专利名称：用于治疗银屑病的生物标志物的制作方法
技术领域：
本文提供了在银屑病的治疗之前和治疗期间对从皮肤活组织检查获得的样品中特异性生物标志物的监测。本文还提供了在治疗之前和治疗期间一种或多种特异性基因或蛋白质的表达的监测。
2.
背景技术：
银屑病是一种以角质形成细胞和内皮细胞的表皮过度增殖以及炎症细胞堆积(例如激活的T细胞)为特征的慢性自身免疫炎性皮肤病。GriffithsCE，J. Eur. Acad. Dermatol.Venereol. 2003, 17 Suppl 2:1-5; Creamer JD等人，Clin. Exp. Dermatol. 1995，20 (I) : 6-9。此外，最近有证据表明在银屑病的发病机制中涉及自然杀伤细胞(NK)和NK T细胞，因为这些细胞产生干扰素-Y (IFN-Y)，而干扰素-Y已经显示出在银屑病角质形成细胞增殖中起作用。Bos JD 等人，Br. J. Dermatol. 2005，152(6) : 1098-107。临床上，银屑病的主要症状是皮肤上有灰色或者银色鳞片状红斑，并且该红斑下面发炎。对于已提出的致病途径而言重要是细胞因子、趋化因子，以及由激活的角质形成细胞、树状细胞、嗜中性粒细胞和NK T细胞产生的其他炎症介质，认为它们诱导角质形成细胞增殖和淋巴细胞迁移。Creamer JD 等人，Clin. Exp. Dermatol. 1995, 20 (I) : 6-9; BosJD 等人，Br. J. Dermatol. 2005，152 (6) : 1098-107 ; Bowcock 等人，Nat. Rev.1mmuno 1.2005,5(9): 699-71。在银屑病皮肤损伤中促炎介质升高，其包括肿瘤坏死因子-a (TNF-a )、白细胞介素_6 (IL_6)、IL_8、IL_12、IFN-y和可诱导的一氧化氮合酶(iNOS)。LaDuca JR 等人，Dermatol. Clin. 2001，19 (4) : 617-35; Duan H 等人，J. Dermatol.Sc1. 2001，26(2) :119-24 ；Gottlieb 等人，J.1mmunol. 2005，175(4) : 2721-9。此外，在银屑病损伤中观察到抗炎细胞因子IL-10的表达水平低。Asadullah K等人,Curr. Drug TargetsInflamm. Allergy. 2004,3(2):185-92。由于除了 IL-10减少外，报道了银屑病的发病机理还涉及至少TNF-a、IFN-Y、IL-6、IL-8和IL-12的上调，因此认为TOE4抑制剂在银屑病的治疗中可以提供治疗益处。对于可对特定治疗的预后和效力提供精确评价的银屑病的可靠生物标志物的存在需要。
3.

发明内容
本文提供了用于预测或监测对银屑病治疗效力的生物标志物。在一种实施方式中，本文提供了一种通过测量在治疗之前或治疗期间从患者获得的细胞中的一种或多种特定生物标志物来预测或监测对银屑病治疗效力的方法。在一种实施方式中，细胞是由皮肤活组织检查获得的。在另一种实施方式中，生物标志物包括，但不限于 CDllc、CD3、CD56、Langerin, ICAM-U HLA-DR 和 / 或 Foxp3。在一种实施方式中，治疗是给药本文在别处提供的TOE4调节剂。在另一种实施方式中，本文提供了特定mRNAs作为预测或确定银屑病的治疗效力和治疗进展的生物标志物的用途。在一种实施方式中，可以使用角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL_22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN-y 和 / 或 CXCL9 的mRNA水平来预测治疗是否有可能在治疗银屑病中获得成功。进一步地，在治疗开始后，可以使用这些基因的表达来监测治疗的效力/进展。在一种实施方式中，所述治疗是给药本文在别处提供的H)E4调节剂。在又一种实施方式中，提供了一种监测患者对药物治疗方案的顺应性的方法。所述方法包括获得来自患者的生物样品，测量该样品中至少一种本文提供的生物标志物的表达水平，以及确定与对照未处理的样品中表达水平相比，患者样品中表达水平是否增加或降低，其中表达水平增加或降低指示患者对药物治疗方案的顺应性。在又一种实施方式中，提供了一种用于预测银屑病的有效治疗可能性的试剂盒。所述试剂盒包含固体载体、接触所述载体的核酸，其中所述核酸与本文提供的mRNA生物标志物的至少20、50、100、200、350个或更多个碱基互补，以及用于检测生物样品中mRNA表达的装置。这样的试剂盒可以利用例如浸量尺(dipstrik)、膜、芯片、盘、测试条、过滤器、微球、载玻片、多孔板或光学纤维。试剂盒的固体载体可以是例如塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、微粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片材、球、多糖、毛细管、薄膜、平皿或载玻片。生物样品可以为例如细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、体液、血样、尿样或皮肤样品。生物样品可以为例如皮肤活组织检查。4.详细说明本文提供内容的部分地是基于发现了可以利用细胞样品中的某些分子或mRNA的存在和水平作为生物标志物以指示治疗银屑病的有效性或进展。尤其是，这些生物标志物能够用于预测、评价和追踪患者治疗的有效性或监测患者对治疗方案的顺应性。4.

图1图示出了在每日两次(b.1. d.)给药20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基横酸基)乙基)-1，3-二氧代异卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周和第12周，表皮细胞(⑶11+树突细胞KD3+T细胞KD56+NK细胞；和朗氏细胞)的变化。图2图不出了在应答者和非应答者中，每日两次(b.1.d.)给药20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3- 二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，表皮细胞(⑶11+树突细胞KD3+T细胞KD56+NK细胞；和朗氏细胞)的变化。图3图示出了在每日两次(b.1. d.)给药20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基横酸基)乙基)-1，3-二氧代异卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周和第12周，真皮细胞(⑶11+树突细胞KD3+T细胞KD56+NK细胞；和朗氏细胞)的变化。图4图不出了在应答者和非应答者中，每日两次(b.1.d.)给药20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3- 二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，真皮细胞(⑶11+树突细胞KD3+T细胞AD56+NK细胞；和朗氏细胞)的变化。图5图示出了在每日两次(b.1. d.)给药20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)_2_(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异卩引哚啉-4-基)乙酰胺之后第4周和第12周，与银屑病的发病机制相关基因表达促炎症反应基因产物(IL-12/23 p40 ；iN0S ；IL~22 ；IL-8 ；DEFB4 ；MX1 ;角蛋白 16 ;IL_17A ；IL-23 pl9 ;IL_10 ；IFNy ；MIG ；TNFa ;和 IL-2)的变化。图6图不出了在应答者和非应答者中，在每日两次(b.1.d.)给药20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，与银屑病的发病机制相关基因表达促炎症反应基因产物(IL-12/23 p40 ；iN0S ；IL~22 ;IL_8 ；DEFB4 ；MX1 ;角蛋白 16 ;IL_17A ；IL-23 pl9 ;IL_10 ；IFNy ；MIG ；TNFa ;和 IL-2)的变化。图7图示出了在每日两次(b.1. d.)给药20mg的(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基横酸基)乙基)-1，3-二氧代异卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周银 屑病损伤皮肤的IFNy基因表达的变化，和在每日两次(b.1. d.)给药20mg相同化合物之后第12周的PASI得分。图8图示出了在每日两次(b.1. d.)给药20mg的(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基横酸基)乙基)-1，3-二氧代异卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周银屑病损伤皮肤中Langerin染色的变化,和在每日两次(b.1. d.)给药20mg相同化合物之后第12周的PASI得分。4. 2 定 SI如本文使用的，且除非另有说明，术语“治疗”是指当患者患有银屑病时发生的降低银屑病的严重程度或阻止或减慢癌症进展的作用。当关于治疗使用的术语“敏感性”和“灵敏性”是一个相对的术语，其是指治疗化合物在减轻或减少待治疗疾病的症状中的有效程度。例如，当对于细胞或患者的治疗使用的术语“增加敏感性”是指当使用本领域熟知的任何方法测量时，在减轻或减少银屑病的症状方面有效性增加至少5%以上。如本文使用的，且除非另有说明，术语化合物的“治疗有效量”为在治疗或控制银屑病中足够提供治疗益处、或足够延迟或最小化与银屑病相关的一种或多种症状的量。化合物的治疗有效量是指单独或与其他治疗剂组合的量，该量在治疗或控制银屑病中提供治疗益处。术语“治疗有效量”可以涵盖改善整体治疗、减少或避免银屑病的症状或原因、或提高另外的治疗剂的治疗效果的量。如本文使用的“有效患者反应”是指在患者的治疗益处方面的任何提高。“有效患者肿瘤反应”可以为例如银屑病的躯体症状(physical symptom)减少5%、10%、25%、50%或
100% o术语“可能性”泛指事件的概率增加。当关于患者反应的有效性使用的术语“可能性”通常是指减轻或减少银屑病症状的概率增加。术语“预测”通常是指预先确定或告知。当使用“预测”银屑病治疗的有效性时，术语“预测”可以是指在最初、开始治疗之前或治疗周期基本上进展之前，可以确定结果的可能性。如本文使用的术语“监测”通常是指监督、管理、调节、观察、追踪或监视活性。例如，术语“监测对银屑病的治疗效力”是指追踪在治疗患者或通常得自患者的细胞中的银屑病中的有效性。类似地，当独立地或在临床试验中与患者顺应性结合使用时，术语“监测”是指追踪或证实患者事实上按照如处方测试的治疗方案。
如本文使用的，术语“多肽”和“蛋白”在本文中可互换地使用，它们是指通过肽键连接的、串联阵列(serial array)形式的三个以上氨基酸的氨基酸聚合物。术语“多肽”包括蛋白质、蛋白质片段、蛋白质类似物、低聚肽等。如本文使用的术语多肽也可以指肽。构成多肽的氨基酸可以是天然来源的，或者可以是合成的。多肽可以是由生物样品纯化的。术语“抗体”在本文中以其广义使用，涵盖全组装抗体、保留特异性结合抗原能力的抗体片段(例如Fab、F{ah' )2、Fv及其他片段)、单链抗体、双特异抗体(diabodies)、抗体嵌合体、杂交抗体、双特异抗体(bispecificantibodies)、人源化抗体等。术语“抗体”涵盖多克隆抗体和单克隆抗体。如本文使用的，术语“表达”是指由基因转录得到至少部分地与基因的两个核酸链之一的区域互补的RNA核酸分子。如本文使用的术语“表述”也指由RNA分子翻译得到蛋白质、多肽或其部分。 “上调的”mRNA通常为在给定治疗或条件下“增加”。“下调的”mRNA通常指响应给定治疗或条件时mRNA的表达水平“降低”。在某些情况下，在给定治疗或条件下mRNA水平可以保持不变。来自患者样品的mRNA可以“上调”，即mRNA的水平可以相对于比较的对照mRNA水平提高例如约 5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、100%、200%、300%、500%、I, 000%、5，000%或更高。另外，mRNA可以“下调”，即mRNA的水平可以相对于比较的对照mRNA水平降低例如约 99%、95%、90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、1% 或更低。类似地，与未处理的对照相比，来自患者样品的多肽或蛋白质生物标志物的水平可以提高。该提高可以为比较的对照蛋白水平的约5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、100%、200%、300%、500%、1，000%,5, 000%或更高。另外，蛋白质生物标志物的水平可以降低。该降低可以为例如存在水平为比较的对照蛋白水平的约99%、95%、90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、1% 或更低。术语“TOE4调节剂”是指抑制TOE4的分子或化合物。在一种实施方式中，PDE4调节剂可以为从Celgene Corporation获得的那些(本文在别处提供的)，其有效地抑制TNF-a生成，但对LPS诱导的IL-1 ^和IL-12显示出适当的抑制作用，并且甚至在高药物浓度下也不会抑制IL-6。另外，PDE4抑制剂倾向于产生适当的IL-10刺激。L. G. Corral等人，Ann. Rheum. Dis. ,58:(增刊 1) 1107-1113(1999)。如本文使用的，术语“确定”、“测量”、“评估”、“评价”和“测定”通常是指任何形式的测量，并包括测定要素(element)是否存在或不存在。这些术语包括定量测定和/或定性测定。评价可以是相对的或绝对的。“评价...的存在”可以包括确定存在的某物的量，以及确定其是否存在或不存在。术语“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换地使用，来描述由核苷酸组成的任何长度聚合物，例如脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或者合成产生的化合物，其能够与天然存在的核酸以类似于两个天然存在核酸的序列特异性方式杂交，例如可以参与Watson-Crick碱基配对相互作用。如本文使用的，在多核苷酸序列的语境中，术语“碱基”与“核苷酸”是同义词，即多核苷酸的单体亚单位。术语“核苷”和“核苷酸”意味着包括不仅包含已知的嘌呤和嘧啶碱基，而且也包含已经修饰的其他杂环碱基的那些部分。这样的修饰包括甲基化嘌呤或嘧啶、酰基化嘌呤或嘧啶、烷基化核糖或其他杂环。另外，术语“核苷”和“核苷酸”包括不仅包含常规核糖和脱氧核糖，而且也包含其他糖的那些部分。修饰的核苷或核苷酸也包括对糖部分的修饰，例如其中一个或多个羟基被卤素原子或脂肪基替换，或者被官能化为醚、胺等。“类似物”是指具有文献中公认的结构特征(如模拟物、衍生物)、具有类似的结构或其他类似项的分子，包括例如引入非天然核苷酸的多核苷酸、核苷酸模拟物如2，-修饰的核苷、肽核苷酸、寡聚核苷膦酸酯、以及具有附加取代基团(如保护基或连接部分)的任何多核苷酸。术语“互补的”是指多核苷酸之间基于多核苷酸序列的特异性结合。如本文使用的，如果在严格条件下在杂交试验中第一多核苷酸和第二多核苷酸彼此结合，例如在杂交试验中它们产生给定或可检测水平的信号，则它们是互补的。如果多核苷酸部分符合常规碱基配对规则，例如A与T (或U)配对，G与C配对，则该多核苷酸部分是彼此互补的，但可能存在小区域(例如不到约3个碱基)的错配、插入或删除序列。两个核酸序列的“序列同一性”或“同一性”是指当在特定比较窗上以最大一致性比对时相同的两个序列，并且可以考虑到添加、缺失和取代。在多核苷酸的描述中以多种语法形式存在的术语“基本同一性”或“同源性”通常是指多核苷酸包括具有期望同一性的序列，例如与参照序列相比至少60%同一性、优选至少70%序列同一性、更优选至少80%、更优选至少90%和甚至更优选至少95%同一性。核苷酸序列基本上相同的另一个指征是两个分子是否在严格条件下彼此杂交。如本文使用的，术语“结合”在本文中可用于指示直接或间接连接。在化学结构的描述中，“结合”可以是指存在直接连接两个部分或间接连接两个部分(例如经由连接基团或分子的任何其他插入部分)的化学键。化学键可以是共价键、离子键、配位络合、氢键键合、范德华相互作用、或疏水性堆积、或者可以显示出多种化学键的特征。在某些情况下，“结合”包括其中连接是直接的实施方式以及其中连接是间接的实施方式。术语“分离的”和“纯化的”是指分离物质(如mRNA或蛋白质)，以使得该物质包含其存在于其中的样品的实质性部分，即大于通常以其天然或未分离状态存在的物质。通常，样品的实质性部分包括例如大于1%、大于2%、大于5%、大于10%、大于20%、大于50%以上、通常高达约90%-100%的样品。例如，分离的mRNA样品通常可以包括至少约1%的总mRNA。用于纯化多核苷酸的技术是本领域公知的，包括例如凝胶电泳、离子交换层析、亲和色谱、流式分选(flow sorting)和根据密度沉降。如本文使用的，术语“样品”是指含有一种或多种感兴趣的组分的材料或材料的混合物，胆通常不一定是液体形式。如本文使用的，“生物样品”是指从生物学受试者获得的样品，包括体内或原位获得、得到或收集的生物学组织或液体来源的样品。生物样品也包括来自包含癌变前或癌细胞或组织的生物学受试者部位的样品。这样的样品可以为，但不限于从哺乳动物分离的器官、组织、部分和细胞。示例性的生物样品包括，但不限于细胞溶解产物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、体液、血样、尿样、皮肤样品等。优选的生物样品包括，但不限于全血、部分纯化的血液、PBMC、组织活检等。如本文使用的，术语“分析物”是指已知的或未知的样品成分。如本文使用的,术语“捕获剂”是指通过足以使试剂结合并浓缩(concentrate)来自均相混合物的mRNA或蛋白质的相互作用来结合mRNA或蛋白质的试剂。如本文使用的，术语“探针”是指针对特定目标mRNA生物标志物序列的捕获剂。因此，探针组的每一种探针都具有相应的目标mRNA生物标志物。探针/目标mRNA双链体为将探针杂交至其目标mRNA生物标志物形成的结果。术语“核酸”或“寡核苷酸探针”是指能够经一种或多种类型的化学键，通常经互补碱基配对，通常经氢键形成，而结合互补序列的的目标核酸，如本文提供的mRNA生物标志物。如本文使用的，探针可以包括天然碱基(例如A、G、C或T)或修饰的碱基(7-去氮鸟苷、肌苷等)。另外，探针中的碱基可以通过不同于磷酸二酯键的连接(linkage)而结合，只要该连接不会干扰杂交即可。本领域技术人员应当理解，根据杂交条件的严格性，探针可以结合缺乏与探针序列的完全互补性的目标序列。所述探针优选地用同位素例如发色团、发光团(lumiphores)、色原体直接标记，或者用生物素间接标记，该生物素随后可以结合抗生蛋白链菌素复合物。通过测定存在或不存在探针，人们可以检测感兴趣的目标mRNA生物标志物存在或不存在。术语“严格的测定条件”是指以下条件对产生具有足够互补性的核苷酸结合对(例如探针和目标mRNA)而言是相容的，从而在测定中提供期望特异性水平，同时与在具有不足互补性的结合成员之间形成结合对而言一般是不相容的从而提供期望特异性。术语严格测定条件一般是指杂交和洗涤条件的组合。关于核酸的“标记物”或“可检测部分”是指如下组合当与核酸连接时，导致该核酸是可通过例如光谱、光化学、生物化学、免疫化学或化学方法检测的。示例性的标记物包括，但不限于放射性同位素、磁性珠粒、金属珠粒、胶体微粒、荧光染料、酶、生物素、地高辛、半抗原等。“标记的核酸或寡核苷酸探针”通常为如下中的一种其通过连接基或化学键共价结合标记物，或者通过离子键、范德华力、静电引力、疏水性相互作用或氢键非共价结合标记物，使得可通过检测结合核酸或探针的标记物的存在来检测核酸或探针的存在。如本文使用的，术语“聚合酶链反应”或“PCR”一般是指其中少量核酸、RNA和/或DNA为如例如在Mul I is的美国专利No. 4，683，195中描述的扩增的程序。通常，需要获得来自感兴趣区域末端或之外的序列信息，使得可以设计寡核苷酸引物；这些引物的序列与待扩增模板的相反链相同或类似。两种引物的5'端核苷酸可以与扩增物质的末端相符合。PCR可用于扩增特异性RNA序列，来自全部基因组DNA的DNA序列，和来自全部细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA等。一般参见Mullis等人,Cold SpringHarbor Symp. Quant.Biol.,51:263(1987) ；Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY,1989)。当本文中使用关于PCR方法的术语“循环数”或“CT”时，是指荧光水平通过已设定阈值水平的PCR循环数。CT测量可用于例如估算原始样品中mRNA的水平。CT测量通常用在术语“dCT”或“CT差”评分中，此时从另一种核酸的CT减去一种核酸的CT。如本文使用的，除非另有说明，术语“光学纯”是指包含化合物的一种光学异构体且基本上不含该化合物的其他异构体的组合物。例如，具有一个手性中心的光学纯组合物将基本上不含该化合物的相对对映异构体。具有两个手性中心的化合物的光学纯组合物将基本上不含该化合物的其他非对映异构体。典型的光学纯化合物包含大于约80%重量的化合物的一种对映异构体和少于约20%重量的该化合物的其他对映异构体、更优选地大于约90%重量的化合物的一种对映异构体和少于约10%%重量的该化合物的其他对映异构体、甚至更优选大于约95%重量的化合物的一种对映异构体和少于约5%重量的该化合物的其他对映异构体、更优选大于约97%重量的化合物的一种对映异构体和少于约3%重量的该化合物的其他对映异构体、和最优选大于约99%重量的化合物的一种对映异构体和少于约1%重量的该化合物的其他对映异构体。除非另有说明，本文提供的实施方式的实施将使用分子生物学、微生物学和免疫学的常规方法，所有这些方法都在本领域普通技术人员的技术范围内。这样的技术在文献中充分说明。用于会诊的特别合适的文本的实例包括下述Sambrook等人(1989)Molecular Cloning ；A Laboratory Manual (第 2 版 )；D. N Glover 编著(1985)DNACloning,第 I 卷和第 II 卷；M. J. Gait,编著(1984) Oligonucleotide Synthesis ；B. D. Hames& SJ. Higgins 编著(1984) Nucleic Acid Hybridization ；B. D. Hames & S. J. Higgins 编著(1984) Transcription and Translation ;R.1. Freshney编著(1986)Animal CellCulture ；Immobilized Cells and Enzymes(IRL Press,1986) ；ImmunochemicalMethods inCell and Molecular Biology(Academic Press, London) ;Scopes(1987)ProteinPurif icat ion !Principles and Practice (第 2 版；Springer Verlag, N. Y.);和 D. M. Weir和 C. C. Blackwell 编著(1986) Handbook of Experimental Immunology,第1-1V 卷。 4. 3牛物标志物本文提供了涉及使用细胞标记分子和mRNAs作为生物标志物来预测或确定银屑病的治疗效力的方法。可以使用细胞标记物或mRNA来确定治疗是否有可能在疾病细胞模型中获得成功。生物标记物或“生物标志物”是一种其检测指示特定生物学状况例如银屑病进展的物质。在某些实施方式中，可以分别测定生物标志物，或者可以同时测定几种生物标志物。在某些实施方式中，“生物标志物”指示可能与疾病危险或进展相关、或与疾病对给定治疗的敏感性相关的核酸表达水平的变化。在某些实施方式中，生物标志物为mRNA或cDNA。在另外的实施方式中，“生物标志物”是指可能与治疗的敏感性相关或与疾病进展相关的某些细胞标记物的水平的变化。可以通过本领域已知的方法确定特性细胞标记物的相对水平。例如，可以使用基于抗体的方法，比如免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)或其他方法。4. 3.1细胞标记物作为用于预测效力的牛物标志物的用涂部分地基于发现在银屑病治疗期间观察到某些细胞标记物可检测的增加或减少，可以使用这些这些细胞标记物的水平作为用于预测可能的银屑病治疗敏感性的生物标志物。所述细胞标记物包括，但不限于CDllc、CD3、CD56、Langerin、ICAM-1、Foxp3和HLA-DR。可以分别监测这些生物标志物中的每一种，或者可以同时监测两种或多种所述生物标志物。在某些实施方式中，这些生物标志物可用于预测患者中银屑病治疗的有效性。在一种实施方式中，测量从潜在患者获得的生物样品中的生物标志物水平。可选地，细胞标记物也可以用作体外测定以预测银屑病治疗成功性的生物标志物，其包括取得来自患者的细胞样品、在存在或不存在治疗化合物的条件下对其进行培养、和测试细胞中生物标志物水平的提高或降低。因此，在一种实施方式中，本文提供了一种预测患者对银屑病的治疗是否有反应的方法，包括获得来自患者的细胞；在存在或不存在治疗化合物的条件下培养该细胞；测量选自⑶Ilc、⑶3、⑶56、ICAM-1、Foxp3、HLA-DR及其组合的细胞标记物的水平；和将在存在治疗化合物条件下培养细胞中细胞标记物的水平与在不存在治疗化合物条件下培养细胞中细胞标记物的水平进行比较；其中，在存在治疗化合物条件下细胞标记物的水平降低指示对治疗化合物的有效患者反应的可能性。在一种实施方式中，仅监测一种细胞标记物的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种细胞标记物的水平。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是利用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的真皮区域获得的。在另一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的表皮区域获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉)-4_基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。在另一种实施方式中，本文提供了一种预测患者对银屑病的治疗是否有反应的方法，包括获得来自患者表皮区域的细胞；在存在或不存在治疗化合物的条件下培养该细胞；测量细胞中Langerin的水平；和将在存在治疗化合物条件下培养的细胞中Langerin的水平与在不存在治疗化合物条件下培养的细胞中Langerin的水平进行比较；其中，在存在治疗化合物条件下Langerin的水平降低指示对治疗化合物的有效患者反应的可能性。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是利用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的真皮区域获得的。在另一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的表皮区域获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。4. 3. 2细胞标记物作为用于监测效力或患者顺应件的牛物标志物的用涂除了最初预测在银屑病患者中治疗有效性的可能性之外，可以通过监测上述细胞标记物的水平来跟踪银屑病治疗的进展。因此，在某些实施方式中，提供了一种评价或监测患者中银屑病治疗有效性的方法。从患者获得样品，并测量一种或多种上述生物标志物的水平，以确定与治疗开始之前的水平相比，其水平是否提高或降低。生物标志物也可以用于追踪和调节个体患者的治疗有效性。生物标志物可用于搜集对患者治疗进行调节所需的信息，以增加或减少所需试剂的剂量。例如，可以使用生物标志物测试接受治疗化合物的患者，以观察剂量是否有效，或者是否需要更具侵袭性的治疗计划。在一种实施方式中，本文提供了一种监测患者对银屑病治疗反应的方法，包括获得来自患者的生物样品；测量生物样品中选自CDllc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin、HLA-DR 及其组合的细胞标记物的水平；和向患者给药治疗化合物；此后获得来自患者的第二生物样品；测量第二生物样品中选自CDllc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin、HLA-DR 及其组合的细胞标记物的水平；和比较从第一和第二生物样品获得的细胞标记物的水平；其中，第二生物样品中细胞标记物的水平降低指示有效反应。患者通过任何期望的方式比如例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。在一种实施方式中，在治疗之后4周进行一次测试，并且在治疗之后12周进行一次测试。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测治疗有效性。在一种实施方式中，仅监测一种细胞标记物的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种细胞标记物的水平。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶Ilc的水平，并且与第一生物样品中⑶Ilc的水平相比，该降低为约30%、35%、40%或45%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的CDllc的水平，并且与第一生物样品中CDllc的水平相比，该降低为约60%, 65%, 70% 或 75% 或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶3的水平，并且与第一生物样品中⑶3的水平相比，该降低为约15%、20%、25%或30%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的⑶3的水平，并且与第一生物样品中⑶3的水平相比，该降低为约25%、30%、35%或40%或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶56的水平，并且与第一生物样品中⑶56的水平相比，该降低为约15%、20%、25%或30%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的⑶56的水平，并且与第一生物样品中⑶56的水平相比，该降低为约60%、65%、70%或75%或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的Langerin的水平，并且与第一生物样品中Langerin的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是使用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的真皮区域获得的。在另一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的表皮区域获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。在另一种实施方式中，本文提供了一种监测患者对银屑病治疗反应的方法，包括获得来自患者表皮区域的生物样品；测量生物样品中Langerin的水平；向患者给药治疗化合物；此后获得来自患者表皮区域的第二生物样品；测量第二生物样品中Langerin的水平；和比较从第一和第二生物样品获得的Langerin的水平；其中，第二生物样品中Langerin的水平降低指示有效反应。在一种实施方式中，与第一生物样品中Langerin的水平相比,Langerin的水平降低量为 5%、10%、15% 或 20%o此外，患者通过任何期望的方式比如例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。在一种实施方式中，在治疗之后4周进行一次测试，并且在治疗之后12周进行一次测试。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测治疗有效性。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是使用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。在其他实施方式中，这些生物标志物还可以用于追踪或进行人研究试验的质量控制，或者利用提供证实患者正在接受特定药物治疗的方式来监测患者对药物方案的顺应性。这些生物标志物可以用于结合例如患者治疗的控制、临床试验和基于细胞的研究。在一种实施方式中，这些生物标志物可用于在个体治疗方案期间或者临床试验期间追踪患者顺应性。例如，可以在临床试验期间以设定的间隔跟踪生物标志物的水平，以确保纳入试验的患者按照指示服用药物。也可以利用程序来跟踪个体患者的治疗。例如，当测量特定生物标志物的水平时，与未处理的对照相比，生物标志物水平的改变指示至少部分患者对药物治疗方案有顺应性。生物标志物的水平改变量与阳性对照的改变量类似地指示对治疗方案的完全顺应性的可能性。因此，在某些实施方式中，提供了一种用于评价患者对药物治疗方案的顺应性的方法。生物样品为从患者获得的，测量生物标志物的水平，并且与对照未处理样品的生物标志物的水平相比较。与未处理的对照样品的生物标志物水平相比，生物标志物的水平改变指示对方案有顺应性。在一种实施方式中，本文提供了一种用于监测患者对银屑病的药物治疗方案的顺应性的方法，包括获得来自所述患者的生物样品；测量生物样品中选自CD 11 c、CD3、CD56、I CAM-1、Foxp3、Langer in、HLA-DR 及其组合的细胞标记物的水平；和确定与对照未处理的样品中表达水平相比，患者样品中表达水平是否降低；其中，表达降低指示患者对所述药物治疗方案有顺应性。患者通过任何期望的方式比如例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测患者的顺应性。在一种实施方式中，其中仅监测一种细胞标记物的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种细胞标记物的水平。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶Ilc的水平，并且与第一生物样品中⑶Ilc的水平相比，该降低为约30%、35%、40%或45%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的CDllc的水平，并且与第一生物样品中CDllc的水平相比，该降低为约60%, 65%, 70% 或 75% 或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶3的水平，并且与第一生物样品中⑶3的水平相比，该降低为约15%、20%、25%或30%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的⑶3的水平，并且与第一生物样品中⑶3的水平相比，该降低为约25%、30%、35%或40%或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的⑶56的水平，并且与第一生物样品中⑶56的水平相比，该降低为约15%、20%、25%或30%或更多。在另一种实施方式中，监测从表皮区域获得的⑶56的水平，并且与第一生物样品中⑶56的水平相比，该降低为约60%、65%、70%或75%以或更多。在一种实施方式中，监测从真皮区域获得的Langerin的水平，并且与第一生物样品中Langerin的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是利用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的真皮区域获得的。在另一种实施方式中，来自患者的样品细胞是从患者的表皮区域获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。在另一种实施方式中，本文提供一种用于监测患者对银屑病的药物治疗方案的顺应性的方法，包括获得来自所述患者表皮区域的生物样品；
测量生物样品中Langerin的水平；和确定与对照未处理的样品中表达水平相比，患者样品中表达水平是否降低；其中，表达降低指示患者对所述药物治疗方案有顺应性。在一种实施方式中，与第一生物样品中Langerin的水平相比,Langerin的水平降低量为 5%、10%、15% 或 20%o此外，患者通过任何期望的方式比如例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。在一种实施方式中，在治疗之后4周进行一次测试，并且在治疗之后12周进行一次测试。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测治疗有效性。在一种实施方式中，来自患者的样品细胞是使用皮肤活组织检查获得的。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。4. 3. 3 mRNAs作为用于预测效力的生物标志物的用途部分地基于发现在银屑病治疗期间观察到某些mRNA可检测的减少，可以使用这些这些mRNAs的水平作为用于预测可能的银屑病治疗敏感性的生物标志物。mRNAs包括，但不限于角蛋白 16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10,IFN-y和/或CXCL9的mRNA。可以分别监测这些生物标志物中的每一种，或者可以同时监测两种或多种生物标志物。在某些实施方式中，这些生物标志物可用于预测患者中银屑病治疗的有效性。在一种实施方式中，测量从潜在患者得到的生物样品中的生物标志物水平。可选地，细胞标记物也可以用作体外测定以预测银屑病治疗成功性的生物标志物，包括取得来自患者的细胞样品、在存在或不存在治疗化合物的条件下对其进行培养、和测试细胞中生物标志物水平的提高或降低。因此，在一种实施方式中，本文提供了一种预测患者对银屑病的治疗是否有反应的方法，包括获得来自患者的细胞；在存在或不存在治疗化合物的条件下培养该细胞；测量选自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL_22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10、IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和将在存在治疗化合物条件下培养的细胞中的mRNA水平与在不存在治疗化合物条件下培养的细胞中的mRNA水平进行比较；其中，在存在治疗化合物条件下mRNA的水平降低指示对治疗化合物的有效患者反应的可能性。在一种实施方式中，其中仅监测一种mRNA的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种mRNA的水平。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。4. 3. 4 mRNAs作为用于监测效力或患者顺应性的生物标志物的用途除了最初预测在银屑病患者中治疗有效性的可能性之外，可以通过监测上述mRNAs的水平来跟踪银屑病治疗的进展。因此，在某些实施方式中，提供一种评价或监测患者中银屑病治疗有效性的方法。从患者获得样品，并测量一种或多种上述mRNA的水平，以确定与治疗开始之前的水平相比，其水平是否提高或降低。生物标志物也可以用于追踪和调节个体患者的治疗有效性。生物标志物可用于搜集对患者治疗进行调节所需的信息，以增加或减少所需试剂的剂量。例如，可以使用生物标志物测试接受治疗化合物的患者，以观察剂量是否有效，或者是否需要更具侵袭性的治疗计划。在一种实施方式中，本文提供了一种监测患者对银屑病治疗反应的方法，包括获得来自患者的生物样品；测量生物样品中选自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；向患者给药治疗化合物；此后获得来自患者的第二生物样品；测量第二生物样品中选自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和比较获自第一和第二生物样品的mRNA的水平；其中，第二生物样品中mRNA的水平降低指示有效反应。患者通过任何期望的方式比如例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。在一种实施方式中，在治疗之后4周进行一次测试，并且在治疗之后12周进行一次测试。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测治疗有效性。在一种实施方式中,其中仅监测一种mRNA的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种mRNA的水平。在一种实施方式中，监测IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平相比，该降低为约80%、85%、90%或95%或更多。在另一种实施方式中，监测iNOS mRNA的水平，并且与第一生物样品中iNOS mRNA的水平相比，该降低为约50%、55%、60%或65%或更多。在一种实施方式中，监测IL-22 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-22 mRNA的水平相比，该降低为约65%、70%、75%或80%或更多。在另一种实施方式中，监测IL-8 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL_8 mRNA的水平相比，该降低为约65%、70%、75%或80%或更多。在一种实施方式中，监测DEFB4 mRNA的水平，并且与第一生物样品中DEFB4 mRNA的水平相比，该降低为约45%、50%、55%或60%或更多。在另一种实施方式中，监测MX-1 mRNA的水平，并且与第一生物样品中MX_1 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测角蛋白16 mRNA的水平，并且与第一生物样品中角蛋白16mRNA的水平相比，该降低为约50%、55%、60%或65%或更多。在一种实施方式中，监测IL-17A mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-17AmRNA的水平相比，该降低为约60%、65%、70%或75%或更多。在一种实施方式中，监测IL-23 pl9 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-23pl9 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测IL-10 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-10 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测IFN-YmRNA的水平，并且与第一生物样品中IFN- YmRNA的水平相比，该降低为约30%、35%、40%或45%或更多。在一种实施方式中，监测CXCL9 mRNA的水平，并且与第一生物样品中CXCL9 mRNA的水平相比，该降低为约20%、25%、30%或35%或更多。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异n引哚-4-基}-酸胺。在其他实施方式中，这些生物标志物还可以用于追踪或进行人研究试验的质量控制，或者利用提供证实患者正在接受特定药物治疗的方式来监测患者对药物方案的顺应性。这些生物标志物可以用于结合例如患者治疗的控制、临床试验和基于细胞的研究。在一种实施方式中，这些生物标志物可用于追踪在个体治疗方案期间或者临床试验期间患者顺应性。例如，可以在临床试验期间以设定的间隔跟踪生物标志物的水平，以确保纳入试验的患者按照指示服用药物。也可以使用程序跟踪个体患者的治疗。例如，当测量特定生物标志物的水平时，与未处理的对照相比生物标志物的水平改变指示至少部分患者对药物治疗方案有顺应性。生物标志物的水平改变量与阳性对照的改变量类似指示对治疗方案的完全顺应性的可能性。因此，在某些实施方式中，提供一种用于评价患者对药物治疗方案的顺应性的方法。生物样品为从患者获得的，测量生物标志物的水平，并且与对照未处理样品的生物标志物的水平相比较。与未处理的对照样品的生物标志物水平相比，生物标志物的水平改变指示对方案有顺应性。在一种实施方式中，本文提供一种用于监测患者对银屑病的药物治疗方案的顺应性的方法，包括获得来自所述患者的生物样品；测量第二生物样品中选自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和确定与对照未处理的样品中表达水平相比，患者样品中表达水平是否降低；
其中，表达降低指示患者对所述药物治疗方案有顺应性。患者通过任何期望的方式例如皮肤活组织检查提供细胞样品。当需要跟踪治疗有效性时，可以按照例如每天、每周一次、每一个月两次、一个月一次、每两个月一次、每个季度一次、或每年一次采集样品。通过跟踪这些生物标志物的水平，可以随时监测患者的顺应性。在一种实施方式中，其中仅监测一种细胞标记物的水平。在另一种实施方式中，同时监测两种或多种细胞标记物的水平。在一种实施方式中，监测IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平相比，该降低为约80%、85%、90%或95%或更多。在另一种实施方式中，监测iNOS mRNA的水平，并且与第一生物样品中iNOS mRNA的水平相比，该降低为约50%、55%、60%或65%或更多。在一种实施方式中，监测IL-22 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-22 mRNA的水平相比，该降低为约65%、70%、75%或80%或更多。在另一种实施方式中，监测IL-8 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL_8 mRNA的水平相比，该降低为约65%、70%、75%或80%或更多。在一种实施方式中，监测DEFB4 mRNA的水平，并且与第一生物样品中DEFB4 mRNA的水平相比，该降低为约45%、50%、55%或60%或更多。在另一种实施方式中，监测MX-1 mRNA的水平，并且与第一生物样品中MX_1 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测角蛋白16 mRNA的水平，并且与第一生物样品中角蛋白16mRNA的水平相比，该降低为约50%、55%、60%或65%或更多。在一种实施方式中，监测IL-17A mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-17AmRNA的水平相比，该降低为约60%、65%、70%或75%或更多。在一种实施方式中，监测IL-23 pl9 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-23pl9 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测IL-10 mRNA的水平，并且与第一生物样品中IL-10 mRNA的水平相比，该降低为约40%、45%、50%或55%或更多。在一种实施方式中，监测IFNimRNA的水平，并且与第一生物样品中IFNimRNA的水平相比，该降低为约30%、35%、40%或45%或更多。在一种实施方式中，监测CXCL9 mRNA的水平，并且与第一生物样品中CXCL9 mRNA的水平相比，该降低为约20%、25%、30%或35%或更多。在一种实施方式中，治疗化合物为本文在别处提供的TOE4抑制剂。在另一种实施方式中，治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一种实施方式中，治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。4. 4 PDE4 调节剂在某些实施方式中，本文提供的生物标志物可用于预测或监测TOE4调节剂治疗银屑病的效力。本文提供的TOE4调节剂包括外消旋的、立体异构纯的和立体异构富集的PDE4调节剂，具有选择性细胞因子抑制活性的立体异构的和对映异构体纯的化合物，及其可药用盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、包合物和前药。本文提供的某些化合物为已知的CelgeneCorporation, NJ 的 F1DEA 调节剂。除非另有说明，如本文使用的术语“PDE 4调节剂”涵盖小分子药物，例如不是肽、蛋白质、核苷酸、低聚糖或其他大分子的小有机分子。优选的化合物抑制TNF-a生成。化合物也可以对LPS诱导的ILlP和IL12具有适度的抑制作用。更优选地，本文提供的化合物为高效I3DE 4抑制剂。PDE 4调节剂的具体实例包括，但不限于在美国专利号5，605, 914和5，463，063中公开的环状亚胺；美国专利号 5，728，844,5, 728，845,5, 968，945,6, 180，644 和 6，518，281中的环烷基酰胺和环烷基腈；美国专利号5，801, 195,5, 736，570,6, 046, 221和6，284，780中的芳基酰胺(例如实施方式为N-苯甲酰基-3-氨基-3-(3'，4' - 二甲氧基苯基)_丙酰胺)；在美国专利号5，703, 098中公开的酰亚胺/酰胺醚和醇(例如3-苯二甲酰亚氨基-3-(3' ,4/ - 二甲氧基苯基)_丙-1-醇);在美国专利号5，658，940中公开的琥珀酰亚胺和马来酰亚胺(例如3-(3'，4'，5' ’6,-四氢邻苯二甲酰亚胺基)-3-(3”，4”_ 二甲氧基苯基)丙酸甲酯)；在美国专利号6，214，857和WO 99/06041中公开的亚氨基和酰氨基取代的链烧异轻]3亏酸(alkanohydroxamic acids);在美国专利号6，011, 050和6，020, 358中公开的取代的苯乙基砜；在美国专利公开号2004/0204448中公开的氟烷氧基-取代的I, 3- 二氢异吲哚基化合物；在美国专利号6，429，221中公开的取代的二酰亚胺(例如2-苯二甲酰亚氨基-3-(3'，4' - 二甲氧基苯基)丙烷);在美国专利号6，326，388中公开的取代的1，3，4-噁二唑(例如，2-[1- (3-环戊氧基-4-甲氧基苯基)-2- (1，3，4-噁二唑-2-基)乙基]-5-甲基异吲哚啉-1, 3- 二酮)；在美国专利号5，929，117,6, 130，226,6, 262，101和6，479，554中公开的取代的苯乙烯的氰基和羧基衍生物(例如，3，3-双-(3，4- 二甲氧基苯基)丙烯腈);在WO 01/34606和美国专利No. 6，667，316中公开的2-位被a-(3，4-二取代的苯基)烷基取代和在4-和/或5-位被含氮基团的异吲哚啉-1-酮和异吲哚啉-1，3- 二酮，例如环丙基-N-{2-[l-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基]-3-氧代异吲哚啉-4-基}甲酰胺、环丙基-N-{2_[1 (S)-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基]-3-氧代异吲哚啉-4-基}甲酰胺、和环丙基-N-{2-[l-(R)-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基]-3-氧代异吲哚啉-4-基}甲酰胺；和在WO01/45702和美国专利号6，699，899中公开的亚氨基和酰氨基取代的酰基异羟肟酸(例如，(3-(1，3-二氧代异吲哚啉-2-基)-3-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)丙酰基氨基)丙酸酯。其他的TOE4调节剂包括在美国专利公开号2005/0014727中公开的二苯基乙烯化合物，将其全文并入本文作为参考。其他的TOE4调节剂包括在美国专利公开号2006/0025457和2006/0084815中公开的异吲哚啉化合物。其他具体的I3DE 4调节剂包括2_[1_(3_乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲基磺酰基乙基]-4-乙酰氨基异吲哚啉-1，3- 二酮及其立体异构体。(+)-2-[1-(3_乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲基磺酰基乙基]-4-乙酰基氨基异吲哚啉-1，3- 二酮公开在WO 03/080049中。将每个本文提及的专利和专利申请的全文并入本文作为参考。其他的TOE 4调节剂属于合成化合物家族，其典型实施方式包括3-(1，3_ 二氧代苯并_[f]异吲哚-2-基)-3-(3-环戊氧基-4-甲氧基苯基)丙酰胺和3-(1，3- 二氧代-4-氮杂异吲哚-2-基)-3- (3，4- 二甲氧基苯基)-丙酰胺。本文提供的各种TOE4调节剂包含一个或多个手性中心，并且可以作为对映异构体的外消旋混合物或非对映异构体的混合物存在。本文的方法和组合物涵盖使用这样的化合物的纯立体异构体形式，以及使用那些形式的混合物。例如，可以在本文提供的方法和组合物中使用包括等量或不等量的特定TOE4调节剂的对映异构体的 混合物。这些异构体可以不对称地合成或利用标准技术比如手性柱或手性拆分试剂进行拆分。参见，例如 Jacques, J.等人，Enantiomers, Racemates and Resolutions (ffiley-1nterscience,New York, 1981) ；ffilen, S. H.等人，Tetrahedron 33 : 2725 (1977) ;E1 iel，E. L.，Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill, NY,1962);和 Wilen, S. H. , Tablesof Resolving Agents and Optical Resolutions p. 268 (E. L. Eliel,Ed. ,Univ. of NotreDame Press, Notre Dame,IN, 1972)。如本文使用的，且除非另有说明，术语“光学纯”是指包含化合物的一种光学异构体且基本上不含该化合物的其他异构体的组合物。例如，具有一个手性中心的化合物的光学纯的组合物基本上不含该化合物的相反对映异构体。具有两个手性中心的化合物的光学纯的组合物基本上不含该化合物的其他非对映异构体。典型的光学纯化合物包含大于约80%重量的化合物的一种对映异构体和少于约20%重量的该化合物的其他对映异构体、大于约90%重量的化合物的一种对映异构体和少于约10%%重量的该化合物的其他对映异构体、大于约95%重量的化合物的一种对映异构体和少于约5%重量的该化合物的其他对映异构体、大于约97%重量的化合物的一种对映异构体和少于约3%重量的该化合物的其他对映异构体、或大于约99%重量的化合物的一种对映异构体和少于约1%重量的该化合物的其他对映异构体。某些特定的PDE4调节剂属于在美国专利号5，698，579,5, 877，200,6, 075, 041和6，200，987和WO 95/01348中公开的一类非多肽环酰胺，将其分别并入本文作为参考。代表性的环酰胺包括下式的化合物
O
Ilo
r,C\Il 12
N-CH-(CnH2n)-C-R12
八R7
H H其中n的值为1、2或3;R5为未取代的邻-亚苯基或被I至4个各自独立地选自下述的取代基取代的
邻-亚苯基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙酰基、氨基甲酰基、乙酰氧基、羧基、羟基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、酰氨基、I至10个碳原子的烷基、I至10个碳原子的烷基和卤素；R7为(i)苯基或被一个或多个各自独立地选自下述的取代基取代的苯基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙酰基、氨基甲酰基、乙酰氧基、羧基、羟基、氨基、I至10个碳原子的烷基、I至10个碳原子的烷氧基和卤素；(ii)未取代的苄基或被I至3个选自下述的取代基取代的苄基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙酰基、氨基甲酰基、乙酰氧基、羧基、羟基、氨基、I至10个碳原子的烷基、I至10个碳原子的烧氧基和齒素，(iii)蔡基，和(iv)节氧基；R12为-0H、I至12个碳原子的烷氧基，或
权利要求
1.一种预测患者是否对银屑病的治疗有反应的方法，包括 获得来自患者的细胞； 在存在或不存在治疗化合物的条件下培养所述细胞； 测量选自⑶11C、⑶3、⑶56、ICAM-1、Foxp3、HLA-DR及其组合的细胞标记物的水平；和将在存在治疗化合物的条件下培养的细胞中所述细胞标记物的水平与在不存在治疗化合物的条件下培养的细胞中所述细胞标记物的水平进行比较； 其中，在存在治疗化合物条件下所述细胞标记物的水平降低指示对所述治疗化合物的有效患者反应的可能性。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，仅监测一种细胞标记物的水平。
3.根据权利要求1所述的方法，其中，同时监测两种或更多种细胞标记物的水平。
4.一种预测患者是否对银屑病的治疗有反应的方法，包括 获得来自患者表皮区域的细胞； 在存在或不存在治疗化合物的条件下培养所述细胞； 测量所述细胞中Langerin的水平；和 将在存在治疗化合物的条件下培养的细胞中Langerin的水平与在不存在治疗化合物的条件下培养的细胞中Langerin的水平进行比较； 其中，在存在治疗化合物条件下Langerin的水平降低指示对所述治疗化合物的有效患者反应的可能性。
5.根据权利要求1或4所述的方法，其中，所述治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3- 二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。
6.根据权利要求1或4所述的方法，其中，所述治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。
7.—种监测患者对银屑病治疗的有反应的方法，包括 获得来自患者的生物样品； 测量所述生物样品中选自 CDl lc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin, HLA-DR 及其组合的细胞标记物的水平； 向患者给药治疗化合物； 此后获得来自患者的第二生物样品； 测量所述第二生物样品中相同细胞标记物的水平；和 比较获自第一和第二生物样品的细胞标记物的水平； 其中，所述第二生物样品中所述细胞标记物的水平降低指示出有效反应。
8.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自真皮区域的CDllc水平，并且与所述第一生物样品中的⑶Ilc水平相比，所述降低为约30%、35%、40%或45%或更多。
9.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自表皮区域的CDllc水平，并且与所述第一生物样品中的⑶Ilc水平相比，所述降低为约60%、65%、70%或75%或更多。
10.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自真皮区域的CD3水平，并且与所述第一生物样品中的⑶3水平相比，所述降低为约15%、20%、25%或30%或更多。
11.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自表皮区域的CD3水平，并且与所述第一生物样品中的⑶3水平相比，所述降低为约25%、30%、35%或40%或更多。
12.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自真皮区域的CD56水平，并且与所述第一生物样品中的⑶56水平相比，所述降低为约15%、20%、25%或30%或更多。
13.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自表皮区域的CD56水平，并且与所述第一生物样品中的⑶56水平相比，所述降低为约60%、65%、70%或75%或更多。
14.根据权利要求7所述的方法，其中，监测获自真皮区域的Langerin水平，并且与所述第一生物样品中的Langerin水平相比，所述降低为约40%、45%、50%或55%或更多。
15.一种预测患者对银屑病的治疗是否有响应的方法，包括 获得来自患者表皮区域的细胞； 在存在或不存在治疗化合物的条件下培养所述细胞； 测量所述细胞中的Langerin水平；和 将在存在治疗化合物条件下培养的细胞中的Langerin水平与在不存在治疗化合物条件下培养的细胞中的Langerin水平进行比较； 其中，在存在治疗化合物条件下Langerin的水平降低指示对所述治疗化合物的有效患者反应的可能性。
16.根据权利要求7或15所述的方法，其中，所述治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3- 二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。
17.根据权利要求7或15所述的方法，其中，所述治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。
18.一种预测患者对银屑病的治疗是否有反应的方法，包括 获得来自患者的细胞； 在存在或不存在治疗化合物的条件下培养所述细胞； 测量选自角蛋白 16、iNOS、IL-12/IL-23p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10、IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和 将在存在治疗化合物条件下培养的细胞中的mRNA水平与在不存在治疗化合物条件下培养的细胞中的mRNA水平进行比较； 其中，在存在治疗化合物条件下mRNA的水平降低指示对所述治疗化合物的有效患者反应的可能性。
19.根据权利要求18所述的方法，其中，仅监测一种mRNA的水平。
20.根据权利要求18所述的方法，其中，同时监测两种或更多种mRNA的水平。
21.根据权利要求18所述的方法，其中，所述治疗化合物为(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺。
22.根据权利要求18所述的方法，其中，所述治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。
23.—种监测患者对银屑病治疗的反应的方法，包括 获得来自患者的生物样品； 测量所述生物样品中选自角蛋白 16、iN0S、IL-12/IL-23p40、IL-23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平； 向所述患者给药治疗化合物； 此后获得来自所述患者的第二生物样品； 测量所述第二生物样品中选自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和比较来自第一和第二生物样品的mRNA的水平； 其中，所述第二生物样品中mRNA的水平降低指示有效反应。
24.一种监测患者对银屑病的药物治疗方案的顺应性的方法，包括 获得来自所述患者的生物样品； 测量所述生物样品中选自角蛋白 16、iN0S、IL-12/IL-23p40、IL-23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其组合的 mRNA 的水平；和确定与对照未处理样品中的表达水平相比，患者样品中的表达水平是否降低； 其中，表达降低指示患者对所述药物治疗方案有顺应性。
25.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IL-12/IL-13p40mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-12/IL-13p40mRNA水平相比，所述降低为约80%、85%、90%或95%或更多。
26.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测iNOSmRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的iNOS mRNA水平相比，所述降低为约50%、55%、60%或65%或更多。
27.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IL-22mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-22mRNA水平相比，所述降低为约65%、70%、75%或80%或更多。
28.根据权利要求23或24的方法，其中，监测IL-SmRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-8mRNA水平相比，所述降低为约65%、70%、75%或80%或更多。
29.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测DEFB4mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的DEFB4mRNA水平相比，所述降低为约45%、50%、55%或60%或更多。
30.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测MX-1mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的MX-1mRNA水平相比，所述降低为约40%、45%、50%或55%或更多。
31.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测角蛋白16mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的角蛋白16mRNA水平相比，所述降低为约50%、55%、60%或65%或更多。
32.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IL-17AmRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-17A mRNA水平相比，所述降低为约60%、65%、70%或75%或更多。
33.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IL-23pl9mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-23pl9mRNA水平相比，所述降低为约40%、45%、50%或55%或更多。
34.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IL-1OmRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IL-1OmRNA水平相比，所述降低为约40%、45%、50%或55%或更多。
35.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测IFN-y mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的IFN-YmRNA水平相比，所述降低为约30%、35%、40%或45%或更多。
36.根据权利要求23或24所述的方法，其中，监测CXCL9mRNA的水平，并且与所述第一生物样品中的CXCL9mRNA水平相比，所述降低为约20%、25%、30%或35%或更多。
37.根据权利要求23或24所述的方法，其中，所述治疗化合物为(S)-N-{2-[l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-1，3-二氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-乙酰胺。
38.根据权利要求23或24所述的方法，其中，所述治疗化合物为环丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氢-1H-异吲哚-4-基}-酰胺。
全文摘要
本发明提供了用于预测或监测对银屑病治疗效力的生物标志物。还提供了某些细胞标记物和mRNA水平作为预测银屑病治疗是否可能成功的生物标志物的用途。进一步地，这些基因或细胞标记物的表达可用于监测接受治疗的银屑病患者中治疗有效性的进展和患者顺应性。
文档编号G01N33/50GK103026229SQ201180029695
公开日2013年4月3日 申请日期2011年6月15日 优先权日2010年6月15日
发明者彼得·H·谢弗, 勇·林, 唐纳·萨瑟兰 申请人:细胞基因公司