专利名称：一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法
技术领域：
本发明涉及一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法。
背景技术：
SNP (single nucleotide polymorphism单核苷酸多态性)主要指在基因组水平， 由单个核苷酸的变异引起的DNA序列的多态性，包括转换、颠换、插入或缺失。在基因组中分布密集的SNP，因其携带巨大的遗传信息量，被认为是应用前景最好的遗传标记物，人类 SNP标记的检测已经成为基因诊断的重要手段。SNP标记的遗传图谱的研究，对分子辅助育种有巨大的促进作用，农业动物中很多重要性状的基因已经定位。SNP检测常采用一些已有成熟技术，如DNA测序(Sanger测序法和焦磷酸测序法)、单链构象多态性(SSCP)、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)、寡聚核苷酸特异的连接、DNA芯片以及Taqman探针等技术手段。作为结构性转录因子的HMGA2是一种非组蛋白的染色质蛋白，含有3个AT_hook 结合域，可以特异性结合到DNA富含AT区域的小沟中。一般认为，HMGA2在细胞生长和脂肪代谢中起作用。HMGA2主要在胚胎时期表达，成体组织中几乎不表达，在肿瘤细胞中表达会被激活。HMGA2功能缺失的小鼠表现为侏儒症，并且脂肪组织大量减少，当过表达缺失C末端的HMGA2时，小鼠表现为巨人症和脂肪过多，并会形成肿瘤，因此，HMGA2主要作为与癌症相关的基因进行研究。鸡HMGA2基因的核苷酸序列见GENBANKACCESSION NO. NC_006088 (Chrl)自 5，末端第 36072025-36177364 位核苷酸。生长性状中的体重指标一直是畜牧业生产中重要的经济性状之一，也是肉鸡品种选育中的重要指标。与1957年相比，2001年肉鸡当代品系的屠体产量提高了 6倍，其中 85% -90%归功于遗传学效应，只有10% -15%是由于饲料营养水平的改良造成的。家禽遗传标记辅助育种研究在不断深入，大量的性状已经在遗传水平上确定了候选区域。我国有丰富的地方鸡品种资源，如何对其评估、保护和选育是迫切需要解决的问题。

发明内容
本发明的目的是提供一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法。本发明提供的辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法(一)包括如下步骤检测待测鸡的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸是G还是T，确定待测鸡的基因型是GG还是TT;所述GG基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；所述TT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；TT基因型鸡的体重在统计学上高于GG基因型鸡的体重。所述方法(一)还可包括选择待测鸡的步骤；所述待测鸡为GG基因型的鸡和TT 基因型的鸡。所述方法(一)中，确定待测鸡的基因型的方法具体如下用3730x1型号测序仪、 美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当a > 6b时，待测鸡的基因型为 GG ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT。所述方法(一)具体还包括如下选择待测鸡的步骤用3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA 进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当a > 6b时，待测鸡的基因型为GG ；当 a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT ；选择GG基因型的鸡和TT基因型的鸡作为待测鸡。本发明提供的辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法(二)包括如下步骤检测待测鸡的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸是G还是T，确定待测鸡的基因型是GT还是TT;所述GT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为G和T的杂合体；所述TT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；TT基因型鸡的体重在统计学上高于GT基因型鸡的体重。所述方法(二)还可包括选择待测鸡的步骤；所述待测鸡为GT基因型的鸡和TT 基因型的鸡。所述方法(二)中，确定待测鸡的基因型的方法如下用3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA 进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当1/ <a<3b时，待测鸡的基因型为GT ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT。所述方法(二 )具体还包括如下选择待测鸡的步骤用3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA 进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当1/ <a<3b时，待测鸡的基因型为GT ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT ；选择GT基因型的鸡和TT基因型的鸡作为待测鸡。所述方法(一)和方法(二)中所述美国应用生物公司的SNPlex GenotypingSystem 48-plex kit的商品目录号为4375768 ；所述杂交板为美国应用生物公司的杂交板，优选商品目录号为436四33的杂交板；和/或；所述HMGA2基因的核苷酸序列如序列表的序列6所示；和/或；所述待测鸡为CAU资源家系的鸡，优选CAU资源家系的F2 代个体；和/或；所述体重性状为初生体重、1周龄体重、2周龄体重、3周龄体重、5周龄体重、6周龄体重或10周龄体重。以上任一所述方法均可应用于鸡的育种。本发明发现鸡的HMGA2基因中的SNP(单核苷酸多态性)与体重具有显著相关的特性，TT基因型鸡的体重显著高于GG基因型和GT基因型。该SNP可以作为鸡的遗传标记， 使用分子生物学手段对该位点进行检测，实现早期选育，大大节省时间和资源。


图1为实施例2中各个样本基因型分型结果。
图2为实施例3中各个样本基因型分型结果。
具体实施例方式以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。下述实施例中的％，如无特殊说明，均为质量百分含量。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。CAU资源家系由中国农业大学李宁教授课题组1998年建立的用于研究定位影响鸡重要经济性状QTL、寻找克隆主效基因的实验群体，亲本为法国明星肉鸡和泰和丝羽乌骨鸡；来源为中国农业大学实验牧场；CAU资源家系参考文献Deng，Χ. Μ. , Li, J. Y. , Li, N. , and Wu, C. X. (2001). [Genetic analysis of important growth traitbased on F_2 resource population in chicken], Yi Chuan Xue Bao 28,801-807.；中国农业大学保证向公众提供。实施例1、rsl3849381位点SNP与体重相关性的发现在CAU资源家系中测定F2代个体1到12周龄的体重。分析HMGA2基因附近及内部的共计 14 个 SNP 位点(rsl5231375,rsl5231403,rsl384924Ursl4809326,rsl5231448, rsl5231464、rsl5231472、rsl3750437、rsl4809399、rsl3849381、rsl5231566、rsl0722387、 SNP36178184)，使用SNPlex技术进行基因型检测，确定了 1395只CAU资源家系F2代个体的上述SNP位点的基因型。采用JMP统计分析软件统计分析，根据最小二乘分析模型对供试鸡群的HMGA2 基因基因型和生长性状体重进行方差统计分析，结果表明rsl3849381位点(G/T ；Chrl 36175314，位于基因的内含子4中)与体重存在显著相关性。实施例2、CAU资源家系中rsl3849381 G/T基因型与体重的关联分析实验材料1395只CAU资源家系F2代个体。一、体重测定分别每个个体的0周龄(初生重)、1周龄至12周龄中每个周龄的体重。二、SNP 的检测1、基因组DNA的提取翅静脉采血，抗凝处理后裂解，经蛋白酶K消化后，用酚仿抽提，TE溶解后_20°C保存。2、基因型确定取基因组DNA，采用美国应用生物公司(appliedbiosystems)的SNPlex GenotypingSystem 48-plex kit (商品目录号 4375768)和杂交板(商品目录号 4362933)， 按照试剂盒说明书对个体进行基因型检测。阴性对照为稀释基因组DNA所用的TE缓冲液。三个探针(两个上游探针和一个下游探针)序列如下(5’ 一 3’)探针A(上游探针)5，-CGTGGGCACTC-3，(序列3)；探针B(上游探针) 5’ -CGTGGGCACTA-3’ (序列 4)；探针 C(下游探针)5’ -CCTTTGTTTT-3’ (序列 5)。测序仪为3730x1型号，用仪器自带软件genemapperf. 0对数据进行分析。基因型判断标准探针A的荧光强度为a，探针B的荧光强度为b，a+b >1000RFU(荧光信号值单位)，如果a+b ( 1000RFU,需重复实验；当a > 6b时，样本的基因型为GG ；当1/ < a< 3b时，样本的基因型为GT ；当a < l/6b时，样本的基因型为TT。GG基因型的鸡为序列1所示DNA的纯合体，TT基因型的鸡为序列2所示DNA的纯合体，GT基因型的鸡为序列1所示DNA和序列2所示DNA的杂合体。序列1和序列2所示 DNA只有一个核苷酸的差异，序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为G，序列2自5' 末端第101位脱氧核糖核苷酸为T，为一个单核苷酸多态，序列1和序列2为HMGA2基因的部分序列。结果见表1和图1。图1是分析软件给出的聚类图，每个点代表一个个体；横坐标X = Iogltl (探针A对应的荧光强度+探针B对应的荧光强度)；纵坐标Y =反正弦(探针A对应的荧光强度/ (探针A对应的荧光强度2+探针B 对应的荧光强度2)°_5。表1位点rsl3849381基因型在F2群体中的分布
权利要求
1.一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法，包括如下步骤检测待测鸡的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸是G还是T，确定待测鸡的基因型是GG还是TT;所述GG基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；所述TT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；TT基因型鸡的体重在统计学上高于GG基因型鸡的体重。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于所述方法还包括选择待测鸡的步骤；所述待测鸡为GG基因型的鸡和TT基因型的鸡。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于所述确定待测鸡的基因型的方法如下用 3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当a > 6b时， 待测鸡的基因型为GG ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于所述方法还包括如下选择待测鸡的步骤用 3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plexkit和杂交板对待测鸡的基因组DNA进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当a > 6b时， 待测鸡的基因型为GG ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT ；选择GG基因型的鸡和TT基因型的鸡作为待测鸡。
5.一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法，包括如下步骤检测待测鸡的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸是G还是T，确定待测鸡的基因型是GT还是TT;所述GT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为G和T 的杂合体；所述TT基因型为HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脱氧核糖核苷酸为T 的纯合体；TT基因型鸡的体重在统计学上高于GT基因型鸡的体重。
6.如权利要求5所述的方法，其特征在于所述方法还包括选择待测鸡的步骤；所述待测鸡为GT基因型的鸡和TT基因型的鸡。
7.如权利要求5所述的方法，其特征在于所述确定待测鸡的基因型的方法如下用 3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和杂交板对待测鸡的基因组DNA进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当l/3b < a<3b时，待测鸡的基因型为GT ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT。
8.如权利要求7所述的方法，其特征在于所述方法还包括如下选择待测鸡的步骤用 3730x1型号测序仪、美国应用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plexkit和杂交板对待测鸡的基因组DNA进行检测；进行所述检测所用的探针为序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；对荧光数据进行分析当l/3b < a<3b时，待测鸡的基因型为GT ；当a < l/6b时，待测鸡的基因型为TT ；选择GT基因型的鸡和TT基因型的鸡作为待测鸡。
9.如权利要求1至8中任一所述的方法，其特征在于所述美国应用生物公司的 SNPlex Genotyping System 48-plex kit的商品目录号为4375768，所述杂交板为美国应用生物公司的杂交板，优选为商品目录号为436四33的杂交板；和/或所述HMGA2基因的核苷酸序列如GENBANK ACCESSION NO. :NC_006088自5’末端第 36072025-36177364位核苷酸所示；和/或所述待测鸡为CAU资源家系的鸡，优选CAU资源家系的F2代个体；和/或所述体重性状为初生体重、1周龄体重、2周龄体重、3周龄体重、5周龄体重、6周龄体重或10周龄体重。
10.权利要求1至9中任一所述方法在鸡的育种中的应用。
全文摘要
本发明公开了一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法。本发明提供的方法包括如下步骤检测待测鸡的HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脱氧核糖核苷酸是G还是T，确定待测鸡的基因型是GG、GT还是TT；GG基因型为HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；TT基因型为HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；GT基因型为它们的杂合体，TT基因型鸡的体重在统计学上高于GG基因型鸡的体重；TT基因型鸡的体重显著高于GG基因型和GT基因型。该SNP可以作为鸡的遗传标记，使用分子生物学手段对该位点进行检测，实现早期选育，大大节省时间和资源。
文档编号G01N21/64GK102220410SQ201010151060
公开日2011年10月19日 申请日期2010年4月16日 优先权日2010年4月16日
发明者宋迟, 李宁, 胡晓湘, 顾晓荣 申请人:中国农业大学