多种 决定子所具有的有效剂量的水平进行检测；c.将在步骤(a)中检测到的所述的两种或者多种决定子所具有的水平与一种参考值 进行比较，或者任选的，将其与在步骤(b)中探测到的所述剂量进行比较。
20.根据权利要求19中所述的方法，其中所述的宿主之前已经接受过针对所述的肿瘤 所进行的治疗。
21.根据权利要求19中所述的方法，其中所述的第一个样本是在所述的宿主接受针对 所述肿瘤所进行的治疗之前从所述的宿主处获取的。
22.根据权利要求19中所述的方法，其中所述的第二个样本是在所述的宿主接受针对 所述肿瘤所进行的治疗之后从所述的宿主处获取的。
23.一种转移性肿瘤的参考表达曲线，所述的曲线中含有有效剂量的两种或者更多种标记物所具有的标记物水平的图案，其中所述的标记物选自由下述决定子所组成的组中 决定子 1_25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137，138，177，190，210，212，217， 218,227,239,261,以及 271。
24.一种试剂盒，所述的试剂盒中包括大量的决定子检测试剂，所述的试剂能够对相应 的决定子进行检测，并且足以生成权利要求23中所述的曲线，其中所述的决定子选自由下 述决定子所组成的组中决定子 1_25，41，61，62，63，66，74，96，99，103，126，135，137，138， 177，190，210，212，217，218，227，239，261，以及 271。
25.根据权利要求M中所述的试剂盒，其中所述的检测试剂包括一种或者多种抗体或 其片段。
26.根据权利要求M中所述的试剂盒，其中所述的检测试剂包括一种或者多种寡核苷酸。
27.根据权利要求M中所述的试剂盒，其中所述的检测试剂包括一种或者多种适配子。
28.一种计算机可读形式的介质，其中含有根据权利要求23中所述的一种或者多种转 移性肿瘤的参考表达曲线，并且任选的，含有另外的测试结果以及宿主的信息。
29.一种决定子小组，其中包括一种或者多种决定子，所述的决定子能够代表一种或者 多种与转移相关的生理学途径或者生物化学途径。
30.根据权利要求四中所述的小组，其中所述的生理学途径或者生物化学途径包括细 胞迁移，血管生成，细胞外基质降解或者失巢凋亡抗性。
31.一种决定子小组，其中包括一种或者多种决定子，所述的决定子能够代表一种肿瘤 的恶化。
32.—种用以识别生物标记物的方法，其中所述的生物标记物是对于一种疾病的预后， 所述的方法包括a)对一种或者多种基因进行识别，所述的基因在所述疾病中发生了差异化的表达，这 种差异化的表达是相较于一种对照而言的，从而生成一个基因靶向列表；并且b)对存在于所述的靶向列表中的一种或者多种基因进行识别，其中所述的基因与所述 疾病的恶化的功能方面存在关联；从而对对于所述疾病的预后的生物标记物进行识别。
33.根据权利要求32中所述的方法，其中进一步的包括下述步骤对存在于所述的基 因靶向列表中的一种或者多种基因进行识别，其中所述的基因包括一种进化保守的改变， 从而生成第二个基因靶向列表。
34.根据权利要求32中所述的方法，其中所述的疾病是癌症。
35.根据权利要求34中所述的方法，其中所述的癌症是转移性的癌症。
36.根据权利要求32中所述的方法，其中所述的功能方面是细胞迁移，血管生成，细胞 外基质降解或者失巢凋亡抗性。
37.一种用以识别化合物的方法，其中所述的化合物能够对一种决定子所具有的活性 或者表达进行调节，所述的方法包括(a)提供一种表达所述决定子的细胞；(b)将所述的细胞与一种组合物进行接触，所述的组合物中包括一种备选的化合物；并且(C)确定所述的物质是否能够对所述决定子所具有的表达或者活性产生改变； 其中，如果在存在有所述化合物的条件下能够观察到所述的改变，而当所述的细胞与 一种缺乏所述化合物的组合物发生接触时不能够观察到所述的改变，那么识别出所述的化 合物能够对决定子所具有的活性或者表达进行调节。
38.根据权利要求37中所述的方法，其中所述的细胞是在体内、或者在体外发生接触的。
39.一种用以对宿主的癌症进行治疗的方法，所述的方法包括向所述的宿主施用一种 化合物，其中所述的化合物能够对一种决定子所具有的活性或者表达进行调节。
40.一种用以对宿主的癌症进行治疗的方法，所述的方法包括向所述的宿主施用一种 制剂，其中所述的制剂能够对一种化合物所具有的活性或者表达进行调节，其中所述的化 合物是受到一种决定子的调节的。
41.根据权利要求40中所述的方法，其中所述的化合物是转化生长因子β或者趋化因 子受体4。
42.根据权利要求41中所述的方法，其中所述的化合物是一种转化生长因子β抑制剂 或者是一种趋化因子受体4抑制剂。
43.一种用以对患有肿瘤的患者进行治疗的方法，所述的方法包括对患有肿瘤的患者进行识别，其中通过对在来自于所述肿瘤的样本所进行的测量，决 定子1-360中的两种或者更多种发生了一种临床意义上显著形式的改变，并且 利用一种治疗方案对所述的患者进行治疗，从而阻止或者减慢肿瘤的转移。
44.一种用以对需要进行辅助治疗的肿瘤患者进行筛选的方法，所述的方法包括 通过对决定子1-360中的两种或者更多种进行测量的方式，对存在于所述患者中的转移的危险进行评价，其中，存在于来自所述患者的肿瘤样本中的所述两种或者多种决定子 所发生的临床意义上显著的改变标志着所述的患者需要进行辅助治疗。
45.一种用以告知针对一个肿瘤患者的治疗决定的方法，所述的方法包括获得关于存在于来自于所述患者的一个肿瘤样本之中的两种或者更多种决定子1-360 的信息，并且选定一种能够在所述的患者体内预防或者降低肿瘤转移的治疗方案，其中在所述的治 疗方案中所述的两种或者更多种决定子以一种临床意义上显著的方式发生了改变。
全文摘要
本发明提供了使用生物标记物检测癌症的方法。
文档编号G01N33/574GK102132160SQ200980133143
公开日2011年7月20日 申请日期2009年6月26日 优先权日2008年6月26日
发明者K·L·斯科特, L·钦, P·格霍什 申请人:达纳-法伯癌症研究院有限公司