专利名称：使用外来体来确定表现型的方法和系统的制作方法
使用外来体来确定表现型的方法和系统交叉引用本申请要求要求2008年11月12日提交的No. 61/114，045、2008年11月12日提交的No. 61/114，058、2008年11月13日提交的No. 61/114，065、2009年2月9日提交的 No. 61/151，183,2009 年 10 月 2 日提交的 No. 61/278，049,2009 年 10 月 9 日提交的 No. 61/250，454、以及2009年10月19日提交的No. 61/253，027的美国临时申请的优先权， 这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。此外，本申请为2009年10月30日提交的美国申请No. 12/609, 847的相关申请，其中所述的申请要求2008年10月30日提交的美国临时申请 No. 61/109，742,2008 年 11 月 7 日提交的 No. 61/112，571,2008 年 11 月 12 日提交的 No. 61/114，045、2008 年 11 月 12 日提交的 No. 61/114，058、2008 年 11 月 13 日提交的No. 61/114，065,2009年2月9日提交的No. 61/151，183,2009年10月2日提交的 No. 61/278，049、2009年10月9日提交的No. 61/250，454以及2009年10月19日提交的 No. 61/253, 027的优先权，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
背景技术：
对疾病检测、预兆性预测、监测以及诊断决策的决定性需求为改善的检测敏感性和特异性。目前，用于状况和疾病(例如癌症)的生物标志物(蛋白质、肽、脂质、RNA、DNA 以及用于疾病相关性分子改变的它们的修饰物)几乎唯独依赖于由组织获得样品以鉴定状况或疾病。用于获得分析用的所关注的组织的方法通常是入侵性的，昂贵的，并且使患者产生并发症的风险。此外，使用体液来分离或检测生物标志物通常会显著地稀释生物标志物，使得读数缺少必需的敏感性。此外，除了疾病组织，正常的组织中产生了低量或适量的大部分的生物标志物，因此，这种特异性的缺乏也是成问题的。特异性生物标志物(例如DNA、RNA和蛋白质)的鉴定可以提供用于诊断、预后或治疗(theranosis)状况或疾病的生物学特征。外来体为用于评估存在于外来体表面上的一种或多种生物标志物的良好来源。此外，鉴定外来体的具体特征(例如尺寸、表面抗原、 细胞源)本身可以提供诊断、预后或治疗的读数。由癌细胞、其他疾病细胞或在某些生理学过程时(例如妊娠)分泌的外来体促使为诊断以及个体治疗决定提供帮助。已经在多种体液中发现了外来体，例如血浆、乳汁、支气管肺泡灌洗液和尿。外来体还作为蛋白质、RNA、DNA、病毒和朊病毒的运送载体而参与细胞之间的交流。本发明为现有技术的测定方法提供了改善。本发明为测定敏感性和特异性得到改善的产物和方法，从而可以用于疾病的检测、预兆性预测、疾病的监测、疾病的分段、治疗决策以及生理学状态的鉴定。产物和方法包括对外来体的细胞源特异性进行选择、它们的蛋白质组成、RNA组成、DNA组成、脂质的概况、相关的代谢物和/或这些分析物的后生修饰进行分析。此外，本发明还提供了确定外来体的生物标志物和生物学特征的方法，而未经过现有技术的浓缩或纯化样品中的外来体。发明概述
本发明公开了用于通过分析外来体来表征表现型的方法和组合物。表征受试者或个体的表现型可以包括但不限于诊断疾病或状况，预后疾病或状况，确定疾病阶段或状况阶段、药剂的效力、生理学状况、器官衰竭或器官排斥、疾病或状况的进展、疾病或状况的治疗相关性结合、或者特定的生理学或生物学状态。所述的方法可以包括确定得自受试者的生物学样品中的外来体的生物学特征，以及基于所述的生物学特征表征所述的受试者的表现型。表征还可以基于确定生物学样品中的外来体的量。表现型的表征可以以至少70%、80%或90%敏感性、特异性或这二者的方式进行。所述的外来体可以在确定外来体生物学特征之前分离或浓缩。生物学特征可以包括表达的水平、存在情况、缺乏情况、突变情况、拷贝数的变化、截短的情况、复制、插入、修饰、序列的变化或者生物标志物的分子结合情况。生物学特征还可以包含分离的外来体的定量、外来体半衰期变化的临时评价、循环外来体的半衰期、外来体新陈代谢的半衰期或者外来体的活性。所述的外来体可以为细胞源特异性的外来体。所述的外来体可以衍生自肿瘤或癌细胞。外来体的细胞源可以为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、 前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。可以评估外来体的一种或多种生物标志物以用于表征表现型。所述的生物标志物可以为核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物或蛋白聚糖，例如DNA或RNA。所述的RNA可以为 mRNA，miRNA，snoRNA, snRNA,rRNAs, tRNAs, siRNA, hnRNA 或 shRNA。所述的生物标志物可以为选自

图1的抗原，或者选自图3-60中所列的表中的生物标志物。可以对一种或多种生物标志物进行评估，并且可以用于表征表现型。所述的生物学特征可以包括选自miR-9， miR-629, miR-141，miR-671_3p，miR-491, miR-182,miR-125a_3p，miR-324_5p，miR_148b 和 miR-222中的一种或多种miRNA。所述的生物学特征可以用于表征表现型，例如前列腺癌。 其他生物标志物可以选自⑶9，PSCA (前列腺干细胞抗原)，TNFR,⑶63，MFG-E8，EpCam, Rab，CD81，STEAP，PCSA (前列腺细胞表面抗原)，PSM (或PSMA，前列腺特异性膜抗原)，5T4， ⑶59，⑶66，⑶24和Β7Η3。与检测较少的生物标志物相比，检测较多的生物标志物可以提供更高的敏感性或特异性。此外，还提供了倍增或倍增分析多种外来体的方法。倍增多种外来体可以包括使所述的多种外来体形成多种颗粒，其中多种颗粒的子集的每一个颗粒都与不同的捕获剂偶联，从而捕获所得的多种外来体的子集；以及检测所捕获的外来体的一种或多种生物标志物。此外，还可以使用阵列来进行倍增，其中所述的捕获剂与阵列(并非颗粒或珠)相连。此外，本发明还提供了分离的外来体。该分离的外来体可以包括任意一种或多种本文所公开的生物标志物，例如生物标志物的特异性结合物。此外，还提供了包含一种或多种分离的外来体的组合物。该组合物可以包含相当富集的外来体的群体。外来体的群体对于一种或多种特异性的生物标志物、对于具体的生物学特征而言是基本均质的，或者衍生自特定的细胞类型。此外，还提供了用于评估一种或多种外来体(例如用于分离、隔离或检测一种或多种外来体)的检测系统、微流体装置和试剂盒。以引用方式并入
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本说明书中提及的所有公开和专利申请均以引用方式并入本文，如同每一份单独的公开或专利申请均特意地且单独地表明以引用方式并入的那样。附图简述图l(a)_(g)示出了一个表格，其列出了世系的示例性癌症、分组比较的细胞/组织、特定的疾病状态，以及对这些癌症、分组比较的细胞/组织和特定的疾病状态具有特异性的抗原。此外，所述的抗原可以为生物标志物。所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图2(a)_(f)示出了一个表格，其列出了世系的示例性癌症、细胞/组织的分组比较、特定的疾病状态，以及对这些癌症、分组细胞/组织比较和特定的疾病状态具有特异性的结合剂。图3(a)_(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对乳腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了乳腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图4(a)_(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对卵巢癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了卵巢癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图5示出了列出了示例性肺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图6(a)_(d)示出了列出了示例性结肠癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对结肠癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了结肠癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图7示出了列出了对腺瘤及增生性息肉具有特异性的示例性生物标志物的表格， 其中所述的标志物可以由对腺瘤及增生性息肉具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图8示出了列出了对炎性肠病(IBD)及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对炎性肠病及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图9(a)_(c)示出了列出了对腺瘤及结肠直肠癌具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对腺瘤及结肠直肠癌具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图10示出了列出了对IBD及CRC具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对IBD及CRC具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图11 (a)-(b)示出了列出了对CRC Dukes B及Dukes C-D具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对CRC DukesB及Dukes C-D具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图12(a)_(d)示出了列出了对低级发育异常的腺瘤及高级发育异常的腺瘤具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对低级发育异常的腺瘤及高级发育异常的腺瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图13(a)_(b)示出了列出了对溃疡性结肠炎(UC)及Crohn疾病(CD)具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对UC及CD具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图14示出了列出了对增生性息肉及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对增生性息肉及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图15示出了列出了对低级发育异常的腺瘤及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对低级发育异常的腺瘤及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图16示出了列出了对腺瘤及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格， 其中所述的标志物可以由对腺瘤及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外， 所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图17示出了列出了对CRC及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对CRC及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的， 例如后生修饰的或翻译后修饰的。图18示出了列出了对良性前列腺增生具有特异性的示例性生物标志物的表格， 其中所述的标志物可以由对良性前列腺增生具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外， 所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图19(a)_(c)示出了列出了示例性前列腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对前列腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了前列腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图20(a)_(c)示出了列出了示例性黑素瘤生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对黑素瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了黑素瘤特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图21(a)_(b)示出了列出了示例性胰腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对胰腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了胰腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图22示出了列出了对脑癌具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对脑癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了脑癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图23(a)_(b)示出了列出了示例性银屑病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对银屑病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了银屑病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图24(a)_(c)示出了列出了示例性心血管疾病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对心血管疾病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了心血管疾病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图25示出了列出了对恶性血液病具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对恶性血液病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了恶性血液病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图26(a)_(b)示出了列出了对B细胞慢性淋巴细胞白血病具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞慢性淋巴细胞白血病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 B细胞慢性淋巴细胞白血病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图27示出了列出了对B细胞慢性淋巴细胞及B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞慢性淋巴细胞及B细胞淋巴瘤 DLBCL具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图28示出了列出了对B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样、B细胞淋巴瘤DLBCL活化 B细胞样和B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样、B细胞淋巴瘤DLBCL活化B细胞样和B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图29示出了列出了示例性Burkitt淋巴瘤生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对Burkitt淋巴瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 Burkitt淋巴瘤特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的， 表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图30(a)_(b)示出了列出了示例性肝细胞癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肝细胞癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肝细胞癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图31示出了列出了示例性宫颈癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对宫颈癌具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图32示出了列出了示例性子宫内膜癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对子宫内膜癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了子宫内膜癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图33(a)_(b)示出了列出了示例性头和颈部的癌症的生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对头和颈部的癌症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了头和颈部的癌症的特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图34示出了列出了示例性炎性肠病(IBD)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对IBD具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 IBD特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的， 突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图35示出了列出了示例性糖尿病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对糖尿病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了糖尿病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图36示出了列出了示例性Barrett食管生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对Barrett食管具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 Barrett食管特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图37示出了列出了示例性纤维肌痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对纤维肌痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图38示出了列出了示例性中风生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对中风具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了中风特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图39示出了列出了示例性多发性硬化症(MS)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对MS具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 MS特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图40(a)_(b)示出了列出了示例性帕金森氏病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对帕金森氏病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了帕金森氏病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图41示出了列出了示例性风湿病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对风湿病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了风湿病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图42(a)_(b)示出了列出了示例性阿尔茨海默氏病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对阿尔茨海默氏病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了阿尔茨海默氏病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图43示出了列出了示例性朊病毒疾病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对朊病毒疾病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了朊病毒疾病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图44示出了列出了示例性脓毒症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对脓毒症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了脓毒症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图45示出了列出了示例性慢性神经病理性疼痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对慢性神经病理性疼痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图46示出了列出了示例性周围神经病理性疼痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对周围神经病理性疼痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图47示出了列出了示例性精神分裂症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对精神分裂症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了精神分裂症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图48示出了列出了示例性双相情感紊乱或疾病生物标志物的表格，其中所述的
22标志物可以由对双相情感紊乱具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了双相情感紊乱特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图49示出了列出了示例性抑郁症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对抑郁症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了抑郁症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图50示出了列出了示例性胃肠道间质瘤(GIST)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对GIST具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 GIST特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图51(a)_(b)示出了列出了示例性肾细胞癌(RCC)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对RCC具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了 RCC特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图52示出了列出了示例性肝硬化生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肝硬化具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肝硬化特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图53示出了列出了示例性食管癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对食管癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了食管癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图54示出了列出了示例性胃癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对胃癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了胃癌特异性的外来体生物学特征。 此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图55示出了列出了示例性孤独症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对孤独症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了孤独症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图56示出了列出了示例性器官排斥生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对器官排斥具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了器官排斥特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图57示出了列出了示例性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌具有特异性的外来体衍生且分析得到， 从而产生了耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图58示出了列出了示例性易损斑块生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对易损斑块具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了易损斑块特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图59(a)_(i)示出了列出了示例性基因融合的表格，其中所述的基因融合可以由外来体衍生且分析得到。所述的基因融合可以为生物标志物，并且可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。图60(a)_(b)为基因及其相关性miRNA的表，其中所述的基因(例如该基因的 mRNA、其相关性miRNA或者它们的组合)可以用作可由外来体分析得到的一种或多种生物标志物。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的， 突变的或修饰的。图61为本文所公开的方法的流程图。图62详细说明了可以在本发明的某些示例性实施方案中使用的计算机系统。图63详细说明了通过对外来体上的蛋白质进行筛选而得到的结果，其中所述的蛋白质可以用作针对外来体的生物标志物，并且对于所述蛋白质的抗体可以用作结合剂。 所鉴定的蛋白质的实例包括Bcl-XL，ERCCl，角蛋白15，⑶81/TAPA-1，⑶9，上皮特异性抗原 (ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶。所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的。图64详细说明了基于颗粒的分离外来体的方法。(A)为涂敷有捕获抗体的珠的简图，所述的抗体捕获了表达所述蛋白质的外来体。在这幅简图中，所述的捕获抗体是针对外来体的蛋白质的，其对衍生自癌细胞的外来体不具有特异性(“癌症外来体”)。检测抗体与捕获的外来体结合，并发出荧光信号。在本实例中的检测抗体检测了与癌症外来体结合的抗原。(B)为筛选方案的实例，其可以使用如(A)中所示的珠而以倍增方式实施。图65描绘了与EpCam缀合的珠的扫描电子显微照片，其中所述的珠已经与VcaP 外来体温育。(A)将载玻片涂敷聚-L-赖氨酸并与所述珠的溶液温育。在连接后，将所述珠(i)依次固定有戊二醛和四氧化锇，每个固定步骤为30分钟，并在两个固定步骤之间少量洗涤；(ii)在丙酮中逐渐脱水，其中所述的丙酮由20%开始逐渐增长，每个步骤大约5-7 分钟；(iii)在临界点干燥；以及(iv)用金喷溅涂敷。⑶左侧描述了在如㈧中所示的 EpCam涂敷的珠上，较高放大倍数的外来体。右侧描述了通过超速离心而分离的外来体， 其附着在涂覆有聚-L-赖氨酸的载玻片上，并按照(A)中所述固定并染色。图66为外来体蛋白质表达模式的方案。通常，不同的蛋白质并非平均或均以地分布于外来体的壳上。外来体特异性的蛋白质通常是更比较普通的，而癌症特异性的蛋白质是较少见的。使用更普通的较少见的癌症特异性蛋白质可以更容易地完成外来体的捕获， 并且癌症特异性的蛋白质可以用于检测阶段中。图67详细说明了描述使用基于珠的、由受试者中检测外来体的方法而导致的结果的方法。(A)对于单个的患者而言，使用了在图64B中所描述的筛选方案的图表所示的珠数量和信号强度(其中为 100个捕获珠)用于每个患者的各个捕获/检测结合测定方法中。对于给定的患者而言，结果显示了所检测的珠的数量与信号的强度。在给定强度下捕
24获的珠的数量为外来体以怎样的频率在所述的强度下表达检测蛋白质的指示。对于给定的珠而言，信号的强度越强，则检测蛋白质的表达越多。(B)为通过将正常的患者结合到一条曲线中而将癌症患者结合到另一条曲线中、并对不同的曲线使用生物统计分析而得到的归一化的图。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过检测机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量。图68详细说明了前列腺癌的生物学特征。(A)为由使用了 Luminex平台的倍增试验而收集的强度值的柱状图，其中珠被CD63抗体官能化，与由患者血浆纯化得到的外来体温育，然后用藻红蛋白(PE)缀合的EpCam抗体标记。较深的阴影的柱(蓝)表示12个正常受试者的群体，而较浅的阴影的柱(绿)得自7位3阶段前列腺癌患者。(B)如图67所述的如(A)中所示的各柱状图的归一化的图。对于前列腺癌患者样品和正常样品而言，所述的分布为对得自(A)的Luminex结果的强度值的Gaussian拟合。(C)为如(B)中所示的前列腺癌生物学特征之一的实例，即，⑶63与⑶63生物学特征(上方的图)，其中⑶63 用作检测剂及捕获抗体。下方的3个图板示出了在3种前列腺癌细胞系(VCaP，Lncap和 22RV1)上的流式细胞计数仪的结果。水平线上方的点表示捕获了具有CD63的外来体的珠 (包含B7H3)。垂直线右侧的珠表示捕获了具有⑶63的外来体的珠(包含PSMA)。在线上方和线右侧的这些珠具有所有的3种抗原。CD63为与外来体相关的表面蛋白质，PSMA为与前列腺细胞相关的表面蛋白质，而B7H3为与攻击性癌症(具体而言为前列腺癌、卵巢癌和非小细胞肺癌)相关的表面蛋白质。所有这3种抗原结合在一起鉴定出得自癌症前列腺细胞的外来体。表达前列腺癌外来体的大部分CD63还具有前列腺特异性膜抗原、PSMA和 B7H3(涉及调节肿瘤细胞迁移和入侵，并且为攻击性癌症及临床结果的指示)。(D)为前列腺癌外来体的地貌。上方的图板示出了在多种结合中使用CD63、CD9和CD81捕获并标记的结果。几乎所有的点都位于上方右侧的四分之一，表明这些3种标志物是高度偶联的。如果外来体具有它们中的一者，则通常具有所有的3种。下方的一排描述了捕获具有B7H3的细胞系外来体并标记有⑶63和PSMA的结果。VCaP和22RV1显示出捕获有B7H3的外来体还具有⑶63，并且存在两种群体，即，具有PSMA的那些和不具有PSMA的那些。当LNcap不具有大量的包含B7H3的外来体(并非很多的具有CD63的圆点)时，B7H3的存在可以为癌症是如何攻击的指示。LnCap为早期前列腺癌类似物细胞系。图69详细说明了结肠癌的生物学特征。(A)示出了由使用了 Luminex平台的倍增试验而收集的强度值的柱状图，其中珠被捕获抗体官能化，与外来体温育，然后用检测剂抗体标记。较深的阴影的柱(蓝)表示得自正常的群体，而较浅的阴影的柱(绿)得自结肠癌患者。⑶示出了如㈧中所示的各柱状图的归一化的图。(C)示出了由使用了 Luminex 试验而收集的强度值的柱状图，其中在被CD66抗体(捕获抗体)官能化的珠与由患者血浆纯化的外来体温育，然后用与PE缀合的EpCam抗体(检测剂抗体)标记。红色的群体得自 6为正常的受试者，而绿色得自21为结肠癌患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量。图70详细说明了多种检测剂可以增大外来体检测的信号。(A)当外来体标记有与前列腺特异性PE缀合的抗体时，中等强度值被绘制为得自VCaP细胞系的纯化外来体浓度的函数。捕获有EpCam(左侧的图)或PCSA(右侧的图)的外来体、与被检测剂抗体所检测的多种蛋白质被列于各图的右侧。在所述的两种情况下，CD9与CD63的结合得到了超出背景的最大增强的信号(底部的图描绘了增强的百分率)。CD9与CD63的结合得到超出背景大约200%的增强百分率。(B)进一步详细说明了前列腺癌/前列腺外来体特异性标志物的倍增改善了前列腺癌细胞衍生的外来体的检测。当外来体标记有与前列腺特异性PE 缀合的抗体时，中等强度值被绘制为得自VCaP细胞系的纯化外来体浓度的函数。对捕获有 PCSA(左侧的图)及捕获有EpCam(右侧的图)的外来体进行描绘。在所述的两种情况下， B7H3与PSMA的结合得到了超出背景的最大增强的信号。图71详细说明了使用CD63检测剂和CD63捕获而得到的针对各阶段结肠癌的结肠癌生物学特征。强度柱状图得自捕获了涂敷有CD63的珠并标记有与CD63缀合的PE的外来体。其中，在对照组(A)中有6位患者，在阶段I (B)中有4位患者，在阶段II (C)中有 5位患者，在阶段III(D)中有8位患者，在阶段IV(E)中有4位患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量(F)。图72详细说明了使用EpCam检测剂和CD9捕获而得到的针对各阶段结肠癌的结肠癌生物学特征。强度柱状图得自捕获了涂敷有CD9的珠并标记有EpCam的外来体。其中， 在对照组㈧、阶段I⑶、阶段II (C)、阶段III⑶和阶段IV(E)中都有患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量(F)。图73详细说明了使用针对所列蛋白质的抗体(列出作为检测剂和捕获抗体)用于检测前列腺癌的敏感性、特异性以及可靠性水平。CD63、CD9和CD81为普通的外来体标志物，并且EpCam为癌症标志物。单个结果描绘于(B)中，对于EpCam与⑶63而言，可靠性为 99%U00% (η = 8)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 10) 正常患者的样品不同于广义正态分布；(C)对于⑶81与⑶63而言，可靠性为99%、90% (η =5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 10)正常患者的样品不同于广义正态分布；(D)对于⑶63与⑶63而言，可靠性为99%、60% (η = 5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、80% (η = 10)正常患者的样品不同于广义正态分布；(E)对于⑶9与⑶63而言，可靠性为99%、90% (η = 5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 10)正常患者的样品不同于广义正态分布。图74详细说明了使用针对所列蛋白质的抗体(列出作为检测剂和捕获抗体)用于检测结肠癌的敏感性和可靠性水平。⑶63和⑶9为普通的外来体标志物，EpCam为癌症标志物，而⑶66为结肠癌标志物。单个结果描绘于(B)中，对于EpCam与⑶63而言，可靠性为99%、95% (η = 20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、100% (η =6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(C)对于EpCam与⑶9而言，可靠性为99%、 90% (η = 20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(D)对于CD63与CD63而言，可靠性为99%、60% (η = 20) 癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、80% (η = 6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(E)对于⑶9与⑶63而言，可靠性为99%、90% (η = 20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 6)正常患者的样品不同于广义正态分布； (F)对于⑶66与⑶9而言，可靠性为99%、90% (η = 20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99%、77% (η = 6)正常患者的样品不同于广义正态分布。图75通过评估TMPRSS2-ERG的表达而详细说明了使用EpCam对得自血浆的前列腺癌细胞衍生外来体的捕获。(A)将分级的量的VCAP纯化外来体掺入正常血浆中。使用具有EPCAM抗体或其同种型对照的Dynal珠分离外来体。分离得自外来体的RNA，并使用 Qrt-PCR测量TMPRSS2:ERG融合转录物的表达。(B)将VcaP纯化的外来体掺入到正常血浆中，然后与涂敷有EpCam或同种型对照抗体的Dynal磁珠温育。由Dynal珠上直接分离 RNA。使用得自各样品的等体积的RNA来进行RT-PCR以及随后的Taqman测定。(C)在捕获有EpCam和IgG2同种型阴性对照珠的22RV1外来体之间，SPINKl和GAPDH的循环阈值 (CT)差异。CT值越高表明转录物的表达越低。图76详细说明了在VCaP前列腺癌细胞衍生的外来体与正常血浆外来体之间的、 前10名差异表达的微小RNA。通过超速离心、再通过RNA分离得到VCAP细胞系外来体和得自正常血浆的外来体。使用Qrt-PCR分析得到微小RNA概况。前列腺癌细胞系衍生的外来体具有较高水平(较低的CT值)的所示微小RNA，如在柱状图㈧和表⑶中所描述的那样。图77描述了使用⑶9珠捕获的miR-21表达的柱状图。将得自前列腺癌患者的 Iml血浆、250ng/ml的LNCaP或者正常纯化的外来体与⑶9涂敷的Dynal珠温育。由所述的珠和珠上清液中分离RNA。此外，一种样品(#6)未被捕获以用于比较。使用Qrt-PCR测量miR-21的表达，并比较个样品的平均CT值。⑶9的捕获改善了前列腺癌样品中miR-21 的检测。图78描述了使用⑶9珠捕获的miR-21表达的柱状图。本试验按照图77所述的方法实施，其中使用qRT-PCR测量miR-141的表达，而并非miR-21。图79描绘了不同前列腺特征的敏感性和特异性的表。“外来体”列出了外来体水平的阈值或参照值，“前列腺”列出了对于前列腺外来体使用的阈值或参照值，“癌症-1”、 “癌症-2”和“癌症-3”列出了前列腺癌的3种不同生物学特征的阈值或参照值，“QC-1”和 “QC-2”列列出了对于定性对照的阈值或参照值、或者可靠性，并且最后的4列列出了良性前列腺增生(BPH)的特异性和敏感性。发明详述本发明公开了通过分析外来体来表征个体的表现型的产品和方法。表现型可以为受试者的任何可观察的特点或特性，例如疾病或状况、疾病阶段或状况阶段、疾病或状况的易感性、疾病阶段或状况的预后、生理学状态或对治疗的应答。表现型可以由受试者基因的表达、环境因素的影响以及这二者之间的相互作用引起，以及由对核酸序列的后生修饰引起。受试者的表现型可以通过获得所述受试者的生物学样品并分析所述样品中的一种或多种外来体来表征。例如，表征受试者或个体的表现型可以包括检测疾病或状况(包括症候前(前症状)早期阶段的检测)，确定疾病或状况的预后、诊断或治疗，或者确定疾病或状况的阶段或进程。表征表现型还可以包括鉴定针对特定疾病，状况，疾病阶段或状况阶段，疾病进程的预测和可能性分析、特殊疾病的复发，转移扩散或疾病恶化的适当的治疗或治疗效力。表现型还可以为状况或疾病的临床上截然不同的类型或亚类，例如癌症或肿瘤。 表现型的确定还可以为生理学状况的确定、器官衰竭或器官排斥的评估(例如移植后)。本文所述的产品和方法可以在个体的基础上评估受试者，其可以提供更有效力且经济决策的治疗益处。所述的表现型可以为如表1中所列的疾病或状况。例如，所述的表现型为肿瘤、赘生物或癌症。通过本文所述的产品或方法检测或评估的癌症包括但不限于乳腺癌，卵巢癌， 肺癌，结肠癌，增生性息肉，腺瘤，结肠直肠癌，高级发育异常，低级发育异常，前列腺增生， 前列腺癌，黑素瘤，胰腺癌，脑癌(例如成胶质细胞瘤)，恶性血液病y，肝细胞癌，宫颈癌，子宫内膜癌，头和颈部的癌症，食管癌，胃肠道间质瘤(GIST)，肾细胞癌(RCC)或胃癌。所述的结肠直肠癌可以为CRC Dukes B或Dukes C-D。所述的恶性血液病可以为B细胞慢性淋巴细胞白血病，B细胞淋巴瘤DLBCL，B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样，B细胞淋巴瘤DLBCL活化B细胞样以及Burkitt淋巴瘤。所述的表现型还可以为癌前状况，例如Barrett食管。所述的表现型还可以为炎性疾病，免疫疾病或自身免疫疾病。例如，所述的疾病可以为炎性肠病(IBD)，Crohn疾病(CD)，溃疡性结肠炎(UC)，盆腔炎，脉管炎，银屑病，糖尿病，自身免疫性肝炎，多发性硬化症，重症肌无力，I型糖尿病，风湿性关节炎，银屑病，系统性红斑狼疮(SLE)，Hashimoto甲状腺炎，Grave疾病，强直性脊柱炎，Sjogrens疾病，CREST 综合症，硬皮病，风湿病，器官排斥，原发性硬化性胆管炎或脓毒症。所述的表现型还可以为心血管疾病，例如动脉粥样硬化，充血性心力衰竭，易损斑块，中风或局部缺血。所述的心血管疾病或状况可以为高血压，狭窄症，血管阻塞或血栓形成事件。所述的表现型还可以为神经学疾病，例如多发性硬化症(MS)，帕金森氏病(PD)， 阿尔茨海默氏病(AD)，精神分裂症，双相情感紊乱，抑郁症，孤独症，朊病毒疾病，Pick疾病，痴呆，Huntington疾病(HD)，Down综合症，脑血管疾病，Rasmussen脑炎，病毒性脑膜炎，神经精神病系统性红斑狼疮(NPSLE)，肌萎缩性脊髓侧索硬化症，Creutzfeldt-Jacob 疾病，Gerstmann-Straussler-Scheinker疾病，传播性海绵脑病，缺血再灌注损伤(例如中风)，脑外伤，微生物感染或慢性疲劳综合症。所述的表现型还可以为诸如纤维肌痛、慢性神经病理性疼痛或周围神经病理性疼痛之类的状况。所述的表现型还可以为感染性疾病，例如细菌、病毒或酵母菌感染。例如，所述的疾病或状况可以为Whipple疾病，朊病毒疾病，肝硬化，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，HIV, 肝炎，梅毒，脑膜炎，疟疾，肺结核或流行性感冒。可以评估外来体中的病毒蛋白质(例如 HIV或HCV样颗粒)，从而表征病毒的状况。所述的表现型还可以为围产期或妊娠相关的状况(例如先兆性子痫或早产)、新陈代谢的疾病或状况(例如与铁的新陈代谢有关的新陈代谢疾病或状况)。例如，可以在外来体中测定铁调素，从而表征铁缺乏的情况。所述的新陈代谢疾病或状况还可以为糖尿病、 炎症或围产期状况。受试者还可通过分析得自受试者的生物学样品中的外来体来确定受试者的一种或多种表现型。受试者或患者可以包括但不限于哺乳动物，例如牛，鸟，犬，马，猫，绵羊，猪或灵长动物(包括人类及非人类灵长动物)。受试者还可以包括由于濒危而变得重要的哺乳动物，例如西伯利亚虎；或者经济重要性的动物(例如由人类在农场上饲养长大的动物)，或对人类而言具有社会重要性的动物(例如作为宠物或在动物园中饲养的动物)。此类动物
28的实例包括但不限于食肉动物，例如猫和狗；生猪，包括猪、公猪和野猪；反刍动物或有蹄类动物，例如牛、公牛、绵羊、长颈鹿、鹿、山羊、野牛、骆驼或马。此外，还包括濒危的或在动物园中饲养的鸟；以及禽类，更特别的是家养的禽类，即，家禽，例如火鸡和小鸡、鸭、鹅、珍珠鸡。此外，还包括家养的猪和马(包括赛马)。此外，与商业活动有关的任何动物种类也都被包括在内，例如与农业、水产业和其他活动有关的那些动物，其中为了经济生产率和/ 或食物链的安全，在农业中对疾病进行监测、诊断和选择治疗是常规的实践。所述的受试者可以患有早已存在的疾病或状况，例如癌症。备选地，所述的受试者可以并未患有任何已知的早已存在的状况。所述的受试者还可以为对现有或过去的治疗是非应答性的，例如对癌症的治疗。样品得自受试者的生物学样品可以为任何流体。例如，所述的生物学样品可以为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液(包括前列腺液)，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓， 皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液或其他灌洗液。生物学样品还可以包括囊胚腔，脐带血或母体循环(其可以为胎儿来源或母体来源的)。所述的生物学样品还可以为可获得外来体的组织样品或活体组织。例如，如果所述的样品为固体样品，可以对得自样品的细胞进行培养，并诱导外来体产物(例如参见实施例 1)。表1提供了疾病、状况或生物学状态的实例的列举，以及对其中的外来体可以进行分析的生物学样品的相应列举。表1针对多种疾病、状况或牛物学状杰，用于外来体分析的牛物学样品的实例
权利要求
1.一种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括i)确定得自所述的受试者的生物学样品中的一种或多种外来体的生物学特征；以及ii)根据所述的生物学特征来表征所述受试者中的表现型，其中根据所述的生物学特征的所述表现型的所述表征具有至少70%敏感性。
2.—种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括i)确定得自所述的受试者的生物学样品中的一种或多种外来体的生物学特征； )确定具有所述的生物学特征的所述的一种或多种外来体的量；以及iii)根据所述的量来表征所述的受试者中的表现型，其中所述的表征具有至少70%敏感性。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述的敏感性为至少80%。
4.权利要求1或2所述的方法，其中所述的敏感性为至少90%。
5.权利要求1或2所述的方法，其中所述的特异性为至少80%。
6.权利要求1或2所述的方法，其中所述的特异性为至少100%。
7.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学样品为体液样品。
8.权利要求7所述的方法，其中所述样品的体积少于2mL。
9.权利要求7所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液 (CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
10.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约80nm。
11.权利要求9所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
12.权利要求1或2所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的外来体。
13.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非富集用于外来体。
14.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体为细胞源特异性的外来体。
15.权利要求14所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
16.权利要求14所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
17.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体为尿的外来体。
18.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括表达的水平、存在情况、缺乏情况、突变情况、拷贝数的变化、截短的情况、复制、插入、修饰、序列的变化或者生物标志物的分子结合情况。
19.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括分离的外来体的定量、外来体半衰期变化的临时评价、循环外来体的半衰期、外来体新陈代谢的半衰期或者外来体的活性。
20.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
21.权利要求20所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
22.权利要求20所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
23.权利要求21所述的方法，其中所述的DNA选自双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
24.权利要求21所述的方法，其中所述的RNA选自mRNA，miRNA, snoRNA, snRNA, rRNAs, tRNAs, siRNA, hnRNA 和 shRNA。
25.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物为选自图1中的抗原。
26.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物选自图3-60中所列的表格。
27.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
28.权利要求M所述的方法，其中所述的miRNA选自let_7a;miR_15b ;miR_16 ； miR-19b ；miR-21 ；miR-26a ；miR-27a ；miR-92 ；miR-93 ；miR-320 禾Π miR-20。
29.权利要求对所述的方法，其中所述的miRNA选自miR_9，miR-629，miR-141， miR-671-3p, miR-491, miR-182, miR-125a_3p，miR-324_5p，miR_148b 和 miR-222。
30.权利要求四所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
31.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自EGFR，BRAF,KRas, TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们变体。
32.权利要求31所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
33.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自⑶9，PSCA，TNFR,⑶63， MFG-E8, EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA, 5T4, EpCam, PSMA, CD59, CD66 和 B7H3。
34.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括至少2种生物标志物。
35.权利要求34所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自EpCam，⑶9，PSCA， CD63, CD81, PSMA 和 B7H3。
36.权利要求35所述的方法，其中选择至少3种生物标志物。
37.权利要求33、35或36所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
38.权利要求34所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自EpCam，⑶9，⑶63 和 CD66。
39.权利要求33或38所述的方法，其中所述的表现型为结肠癌。
40.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括结合剂。
41.权利要求40所述的方法，其中所述的结合剂为抗原、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体片段、适配体、拟肽、zDNA、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、外源凝集素、肽、枝状物或化学化合物。
42.权利要求40所述的方法，其中所述的结合剂选自图2。
43.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自HIV蛋白质、HCV蛋白质、朊病毒蛋白质或它们的片段。
44.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过微阵列分析，PCR，与等位基因特异性探针杂交，酶的突变检测，连接酶链反应(LCR)，寡核苷酸连接的测定(OLA)， 流式细胞计数异源双链核酸分子分析，错配的化学断裂，质谱，核酸测序，单链构象多态性 (SSCP)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，限制片段长度多态性，基因表达的系列分析(SAGE)或它们的组合来检测。
45.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过成像细胞计数仪，qRT-PCR, 实时PCR，PCR，流式细胞计数仪，质谱或它们的组合来检测。
46.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下i)使用一级抗体捕获所述的外来体； )使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体；iii)使酶连二级抗体与所述的检测抗体反应；iv)加入检测试剂；以及ν)检测所述的试剂与所述的酶连二级抗体之间的反应。
47.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下i)使用一级抗体捕获所述的外来体；以及 )使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体，其中所述的检测抗体是直接标记的。
48.权利要求46或47所述的方法，其中所述的一级抗体为针对蛋白质或抗原的抗体， 其中所述的蛋白质或抗原选自=Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8， EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA，5T4，EpCam, PSMA, CD59, CD66, B7H3 以及它们的片段。
49.权利要求46或47所述的方法，其中所述的检测抗体为针对蛋白质或抗原的抗体， 其中所述的蛋白质或抗原选自=Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA, TNFR, CD63，MFG-E8， EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA，5T4，EpCam, PSMA, CD59, CD66, B7H3 以及它们的片段。
50.权利要求46或47所述的方法，其中所述的一级抗体与基底连接。
51.权利要求50所述的方法，其中所述的基底为阵列、孔或粒子。
52.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
53.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子为在内部标记的。
54.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子是使用多于一种的标记物标记的。
55.权利要求46或47所述的方法，其中所述的表现型为黑素瘤，所述的一级抗体为抗 Rab5b，而所述的检测抗体为抗CD63或抗小窝蛋白_1。
56.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
57.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
58.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
59.权利要求58所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
60.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
61.权利要求60所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
62.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
63.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
64.权利要求1或2所述的方法，其中所述的受试者对当前的治疗是非应答性的。
65.权利要求64所述的方法，其中所述的当前的治疗为癌症的治疗。
66.一种用于表征受试者中的表现型的方法，该方法包括i)确定生物学样品中外来体的生物学特征；以及 )根据所述的生物学特征表征所述受试者中的表现型，其中所述的生物学特征包括多种生物标志物，并且所述的生物学特征与少于多种生物标志物的检测相比，在表征所述的表现型方面提供了更高的敏感性或特异性。
67.权利要求66所述的方法，其中所述的生物学样品为体液的样品。
68.权利要求67所述的方法，其中所述的体积少于2mL。
69.权利要求66所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液 (CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
70.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约80nm。
71.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
72.权利要求66所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的外来体。
73.权利要求66所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非富集用于外来体。
74.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体为细胞源特异性的外来体。
75.权利要求74所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
76.权利要求74所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
77.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体为尿的外来体。
78.权利要求66所述的方法，其中所述的多种生物标志物的至少一个子集选自核酸、 肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
79.权利要求78所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
80.权利要求78所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
81.权利要求79所述的方法，其中所述的DNA选自双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
82.权利要求79所述的方法，其中所述的RNA选自mRNA，miRNA, snoRNA, snRNA, rRNAs, tRNAs, siRNA, hnRNA 和 shRNA。
83.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物为选自图1中的抗原。
84.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物选自图3-60中所列的表格。
85.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
86.权利要求82所述的方法，其中所述的miRNA选自let_7a;miR_15b ;miR_16 ； miR-19b ；miR-21 ；miR-26a ；miR-27a ；miR-92 ；miR-93 ；miR-320 禾Π miR-20。
87.权利要求82所述的方法，其中所述的miRNA选自miR_9，miR-629，miR-141， miR-671-3p, miR-491, miR-182, miR-125a_3p，miR-324_5p，miR_148b 和 miR-222。
88.权利要求87所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
89.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物选自EGFR，BRAF,KRas, TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们变体。
90.权利要求89所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
91.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集选自⑶9，PSCA， TNFR, CD63, MFG-E8，EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA, 5T4, EpCam, PSMA, CD59, CD66 和 B7H3。
92.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集选自HIV蛋白质、HCV蛋白质、朊病毒蛋白质或它们的片段。
93.权利要求66所述的方法，其中所述的多种包括2种生物标志物。
94.权利要求66所述的方法，其中所述的多种包括至少3种生物标志物。
95.权利要求66所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集包括选自EpCam， CD9，PSCA, CD63, CD81, PSMA和B7H3中的至少2种生物标志物。
96.权利要求91或95所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
97.权利要求66所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集包括选自EpCam， ⑶9，⑶63和⑶66中的至少2种生物标志物。
98.权利要求91或97所述的方法，其中所述的表现型为结肠癌。
99.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过微阵列分析，PCR，与等位基因特异性探针杂交，酶的突变检测，连接酶链反应(LCR)，寡核苷酸连接的测定(OLA)， 流式细胞计数异源双链核酸分子分析，错配的化学断裂，质谱，核酸测序，单链构象多态性 (SSCP)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，限制片段长度多态性，基因表达的系列分析(SAGE)或它们的组合来检测。
100.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过成像细胞计数仪，qRT-PCR， 实时PCR，PCR，流式细胞计数仪，质谱或它们的组合来检测。
101.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下i)使用一级抗体捕获所述的外来体； )使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体；iii)使酶连二级抗体与所述的检测抗体反应；iv)加入检测试剂；以及ν)检测所述的试剂与所述的酶连二级抗体之间的反应。
102.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下i)使用一级抗体捕获所述的外来体；以及 )使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体， 其中所述的检测抗体是直接标记的。
103.权利要求101或102所述的方法，其中所述的一级抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自Rab 5b，⑶63，小窝蛋白-1，⑶9，PSCA, TNFR，⑶63，MFG-E8, EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA，5T4，EpCam, PSMA, CD59, B7H3 以及它们的片段。
104.权利要求101或102所述的方法，其中所述的检测抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自Rab 5b，⑶63，小窝蛋白-1，⑶9，PSCA, TNFR，⑶63， MFG-E8, EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA，5T4，EpCam, PSMA, CD59, B7H3 以及它们的片段。
105.权利要求101或102所述的方法，其中所述的一级抗体与基底连接。
106.权利要求105所述的方法，其中所述的基底为阵列、孔或粒子。
107.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
108.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子为在内部标记的。
109.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子是使用多于一种的标记物标记的。
110.权利要求101或102所述的方法，其中所述的表现型为黑素瘤，所述的一级抗体为抗Rab5b，而所述的检测抗体为抗CD63或抗小窝蛋白_1。
111.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
112.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
113.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
114.权利要求113所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
115.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
116.权利要求115所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
117.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
118.权利要求66所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
119.权利要求66所述的方法，其中所述的受试者对当前的治疗是非应答性的。
120.权利要求119所述的方法，其中所述的当前的治疗为癌症的治疗。
121.一种用于多种外来体的倍增分析的方法，该方法包括i)将所述的多种外来体施加到多个基底上，其中每个都与一种或多种捕获剂偶联，并且所述的多个基底的每一个子集都包含不同于所述的多个基底的另一个子集的捕获剂或捕获剂的组合； )捕获所述的多种外来体的至少一个子集；并且iii)检测所述的捕获外来体的一种或多种生物标志物。
122.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的每一个子集与所述的多个基底的另一个子集是差异性标记的。
123.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的至少一个子集是在内部标记的。
124.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的至少一个子集包括多于一种的标记物。
125.权利要求121所述的方法，其中所述的基底为粒子或珠。
126.—种用于多种外来体的倍增分析的方法，该方法包括i)将所述的多种外来体施加到平坦基底上，其中所述的基底包括多种捕获剂； )捕获所述的多种外来体的至少一个子集；并且iii)检测所述的捕获外来体的一种或多种生物标志物。
127.权利要求121或1 所述的方法，其中外来体的至少2种不同的群体被捕获。
128.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征表现型。
129.权利要求1 所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
130.权利要求1 所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
131.权利要求1 所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
132.权利要求131所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
133.权利要求1 所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
134.权利要求133所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
135.权利要求1 所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
136.权利要求1 所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
137.权利要求121或1 所述的方法，其中使用至少5、10、15或20种不同的捕获剂。
138.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂与靶物结合，其中所述的靶物选自Rab 5b, CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA, TNFR, CD63, MFG-E8，EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA，5T4，EpCam, PSMA, CD59, CD66, B7H3 以及它们的片段。
139.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自核酸、 肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物以及蛋白聚糖。
140.权利要求138所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
141.权利要求138所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
142.权利要求140所述的方法，其中所述的DNA选自双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
143.权利要求140所述的方法，其中所述的RNA选自mRNA，miRNA, snoRNA, snRNA， rRNAs, tRNAs, siRNA, hnRNA 和 shRNA。
144.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为选自图1 中的抗原。
145.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自图3-60 中所列的表格。
146.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
147.权利要求143所述的方法，其中所述的miRNA选自let_7a;miR_15b ；miR-16 ；miR-19b ；miR-21 ；miR-26a ；miR-27a ；miR-92 ；miR-93 ；miR-320 禾Π miR-20。
148.权利要求143所述的方法，其中所述的miRNA选自:miR_9，miR-629,miR-141, miR-671-3p, miR-491, miR-182, miR-125a_3p，miR-324_5p，miR_148b 和 miR-222。
149.权利要求148所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征前列腺癌。
150.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自EGFR， BRAF, KRAS, TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们的变体。
151.权利要求150所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
152.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自Rab 5b, CD63,小窝蛋白 _1，CD9，PSCA, TNFR, CD63, MFG-E8，EpCam, Rab, CD81, STEAP, PCSA, PSM, 5T4, EpCam, PSMA, CD59, B7H3, CD66 和它们的片段。
153.权利要求121或1 所述的方法，其中检测至少2、3、4或5种生物标志物。
154.权利要求153所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自EpCam，⑶9， PSCA，CD63, CD81, PSMA 和 B7H3。
155.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向EpCam，而所述的一种或多种生物标志物为⑶9和⑶63。
156.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向PCSA，而所述的一种或多种生物标志物为B7H3和PSMA。
157.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向CD63，而所述的一种或多种生物标志物为⑶81，⑶83或⑶9。
158.权利要求157所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为CD81。
159.权利要求157所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为CD63或CD9。
160.权利要求155、156、157或158所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征前列腺癌。
161.权利要求157或159所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征结肠癌。
162.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的多个外来体得自生物学样品。
163.权利要求162所述的方法，其中所述的生物学样品为体液。
164.权利要求163所述的方法，其中所述样品的体积少于2mL。
165.权利要求163所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液， 心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
166.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的多种外来体的至少一个子集具有大约30nm至大约800nm的直径。
167.权利要求166所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
168.权利要求121或1 所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的多种外来体。
169.权利要求162所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非具有富集的外来体。
170.权利要求121或126所述的方法，其中所述的多种外来体的至少一个子集包括细胞源特异性的外来体。
171.权利要求170所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
172.权利要求170所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、 睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
173.权利要求121或1 所述的方法，其中所述的多个外来体的至少一个子集包括尿的外来体。
174.—种表征表现型的方法，该方法包括i)确定得自受试者的生物学样品中的外来体的量； )确定在所述的样品中细胞源特异性的外来体的量；以及iii)通过将所述的外来体的量和所述的细胞源特异性的外来体的量与参照值相比来表征所述的表现型。
175.权利要求174所述的方法，其中通过检测一种或多种外来体的生物标志物来确定各步骤中所述的外来体的量。
176.权利要求174所述的方法，其中通过检测一种或多种细胞源特异性的生物标志物来确定各步骤中所述的细胞源的外来体的量。
177.权利要求174所述的方法，其中所述的表现型为癌症。
178.权利要求177所述的方法，该方法进一步包括检测包含一种或多种癌症特异性生物标志物的外来体的量。
179.一种包含一种或多种生物标志物的经分离的外来体，其中所述的外来体i)衍生自乳腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自ETV6-NTRK3 ； 以及图3和图1中所示的乳腺癌的那些生物标志物； )衍生自卵巢细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自CDM;以及图4和图1中所示的卵巢癌的那些生物标志物；iii)衍生自肺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自肝素结合细胞因子，RLF-MYCL1, TGF-ALK,⑶74-R0S1 ；以及图5和图1中所示的肺癌的那些生物标志物；iv)衍生自结肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图6和图1 中所示的结肠癌的那些生物标志物；ν)衍生自腺瘤，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图7、图9[结肠直肠癌或CRC]或图10中所示的生物标志物；vi)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图8[肠易激综合症或IBD与正常情况]或图10 [IBD与CRC]中所示的生物标志物；vii)衍生自结肠、直肠或阑尾的细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图11 [CRC Dukes B禾口 CRC Dukes C-D]中所示的生物标志物；viii)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图12[具有低级发育异常的腺瘤及具有高级发育异常的腺瘤]中所示的生物标志物；ix)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图13[溃疡性结肠炎(UC)与Crohn疾病(CD)]中所示的生物标志物；x)衍生自增生性息肉，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图14中所示的生物标志物；xi)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图15[在具有低级发育异常的腺瘤与正常情况之间]或图16[在腺瘤与正常情况之间区分]中所示的生物标志物；xii)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图17[在CRC 与正常情况之间区分]中所示的生物标志物；xiii)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图18和图1中所示的BPH的那些生物标志物；xiv)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自:ACSL3-ETV1, C150RF21-ETV1, FLJ35294-ETV1, HERV-ETV1, TMPRSS2-ERG, TMPRSS2-ETV1/4/5, TMPRSS2-ETV4/5, SLC5A3-ERG, SLC5A3-ETV1, SLC5A3-ETV5 或 KLK2-ETV4 ；以及图19、60和图1中所示的前列腺癌的那些生物标志物；xv)衍生自黑素瘤细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图20和图 1中所示的黑素瘤的那些生物标志物；xvi)衍生自胰腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图21和图1 中所示的胰腺癌的那些生物标志物；xvii)衍生自神经细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自 GOPC-ROS1 ；以及图22和图1中所示的脑癌的那些生物标志物；xviii)用于表征银屑病，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图23和图1中所示的银屑病的那些生物标志物；xix)衍生自心脏细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图对中所示的生物标志物；xx)衍生自血细胞癌，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自TTL-ETV6， CDK6-MLL，CDK6-TLX3, ETV6-FLT3, ETV6-RUNX1, ETV6-TTL, MLL-AFF1, MLL-AFF3, MLL-AFF4， MLL-GAS7,TCBA1-ETV6,TCF3-PBX1，TCF3-TFPT，BCL11B-TLX3，IL2-TNFRFS17，NUP214-ABL1， NUP98-CCDC28A, TAL1-STIL 或 ETV6-ABL2，AT IC-ALK, KIAA1618-ALK，MSN-ALK, MYH9-ALK， NPM1-ALK, TGF-ALK 或 TPM3-ALK，BCR-ABLl，BCR-JAK2, ETV6-EVI1, ETV6-MN1,ETV6-TCBA1, CBFB-MYH11, CHIC2-ETV6, ETV6-ABL1, ETV6-ABL2, ETV6-ARNT, ETV6-CDX2, ETV6-HLXB9, ETV6-PER1,MEF2D-DAZAP1, AML-AFFl, MLL-ARHGAP26，MLL-ARHGEF12，MLL-CASC5，MLL-CBL, MLL-CREBBP, MLL-DAB21P, MLL-ELL, MLL-EP300, MLL-EPS15, MLL-FNBP1, MLL-F0X03A, MLL-GMPS, MLL-GPHN, MLL-MLLT1, MLL-MLLT11, MLL-MLLT3， MLL-MLLT6， MLL-MY01F， MLL-PICALM, MLL-SEPT2, MLL-SEPT6, MLL-S0RBS2, MYST3-S0RBS2， MYST-CREBBP, NPMl-MLF1, NUP98-H0XA13, PRDM16-EVI1, RABEPl-PDGFRB， RUNX1-EVI1, RUNX1-MDS1, RUNX1-RPL22,RUNX1-RUNX1T1, RUNX1-SH3D19, RUNX1-USP42，RUNX1-YTHDF2，RUNX1-ZNF687， TAF15-ZNF-384, CCND1-FSTL3, FLIP1-PDGFRA, FLT3-ETV6, KIAA1509-PDGFRA,PDE4DIP-PDGFRB, NIN-PDGFRB, TP53BP1-PDGFRB 或 TPM3-PDGFRB ；以及图 25 禾Π 图 1 中所示的血细胞癌的那些生物标志物；xxi)衍生自血细胞癌，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自BCL3-MYC， MYC-BTGl，BCL7A-MYC, BRWD3-ARHGAP20 或 BTG1-MYC ；以及图 26 中所述的生物标志物；xxii)衍生自B细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图27中所示的生物标志物；xxiii)衍生自B细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自 CITTA-BCL6, CLTC-ALK, IL21R-BCL6, PIM 1-BCL6，TFCR-BCL6,IKZF1-BCL6，SEC31A-ALK ；以及图28中所示的生物标志物；xxiv)衍生自Burkitt淋巴瘤细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自IGH-MYC，LCP1-BCL6 ；以及图29中所示的生物标志物；xxv)衍生自肝细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图30和图1 中所示的肝细胞癌的那些生物标志物；xxvi)衍生自宫颈细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图31和图 1中所示的宫颈癌的那些生物标志物；xxvii)衍生自子宫内膜细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图 32和图1中所示的子宫内膜癌的那些生物标志物；xxviii)衍生自头和颈部细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自 CHCHD7-PLAG1，CTNNBI-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB, LIFR-PLAG1，TCEAl-PLAGl ；以及图 33和图1中所示的头和颈部的癌症的那些生物标志物；xxix)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图；34和图1 中所示的IBD的那些生物标志物；xxx)衍生自胰腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图35和图1 中所示的糖尿病的那些生物标志物；xxxi)衍生自食管细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图36和图 1中所示的Barrett食管的那些生物标志物；XXXii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图37和图1中所示的纤维肌痛的那些生物标志物；xxxiii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图38和图1中所示的中风的那些生物标志物；xxxiv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图39和图1中所示的多发性硬化症的那些生物标志物；xxxv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图40和图1中所示的帕金森氏病的那些生物标志物；xxxvi)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图41和图1中所示的风湿病的那些生物标志物；xxxvii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图42和图1中所示的阿尔茨海默氏病的那些生物标志物；xxxviii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图43和图1中所示的朊病毒疾病的那些生物标志物；xxxix)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图44中所示的脓毒症的那些生物标志物；xl)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图45和图1中所示的慢性神经病理性疼痛的那些生物标志物；xli)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图46和图1中所示的周围神经病理性疼痛的那些生物标志物；xlii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图47和图1中所示的精神分裂症的那些生物标志物；xliii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图48中所示的双相情感紊乱的那些生物标志物；xliv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图49中所示的抑郁症的那些生物标志物；xlv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图50和图1中所示的胃肠道间质瘤(GIST)的那些生物标志物；xlvi)衍生自肾细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自 ALPHA-TFEB, N0N0-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3, CLTC-TFE3，MALATl-TFEB ；以及图 51 和图 1中所示的肾细胞癌的那些生物标志物；xlvii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图52和图1中所示的肝硬化的那些生物标志物；xlviii)衍生自食管细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图53和图1中所示的食管癌的那些生物标志物；xlix)衍生自胃肠道细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图讨中所示的胃癌的那些生物标志物；1)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图55和图1中所示的孤独症的那些生物标志物；Ii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图56中所示的器官移植排斥的那些生物标志物；Iii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图57中所示的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的那些生物标志物；Iiii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图58和图1中所示的易损斑块的那些生物标志物；Iiv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图1中所示的自身免疫疾病的那些生物标志物；Iv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图1中所示的肺结核(TB)的那些生物标志物；Ivi)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图1中所示的HIV的那些生物标志物；Ivii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图1中所示的哮喘的那些生物标志物；lviii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图1中所示的狼疮的那些生物标志物；Iix)衍生自甲状腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自 AKAP9-BRAF, CCDC6-RET, ERC1-RETM, G0LGA5-RET, H00K3-RET, HRH4-RET, KTN1-RET, NC0A4-RET, PCM1-RET, PRKARA1A-RET, RFG-RET, RFG9-RET, Ria-RET, TGF-NTRK1, TPM3-NTRK1, TPM3-TPR, TPR-MET, TPR-NTRK1, TRIM24-RET, TRIM27-RET 或 TRIM33-RET， PAXS-PPARy ；以及图1中所示的甲状腺癌的那些生物标志物；Ix)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图59中所示的致癌基因的那些生物标志物；Ixi)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自PFKFB3， RHAMM (HMMR), cDNA FLJ42103, ASPM, CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR, HSP90, SPARC, DNMT3B, GART，MGMT，SSTR3 和 T0P2B ；或者Ixii)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自图60中所示的生物标志物。
180.权利要求179所述的经分离的外来体，其进一步包括一种或多种选自⑶9，PSCA， TNFR, CD63, MFG-E8，EpCAM, Rab, CD81, STEAP, PCSA, 5T4, EpCAM, PSMA, CD59, CD66, CD24 和 B7H3中的生物标志物。
181.一种包括生物标志物的经分离的外来体，其中所述的生物标志物选自B7H3， PSCA，MFG-E8，Rab，STEAP，PSMA，PCSA，5T4，miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491， miR-182, miR-125a_3p，miR-324_5p，miR_148b 和 miR-222。
182.一种包括一种或多种生物标志物的经分离的外来体，其中所述的生物标志物选自Bcl-XL，ERCCl，角蛋白15，上皮特异性抗原(ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶。
183.—种包含基本富集的外来体群体的组合物，其中所述的富集的外来体群体就一种或多种特征而言为至少30%均质的。
184.权利要求183所述的组合物，其中所述的一种或多种特征选自一种或多种相同的生物标志物；基本相似或抑制的生物学特征；衍生自相同的细胞类型；存在特定尺寸的外来体以及它们的组合。
185.权利要求183所述的组合物，其中所述的外来体为权利要求179、180、181或182 所述的经分离的外来体。
186.权利要求183所述的组合物，其进一步包括第二富集的外来体群体，其中所述的第二富集的外来体群体就一种或多种特征而言为至少30%均质的。
187.权利要求186所述的组合物，其中所述的外来体是通过使用靶向两种或多种生物标志物的两种或多种结合剂来获得的。
188.权利要求183所述的组合物，其中所述的富集的外来体群体占所述组合物的全部外来体群体的至少30%。
189.权利要求183所述的组合物，其中与衍生有所述组合物的生物学样品中外来体的浓度相比，所述的组合物包含至少2倍浓度的外来体。
190.权利要求183所述的组合物，其中所述的组合物基本缺乏细胞残余物、细胞、非外来体蛋白质、肽、核酸以及它们的任何组合。
全文摘要
外来体可以用于检测生物标志物，以用于诊断、治疗相关的或者预后的方法以便鉴定表现型，例如状况或疾病，如疾病的阶段或进程。细胞源的外来体可以用于概况生理学状态或确定表现型。生物标志物或得自细胞源特异性的外来体的标志物可以用于确定疾病、状况、疾病阶段以及状况阶段的治疗方案，并且还可以用于确定治疗效力。得自细胞源特异性的外来体的标志物还可以用于鉴定未知起源的疾病的状况。
文档编号G01N33/53GK102301002SQ200980154108
公开日2011年12月28日 申请日期2009年11月12日 优先权日2008年11月12日
发明者C·库斯利驰, G·波斯特, M·克拉斯 申请人:卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司